Открытая, почти свободная критика синодального строя начинается в ХIХ веке. Карамзин в 1811 г. в его записке на Высочайшее Имя «О древней и новой России» формулирует вопрос так: «Церковь Российская искони имела главу сперва в митрополите, наконец в патриархе. Петр объявил себя главою церкви, уничтожив патриаршество, как опасное для самодержавия неограниченного… Со времен Петровых упало духовенство в России. Первосвятители наши были уже только угодниками царей, и на кафедре языком библейским произносили им слова похвальные. Для похвал мы имеем стихотворцев и придворных. Главная обязанность духовенства есть учить народ добродетели, а чтобы сии наставления были тем действительнее, надобно уважать оное. Если Государь председательствует там, где заседают главные сановники церкви; если он судит их, или награждает мирскими почестями и выгодами, то церковь подчиняется мирской власти и теряет свой характер священный, усердие к ней слабеет, а с ним вера. А с ослаблением веры, Государь лишается способа владеть сердцами народа в случаях чрезвычайных, где нужно все забыть, все оставить для отечества и где пастырь душ может обещать в награду один венец мученический. Власть духовная должна иметь особенный круг действия вне гражданской власти, но действовать в тесном союзе с нею». Хотя Карамзин и дал первый пример открытого осуждения церковной реформы Петра, но он был высокопоставленный придворный историограф. Голос церковных мыслителей и историков не смел еще шагнуть с ним нога в ногу. Только что опубликованная в качестве первого опыта «Краткая Церковная Российская История» (1805 год) митр. Платона ставит точку пред эпохой Петра и по-своему смело, но все же дипломатическим языком свой суд о прошлом и настоящем выражает так: «Блаженною кончиною патриарха Адриана скончалось и патриаршество, украшавшее почти целый век церковь всероссийскую с великим ее назиданием
. А с кончиною сего патриарха и патриаршества всероссийского и я оканчиваю сию мою церковную историю. Какие были причины упразднения патриаршества, оные объяснены в Дух. Регламенте, в испытание коих входить не должно. Осьмнадцатый век начало свое в России восприял тем, что отменено числить новый год с 1-го сентября. И особенное празднество, бывшее в тот день, оставлено, а повелено числить с 1-го генваря, что по Божьим сокровенным судьбам было как бы некоторым предзнаменованием, что в осмьнадцатом веке течение всяких в России дел и вещей воспримет вид новый. Почему с начала сего нового века течение и церковных дел (оставаясь яко старик при старых делах) предоставляю описывать другому из новых». (Т. II, с. 234-76).Однако «новый» и даже высокопоставленный историк русской церкви А. Н. Муравьев в тяжелые подцензурные годы царствования Имп. Николая I (1838 г.) прикрывался еще прямой исторической неправдой, говоря об учреждении Синода: «Дело столь важное внимательно было рассуждено на соборе, созванном в новую столицу в начале 1721 г…»
Следующий по времени историк Русской Церкви, преосв. Филарет (Гумилевский), давший нам в 40-е годы первый опыт изложения синодального периода, должен был идти по стопам Муравьева и повторить официальную фикцию: «Св. Синод по составу своему тоже, что законный церковный Собор (?), в котором избранные (?) духовные лица занимаются делами церкви… В сущности постоянный (?) Собор или Синод остался тем же для русской церкви, чем было патриаршее правление (?)… Дух. Регламент, написанный Феофаном Прокоповичем и рассмотренный собором (?)… стал церковным правилом».
Лишь с началом эпохи великих реформ развязались у иерархов языки. Великий Филарет (Дроздов) еще в двадцатых годах в своих «Разговорах между испытующим и уверенным» должен был защищать Синод, приравнивая его «словесно» к собору и уравнивая его власть с патриаршей. Но с наступлением нового царствования, Филарет, возражая на официальную записку А. Н. Муравьева, уже говорит полным голосом: «Записка говорит, что патриархи Иоаким и Адриан противились Петровым преобразованиям и поэтому были неудобны для правительства. Едва ли так. Петр мог ужиться с ними, если бы не прельстился проектом Лейбница о коллегиях, в том числе и о духовной коллегии, которую у протестанта перенял Петр, но которую Провидение Божие и церковный дух обратили в Святейший Синод».