Как бы незначительная и формальная только реформа функционирования верховной власти подкапывала и без того глубоко потрясенную Петром систему отношений государства к церкви, Св. Синод почти целиком зависел от воли монарха, но этой же своей непосредственной зависимостью, как мы видели, он победоносно отражал все попытки Сената или каких-либо других Коллегий делать указания и предписания Выс. Церковному Управлению. Теперь же, как бы незаметно, между церковной властью и монархом выросло средостение. В. Τ. Совет один получил право принимать устно и объявлять к исполнению именные указы императрицы, указы, конечно обязательные и для Синода. Таким образом, Синод оказывался зависимым, если не возглавляемым, не непосредственно от миропомазанной, т. е. сакральной власти церковного эпистимонарха, но от посредствующей коллегии, не только не миропомазанной, но и не полностью православной, ибо в В. Τ. Совет входила и протестантская фигура барона Остермана.
Вся протестантская кривизна, внесенная Петром в его церковную реформу, в значительной мере уравновешивалась и исправлялась столь ревниво защищавшейся и Ф. Прокоповичем абсолютно неограниченной верховной властью миропомазанного монарха. Сорвав с этой позиции власть монарха, новая реформа потрясла все терпимое и для православия существо дела. Позднее в ХIХ веке, копируя русскую систему, европейские политики в новообразованных на бывшем теле Турции православных Балканских государствах бесцеремонно выявили эту дефективность системы. Копируя русский Синод, они сначала в Элладе, а затем даже и в Болгарии ставили местные синоды в безоговорочную зависимость от неправославного главы государства.
В данном указе 1726 г. об учреждении В. Τ. Совета конечно умалчивалось о положении Св. Синода, но обобщительная фраза в дополнительном комментарии к указу, что в ведение В. Т. Совета отдаются а) дела чужестранные, и б) все те, которые до Ее Им. В-ва собственного решения касаются. Нельзя было не подразумевать тут специфической категории дел синодально-церковных. Синод, конечно, прекрасно это понял и немедленно реагировал в защиту своего конституционного положения. Тут было посягательство на высоту его церковных полномочий, именно на связь его с монархом без какого-либо посредства. В этом была примета его государственного равенства с Сенатом. С последним, как с равным, Синод в бумажном делопроизводстве сносился «Ведениями», а её «Указами», как писалось в Коллегии и другие низшие учреждения. 28-го февраля 1726 г. Синод пространно, не без дипломатических колючек, допрашивает В. Т. Совет, как ему впредь сноситься со всякими учреждениями, принимая во внимание понижение, предписанное даже Сенату в формах его бумажных сношений. «О Св. Синоде ничего в оном указе не означено, и со оным В. Т. Советом Св. Синоду каковым образом сношение письменное иметь, того не изображено, отчего есть сумнительство. Сенат прежде, когда был в собрании тайных действительных советников и в равной силе, как ныне В. Т. Совет, тогда по именному Его Им. В. указу писано из Синода в Сенат ведениями, а в Коллегии во все указами. Ныне же Сенат видно не в такой уже силе… А в Св. Синоде по Дух. Регламенту, крайний судия Всепресветлейшее Имп. Величество, того ради согласно приговорили: доложить о том Ее И. В., каковым образом Св. Синоду с В. Τ. Советом письменное сношение иметь и в Сенат по прежнему ли ведениями писать?»