Яркий публицист славянофильства Ив. С. Аксаков подчеркивал отрицательные духовные последствия синодального строя:»…убыла душа; подменен идеал, т. е. на месте идеала церкви очутился идеал государственный, и правда внутренняя замещена правдой формальной, внешней». «Церковь со стороны своего управления представляется теперь у нас какой-то колоссальной канцелярией, прилагающей с неизбежной, увы, канцелярской ложью порядки немецкого канцеляризма к спасению стада Христова».
Вполне естественно, что о канонической порочности синодского строя вместо скромно молчащей иерархии громко говорили славянофилы. Но приближались исторические сроки, когда стало уместно говорить объективно, как уже о преодоленном прошлом и о положительных сторонах прожитой эпохи. Первым эту роль на себя взял оттолкнувшийся от славянофилов В. Соловьев. В статье 1886 г. в защиту Петра Великого и западнического духа его реформы, он пытается оправдать замену патриаршества Синодом и вместе с оберпрокуратурой над последним. Он пишет: «эта замена, необходимо обусловленная нашей прошедшей историей, была прямо полезна для будущего». «Добрые и смелые офицеры, которым было вверено управление нашими церковными делами, позволили новой России спокойно пройти школу европейского образования. Они удержали в должных пределах два односторонние и крайние течения нашей незрелой религиозной мысли и охранили наши «ученические годы» от подавляющего влияния воззрений, ярко представленных Стефаном Яворским с одной стороны и Никитой Пустосвятом — с другой. И нельзя не удивляться той строгой правде, с какой история или, лучше сказать, Провидение решило это дело». Через 10 лет в 1896 г. В. Соловьев опять, не оправдывая неканоничности синодского строя, продолжает утверждать, что «это была одна из наиболее естественных, правдивых, а потому и прочных реформ Петра Великого… Это учреждение не было создано личным произволом, а вызвано действительными условиями нашей исторической жизни, сохраняющими до сих пор свою силу». Но в своих романизирующих лекциях «Lа Russiе еt l'Еglisе Univеrsеllе» В. Соловьев ударяет в отрицательную клавишу: «В греко-российской церкви нет истинно духовного управления»… «Официальная церковь, управляемая гражданским чиновником, есть только государственное учреждение, второстепенная отрасль бюрократической администрации».
С момента свободы печати, т. е. с царствования Александра II, и русская богословская литература, и церковные историки, и канонисты, и университетские юристы в принятых курсах своих дисциплин уже открыто подчеркивали неканоническую природу церковного управления всего императорского периода. Вот примеры.
Профессор Казан. Духовн. Академии П. В. Знаменский в первом же издании его «Руководства по Истории Русской Церкви» (1870 г.) выражается так: «Синод явился учреждением правительственным, через которое внешнее управление церковью вдвигалось в состав общей государственной администрации. Члены его давали присягу считать Государя своим крайним судьею и наблюдать все государственные интересы».
Консервативный профессор Казан. Дух. Академии И. С. Бердников в его Курсе Церковного Права пишет: «Та форма управления церковного, которую ввел Петр I под именем управления соборного, совсем не походит на управление соборное в собственном каноническом смысле, как оно изображается в Правилах. Соборное управление предполагает необходимое участие в нем всех епископов поместной церкви на собраниях повременных (периодических); участие тех же епископов поочередно в Синодах; и предстоятельство на этих общих и частных собраниях и синодах главы поместной церкви — митрополита или патриарха, управляющего делами поместной церкви автономно»… «Ясное дело, что никакими натяжками нельзя достигнуть того, чтобы Коллегия выглядела каноническим церковным собором или Синодом».
Положение не изменилось и с 1906 года, когда русская верховная власть допустила элемент конституционного самоограничения в области законодательной, признав управление свое подзаконным. К соучастию к власти законодательной привлечены представительные учреждения: Гос. Дума и Гос. Совет. В церковной области царская власть осталась по-прежнему неограниченной в предположении, впрочем, аналогичного самоограничения через близкий Церковный Собор. Поэтому в Курсе Государственного Права проф. Н. И. Лазаревского, изданного после конституции 1906 года, государственный характер Святейшего Синода правильно характеризуется, как оставшийся не задетым конституционной реформой. «Синод, — пишет Лазаревский, — был учрежден государственным, а не церковным актом, Духов. Регламентом, и по духу Регламента должен быть государственным, а не церковным установлением»… «Верховная власть в делах церкви принадлежит только Государю. Со времени учреждения Синода церковная власть перешла к Императорской власти, и не было никакого самостоятельного церковного органа, который явился бы носителем каких бы то ни было правительственных прав по церковным делам, кроме тех прав, которые ему могли быть предоставлены Императорской властью».