Но гораздо важнее и откровеннее перестройка высшего правительства империи выявилась в понижении этажом ниже двух верховных при Петре учреждений: Сената и Синода. Так как фактически над ними вознесся В. Т. С., то обе эти при Петре «вершины» лишены титула «Правительствующий». Сенату назначено довольствоваться титулом «Высокий», а у Синода просто отнято звание «Правительствующего». Синод 14. VII. 1726, молча запротоколил: «Ее Им. В-во изволила указать титуловать «Святейший Синод», а «Правительствующий» впредь не писать». Прямым логическим последствием понижения Синода в качестве государственного учреждения наряду с Сенатом явилось и отнятие у Синода почетной с государственной точки зрения должности обер-прокурора. 8, VIII, 1726 года Высокий Сенат «ведением» сообщил Синоду «указ» В. Т. С, (14, VII, 1726 г.): «в Св. Синоде, вместо обер-прокурора А. Баскакова, повелено быть простым прокурором Раевскому, который был в Москве в Монастырском Приказе». Синод, равнодушный к судьбам этой извне посаженной должности, безразлично принял это к сведению. Но его беспокоил вопрос о неканоническом отрыве членов Синода от их епархий, что, конечно, наряду с этим было и материально невыгодно. Синод решил ходатайствовать об отмене этого пункта указа. Но — увы — он уже не имел формального права разговаривать с Императрицей, да и понимал, что она не желала этого по своей некомпетентности, охотно отгораживаясь от трудных дел облегчавшим ее положение В. Т. Советом. И В. Т. С., на сей раз уступил просьбам членов Синода: от своих епархий они не были оторваны, для эвфемизма сказано, что это якобы только «временно».
Положительной стороной для церкви этой реформы было снятие с мундира епископов безвкусных титулов «президентов, асессоров, советников», что являлось, кроме того, еще и унизительным пред Сенатом, ибо напоминало первоначальное в Феофановском проекте Синода его одеяние в ризы Коллегий. Члены Синода, без особого указания стали называться: «синодальные члены», «синодальные архиереи». Таким образом, только четыре первых года существования Св. Синода в нем фигурировали эти уродливые титулы, свойственные коллегиям. С того момента вплоть до конца синодального периода (1917 г.) эта титуляция «члены св. Синода» осталась неизменной. С отрывом от копирования коллегий исчезла для Синода и искусственная множественность его членов и в них разнообразие рангов духовных и мирских. Раз Синод — не Коллегия, нет оснований и окарикатуривать его лик, как это случилось в первые моменты учреждения Синода. Вообще без подражания какому-то образцу, потерялся смысл определенного числа для его членов. Реформа, исходившая от В. Т. С., указывала без мотивов цифру 6. А фактически, в Синоде тогда заседали 4 члена — епископы: Феофан (Прокопович) архиеп. Псковский, Феодосий (Яновский) митр. Новгородский, Феофилакт (Лопатинский) митр. Рязанский, Георгий (Дашков) митр. Ростовский и с 1727 г., с падением Феодосия, заменивший его Игнатий (Смола) митр. Коломенский.
Время Петра II (1727-1730 гг.)
Малолетний сын убиенного царевича Алексея был символической тенью императорской власти. Правили целиком так называемые «верховники». Они же назначали без ссылки на царскую власть и членов Синода и епархиальных архиереев и архимандритов старейших монастырей, сообщая свои «приказы» в Синод лишь к исполнению. Синод с своей стороны обязан был подавать в ВТС отчеты по делам финансовым и экономическим. А сверх того и по всем делам ежемесячные реестры о количестве дел, решенных и нерешенных, с объяснениями, когда дело началось и почему оно не окончено. В случае кажущегося замедления ВТС требовал ускорения производства дела.