Самозванец не оправдал надежд бояр, желавших через него устроиться по-польски, с олигархическими свободами, с перевыборами царей. Лжедимитрий наоборот мечтал об абсолютизме, хотел короноваться «императором». Пугал Лжедимитрий и склонностью ввести веротерпимость, т. е. равноправие вер. Хотел устроить в Москве университет с латинским языком и чужестранными учеными. Арсений Элассонский говорит о возмущении русских нарушением уставности. Маринины фрейлины в Успенском соборе целовали иконы в уста (для русских это было дерзко), сидели в церкви. Сама Марина часто уходила в придел св. Димитрия Солунского, чтобы посидеть. Марина выходила в польском, а не русском платье. Все это было хорошим демагогическим материалом для боярской партии, не получившей от Самозванца желанных выгод и, вероятно, страдавшей и патриотически. Решились на заговор. Пустили в народ слухи, Арсений Эл. пишет, что «бояре и весь синклит устроили совет и решили избавиться от царя». Роst fасtum боярская версия гласила, будто не они готовили заговор, а Лжедимитрий. Будто он 16.V.1606 г. при князе Константине Вишневецком и секретаре Бучинском и брате последнего развивал свой план: укрепления своей власти и распространения римского костела. Якобы на воскресенье 18.V. назначался военный парад за городом на поле. Все поляки и литовцы должны были явиться туда при оружии. А бояре и дворяне русские приведены были бы Лжедимитрием безоружными. По сигналу поляки должны были перебить весь русский правящий класс. Остальных уже легче было бы принудить к присяге принять латинство.
17.V., накануне, бояре с кн. Василием Шуйским во главе подняли превентивное восстание. Самозванец был убит. Его голый труп таскали, и четыре дня он валялся на площадях на издевательство толпе, после чего был сожжен за Москвой. Народ избивал иностранных оккупантов Кремля. Были убиты три кардинала, четыре ксендза, 26 «немецких» учителей и много поляков. Трудно было остановить погромщиков. Марину захватчики пощадили. И, по словам Арсения Элассонского, как Елена для Трои, так и она для России стала потом источником многих бедствий.
На другой же день, 18.V., в воскресенье, без всякого суда и следствия (так говорит Арсений Эл.), был свергнут патр. Игнатий и оставлен в заточении тут же в Чудовом монастыре, теми же епископами, которые приняли его из рук Самозванца. Несколько позднее, в 1620 г. патр. Филарет пред собором подводил такой итог патриаршеству Игнатия: «Патр. Игнатий, угождая еретикам латинской веры, в церковь соборную Пресвятой Владычицы нашея Богородицы введе еретическия папежския веры Маринку, святым же крещением совершенным христианского закона не крестил, но токмо единем св. миром помаза и потом венчал ю с тем росстригою и обоим сим врагом Божиим росстриге и Маринке подаде Пречистое Тело Христово и Св. Кровь Христову пити [4]. Его же Игнатия за таковую вину священноначальницы великие св. церкве российские, яко презревшего правила св. апостол и св. отец, от престола и от святительства, по правилам святым, изринуша». В одном хронографе ХVII в. читаем: «повелением государя Василия Ивановича и советом всего священного собора Игнатия патриарха, его же без священных рукоположений возведе на престол расстрига, сего в Чудов монастырь послаша под начало, яко да совершенно навыкнет благочестия веры». Игнатий просидел в Чудовом целых 5 смутных лет, пока в 1611 г. ему не пришлось, как увидим, вновь на краткий срок быть возведенным на патриаршество при царевиче Владиславе.
Царь Василий Иванович Шуйский
Деятели переворота возвели на царство своего вождя, князя Василия Ивановича Шуйского, как гласит манифест, «по церкви Божией и по православной вере поборителя». Те же русские архиереи, которые венчали Самозванца, теперь, надо думать с радостью, участвовали в избрании и утверждении на царстве своего православного князя на третий день восстания. В воскресенье 25.V уже была в Успенском соборе коронация царя Василия старшим митрополитом Новгородским Исидором. Царь Василий немедленно послал в Старицу сосланному патр. Иову с предложением вернуться на патриаршество. Но тот по слепоте и старости отказался. Будто бы при этом указал на кандидатуру Ермогена митрополита Казанского.