Лакеи верховной власти постарались бесчеловечно заморить мнимого государственного злоумышленника. Позднее, в 1852 г. митр. Евгению (Болховитинову) чиновник Ревельской Казенной Палаты рассказывал со слов своего отца. С этого времени (1771 г.) Арсений был фактически уже заживо погребен. Его безвыходно затворили. Арсений заложен был кирпичами, оставалось только окошечко, в которое ему подавалась пища. Даже и в пище начали отказывать ему, не только в одежде. Ив. Вл. Лопухину старые солдаты рассказывали, что Арсений сквозь разбитые стекла своих двух окон и сквозь железные решетки с криком умолял прохожих не дать ему умереть от голода и холода. Немецкое и эстонское население было к этому безучастно, но русские откликнулись. Устроили корзину на веревке. Туда клали хлеб, а иногда и одежду, белье, даже дрова и воду. В отличие от своего бесчеловечного начальства даже инородческая стража, после строгого осмотра этих подаяний, позволяла поднимать их к окошку. Чуя свой конец, Арсений просил священника с св. Дарами. Священника дали после подписи такого обязательства: «Обязуюсь, что я об имени и состоянии его спрашивать не буду и никому об нем отнюдь объявлять не имею — не только в разговорах, ниже догадками или минами какими и совсем учинить себя об нем незнающим повинен до конца жизни моей. А только едино имею исправить, что по духовности потребно, как от команды мне приказано». Через два дня страдалец отдал Богу душу и в тот же (28.II.1772 г.) день вечером похоронен при маленькой деревянной Никольской церкви у ее северной стены. При перестройке церкви в 1821 г. могила вошла в границы храма и оказалась под солеей около царских врат. Официальное секретничанье не могло победить народной молвы. И власти это хорошо знали. Народ говорил, что когда открыли законопаченную дверь и впустили священника, то он выбежал оттуда, увидев пред собой архиерея в облачении и потом снова введен был туда рукой офицера. На стене каземата осталась надпись, выцарапанная гвоздем: «Благо яко смирил мя еси». Другие читали: «Благословен смиривый мя». В «Обзоре Духовной Литературы» архиеп. Филарета значится, что надпись сделана углем. Это неточно, ибо еще в конце ХIХ в. ревельцы ее читали в башне Diсkе Маrgеritа на стене каземата около вбитого железного кольца. Перед войной 1914 г. это помещение было переделано уже как часть казармы с заново заштукатуренными стенами.
В Николо-Корельском монастыре богомольцы, после увоза Арсения, стали посещать его подвальную келью и там молиться, как в святом месте. Создалось вскоре тут же и сказание, будто Арсений увезен отсюда в Сибирь «в Камчадалы». А там около Верхнеудинска, на горе «у Троицы в Забайкалье» могила Арсения, над которой 8 мая народ сходится совершать панихиду. Местные историки установили, что почитаемый тут Арсений скончался годом позднее (в 1773 г.). Но и непрерывное местное почитание его и сказания о чудесах, соединенных с его памятью, не могли перевесить яркости памяти и почитания Арсения Мациевича. Имя последнего перенесено сюда в Забайкалье и покрыло имя Арсения местного, сибирского. А именно, на обратной стороне иконы, повешенной над могилой Арсения в Забайкалье, значится: «На месте сем погребен в 1771 году (!?) смиренный иеромонах Арсений, бывший митрополит Ростовский и Ярославский и сего достоинства лишен». Такова сила всероссийской народной памяти о борце всероссийского значения.
«Дело» об Арсении зачислено в разряд «секретнейших». Им интересовались люди не с государственной, а с чисто духовной точки зрения. Влеклись к лику незабытого еще в живой памяти старого поколения «духовному» (а никак не экономическому) исповеднику люди русского мистицизма начала ХIХ в. В 1827 г. дело об Арсении найдено в кабинете императора Александра I. Художникам заказывались портреты Арсения уже тюремного периода в мужицком треухе и полушубке. Мистик-масон И. В. Лопухин в своем имении устроил Арсению в мистическом стиле сложный памятник. На высоком берегу над озером построена маленькая келейка размеров Ревельского каземата Арсения, названная «пустынька»: «в памятник несчастиям некоторого Андрея, знаменитого твердостью духа и страданием своим». На стене написан крест с архиерейскими митрами на его трех концах. В четырех углах креста: 1) кандалы, 2) надломленный архиер. жезл, 3) закрытая книга, и 4) горящий трикирий. В аллее у келейки камень с надписью: «Священной памяти Арсения-страдальца, 1813 года апреля 14 дня». Это день осуждения Арсения. У одного из заливов озера, в беседке тоже написано: «уголок этой воды может горячему воображению напомнить о том морском заливе, на берегу коего, в заклепах мрачного затвора Арсений-страдалец провожал последние дни свои». Вся местность слыла под именем: «Арсениева Орлиная Пустынь».
Павел (Канючкевич) митрополит Тобольский и Сибирский