Идеалисты подсудимые имели что сказать в свое оправдание, и они старались из своего заключения всякими путями подавать свой голос. Дионисий написал оправдательную речь общего характера, адресуя ее «ко всем православным христианам». Арсений написал две речи: 1) к боярину Борису Михайловичу Салтыкову и 2) к протопопу Ивану Лукьянову, где серьезно доказывает, что нигде в древних текстах нет прибавки «и огнем». Через Салтыкова он рассчитывал воздействовать на царские сферы, на светскую власть. И потому старается вскрыть главным образом культурную подпочву всего конфликта в общем школьном невежестве. Он пишет Салтыкову: «Есть, государь, и такие, которые на нас ересь возвели, но едва и азбуку умеют. А то ведаю, что они не знают, какие в азбуке письмена гласные, согласные и двоегласные. А чтобы разуметь 8 частей речи и что такое роды и числа, времена, лица и залоги, то им и на ум не восходило. Священная Философия и в руках у них не бывала. А кто ею не занимался, тот легко может погрешать не только в божественных писаниях, но и в делах земских, хотя бы от природы был остроумен. Не искусившиеся смотрят только на строки и на буквальную речь и рассуждают: это так; а оказывается совсем не так». «Не смею, государь, дерзновенно сказать о говорящих на нас неправое, что они не знают ни православия, ни кривославия. Но только они божественное писание по чернилу доходят, смысла же писания не стараются уразуметь». Об общей малограмотности самой Москвы Арсений пишет: «Есть и другие многочисленные описи в точках, в запятых и в окончаниях в тех печатных книгах. Если бы московские власти и честные протопопы, служащие во св. церквах близ царских палат, совершая чтение и пение по этим священным печатным книгам, добре разумели и о благочестии воистину болели, то они прежде возвещали бы о сих описях, несогласных с разумом истины, царю государю, и государь велел бы из них же приставлять к тем книгам, когда они начнут вновь печататься, кого либо, могущего делать поправки в книгах, как должно. Вот Минею Общую уже трижды печатают, а в ней ни единой описи не исправляли»… «эти описи в печатных книгах указываю тебе, государь, не для того, чтобы поносить трудившихся и свидетельствовавших те книги и укорять их в ереси, — да не будет, — но чтобы явить невежественное высокоумие и сомнительность лиц, обвиняющих нас неправедно. Трудившиеся принуждены были к тому царскою властию, как и мы, и сколько их разума стало, сколько их Бог наставил, столько и потрудились. И за труд их да подаст им Господь мзду небесную, а в чем они погрешили неведением или забвением, то надобно поправлять вновь».
Свое ходатайство Арсений излагает так: «и ныне, государь, я, нищий чернец Глухой, сижу за то дело на Кирилловском подворье в железах, живот свой мучу девятый месяц; об одной свитке перебиваюсь, и та уже с плеч сваливалась, и без теплые одежды; и рухлядишко мое, государь, в монастыре все распропало. Бог свидетель, что мы страдаем безвинно. Если я, нищий чернец, и грешнее всех людей, но не приписывай мне никакой ереси. Я верую во все, чему научили самовидцы и ученики Слова, и что предали свв. богоносные отцы и учители св. соборной и апостольской Церкви, и все это приемлю, люблю и почитаю. Смилосердуйся, государь, помилуй меня, нашего чернеца, будь печальником царю государю Михаилу Федоровичу и благоверной государыне, великой старице Марфе Ивановне, чтобы велели меня, нищего чернеца, из желез освободить. Смилуйся, государь, пожалуй».