Но… события Смуты развивались по своей внутренней диалектике. 15.000 царского войска перешло под Калугой к Болотникову. Патр. Ермоген тогда подверг Болотникова церковному проклятию вместе с его главными соучастниками. Пока действовал только миф имени Димитрия. Скоро отыскался в Литве живой претендент. 1-го августа 1607 г. новый Лжедимитрий объявился в Стародубе, окруженный польскими войсками под командой генералов Лисовского и Сапеги. Им подчинялись запорожские и донские казаки и много другого бродячего люда. Через год уже вся южная и средняя Россия была захвачена «Вором». 1-го июня 1608 г. Вор утвердил свою ставку в 12 верстах от самой Москвы, в Тушине. Польша и Ватикан из последовательности вновь поставили ставку на этого Тушинского Вора. Марина и его признала своим мужем. Ее духовник иезуит, для успокоения совести, повенчал ее тайно с новым Самозванцем. Гордая панна падала все ниже со ступеньки на ступеньку. Вместе с ней падали и латинские интриги. Сохранилась подлинная инструкция агентам этой интриги при дворе Вора. (См. Ист. Соловьева и Нist. Russ. Моnum. II, 81 и 85). Предписывалось: 1) протестантам и врагам унии закрыть доступ в государство; 2) греческих монахов изгнать; 3) осторожно начинать сговоры об унии, ничего не разглашая и ведя переписку с Римом тайно. Подбирать служилых людей и духовенство с расчетом на их способность к унии; 4) представлять связь с греками, как рабство, а унию, как свободу со всякими льготами; 5) устроить семинарии, взяв из заграницы преподавателей светских, а в Вильну, или лучше в Рим, отправлять наиболее способных учеников; и для общего образования приглашать молодых русских в Польшу в иезуитские учебные заведения; 6) зазывать москвичей присутствовать при польском богослужении; 7) хорошо бы в штате царицы содержать священников униатов для собеседований с русскими и для богослужений по русскому обряду. Таким образом, и второй Самозванец, как и первый, должен был изворачиваться под этим иезуитским прессом.
Из Тушина посылались отряды и посольства по России с политическими зазываниями. Духовенство противилось новой измене, и многие страдали. Кирилло-Белозерский монастырь сам рассылал грамоты о лояльности царю Василию. Псковский епископ Геннадий, наблюдая измену, «умер от горести». Суздальский епископ Галактион изгнан тушинцами и умер в изгнании. Коломенского епископа Иосифа войска Лисовского захватили в плен, влачили за собой, мучили, пытали привязыванием его к жерлу пушки, грозя выстрелами. Но московскому войску удалось отбить его и вернуть Москве. Яркого противника измены, Тверского архиепископа Феоктиста тушинцы захватили и привезли в Тушино. Здесь его мучили и убили, якобы при попытке бегства. Тело его было найдено израненным и изъеденным зверями. 11 октября 1608 г. отряды Сапеги подступили к Ростову. Жители Ростова бежали в Ярославль, но митр. Филарет (Никитич, Романов-Захарьин-Юрьин), уже вынесший тяжесть лжи при первом Самозванце, почувствовал в себе моральную потребность героически противиться второй, более явной лжи. Он вместе с верными жителями Ростова заперся в соборной церкви. Люди исповедались, причастились и решили пострадать от бунтовщиков. Поляки взяли город, начали резню, захватили собор. Филарета, раздев, босого, в одной рубашке увезли в тушинский плен, где ему пришлось пережить второе искушение, чтобы ценой приспособления возвратиться к жизни и власти.