Как только Иеремия «попался на эту удочку», так и открылись с ним очень энергичные и срочные переговоры. Из свидетельства Иерофея можно заключить, что именно русские внушили Иеремии мысль о его собственном патриаршестве в России, и мысль эта его увлекла. Чем это объяснить для той и другой стороны? Можно думать, что хитрые москвичи на худой конец и сами готовы были начать русское патриаршество с того, чтобы попросить «вселенского» гостя временно резидировать в России, а это само собой создаст прецедент, приучит восточных патриархов иначе смотреть на русскую кафедру, а затем уже легче будет согласиться признать ее новым патриархатом. Для западно-русской церкви в Польше это было бы бесспорным покоряющим фактом: Иеремия управлял бы ею из Москвы. Москва вознеслась бы головокружительно над Польшей в церковном отношении. Ведь Иеремия оставался бы в тоже время и КПльским и «Вселенским». Москвичи едва ли сами верили, чтобы с этим примирились греки и даже турецкое правительство. Иеремия, допуская мысль о резидировании в Москве, мог рассчитывать убедить разными соображениями и греков и турок в целесообразности такой комбинации. Резидируя в России и оставаясь одновременно «КПльским—Вселенским», он содействовал бы укреплению мира между Россией и Турцией. На благоустройство обедневшей греческой церкви перевел бы много материальных средств из Москвы, развил бы греческое просвещение в Московии и, может быть, и навсегда сделал бы ее «вторым седалищем» (κάθισμα) кафедры вселенского патриарха. Таким образом, под видом возвеличения русской церкви, вновь лишил бы ее по существу ее фактической автокефалии, поглотил бы ее в лоне Вселенского патриархата, как поглощена Болгарская (Ахридская) архиепископия. А может быть и просто, замученный бедностью и гонениями в Турции, патриарх ослепился блеском московского царства и соблазнялся в покое кончить дни свои в православном царстве. Скорее, как у грека, у него были первые, широкие мотивы.
Но для русских «зацепка» за согласие Иеремии «остаться» была только предлогом, чтобы извлечь отсюда некую выгоду в пользу своего замысла. Позволить «проглотить», «утопить», и «продешевить» честь своей Московской кафедры русские не могли. А потому они недальновидному Иеремии ответили: — «хорошо, ты будешь нашим и вселенским патриархом. Но московская кафедра занята нашим митрополитом, поэтому ты будешь жить во Владимире, как древнем и формально «первом седалище» (κάθισμα) русской церкви (после Киева, формально признанного таковым в ХIV в. КП патриархией). Этим русские не лишали бы царя возможности привлекать к делам государственным и в Боярской Думе, и приватно, своего собственного отца духовного и патриота, митр. Московского, а чужака и оттоманского подданного — патриарха удалили бы от дел национально-русских. Иеремия разумеется понимал это, но не до конца и наивно продолжал вносить свои поправки.
С этого момента двор повел с Иеремией более настойчивые переговоры.
В начале января 1589 г. царь собирает Думу и в ней держит речь, резюмируя историю отношений русской митрополии к КПлю. Он доводит ее до настоящего провиденциального прихода в Москву самого КПльского патриарха. «И мы о том прося у Бога милости, помыслили, чтобы в нашем государстве в Российском царстве учинити патриарха, ково Господь Бог благоволит: будет похочет быти в нашем государстве Цареградский патриарх Иеремея, и ему бы быти патриархом в начальном месте, в Володимере, а на Москве бы митрополиту по-прежнему; а не похочет Цареградцкий патриарх быти в Володимере, ино б на Москве учинити патриарха из московского собору, кого Господь Бог благоволит». Следовательно, царь уже уверен, что Иеремия теперь согласится (за отказом ему жить в Москве) посвятить Московского патриарха. Дума поручает теперь для официальных переговоров ехать к патриарху Борису Ф. Годунову от имени царя.