Особенно Шаховской изнемогал, когда дела задевали материальные интересы членов Синода. Так было в большом вековом вопросе о церковных имуществах. В 1738 г. Коллегия Экономии была целиком взята в светские руки Сената. Это было и обидой для иерархии и делом бездоходным в смысле экономическом. В атмосфере православно-патриотического царствования Елизаветы оживились желания возвратить управление церковными имуществами опять в ведение Синода с обещанием казне выплачивать решительно все доходы сверх штатных потребностей церковного ведомства. Шаховской встал на точку зрения Синода. И эта повторная реформа, как в дни Петра Великого, была осуществлена. Сенат передал Синоду управление бывшими церковными имуществами. И для этого создана была «Канцелярия Синодального Экономического Правления». Шаховской мечтал о преобразовании по существу, с поднятием доходности, хотел ввести в дело разных специалистов — хозяйственников. Придумывал разные меры, запросы, анкеты. Но Синод и подчиненные ему духовные власти явно саботировали эти замыслы об.-прокурора. Убедившись, однако, в «злой воле» синодалов, Шаховской решил дать им целое сражение. Он вынул из архива неисполняемый указ Петра Ι о вычете из казенного жалованья членов Синода сумм, равных денежному содержанию их, получаемому ими от епархий и монастырей. Шаховской заявлял, что игнорировать указ невозможно, ибо Им. Елизавета объявила указы отца своими собственными. Вывод: получение полного жалованья формально недопустимо. Шаховской посоветовал приватно, чтобы члены Синода обратились сами с запросом к Верховной власти, но синодалы не хотели обратить на это внимания. И назначили себе очередную выдачу жалованья. Ш. обратился к Синоду с письменным предложением — не брать жалованья до Высочайшего разъяснения. Иначе он вынужден будет доложить императрице. Но характерна психология членов Синода. Они все еще не привыкли серьезно считаться с об.-прокурорской ролью. Они начали резко спорить с Ш. и затем просто подписали определение о выдаче себе жалованья. Ш. опротестовал. Члены Синода «своими путями» обратились к Высочайшей милости, жалуясь на Ш. Последнему пришлось представить подробные выписки из указов Петра. Императрица признала действия об.-прокурора законными и указы Петра действующими, но предоставила Синоду право обращаться к ней с особыми ходатайствами об отмене прежних указов. В данном случае ее резолюция была такова: «обер-прокурору кн. Шаховскому синодальным членам жалованье выдать и впредь выдавать без задержания». Победивший Синод (как бы игнорируя Высочайшую волю) не считал, однако, нужным входить с указанным ходатайством, а Шаховской всячески донимал Синод. Он не позволял архиереям получать сверхсметные прибавки из экономических доходов. И Шаховской в записках хвалится, что таковых доходов ему удалось сэкономить для казны «более ста тысяч рублей». Члены Синода могли отплатить об.-прокурору той же монетой. Ведь по странному непониманию его роли ни со стороны светской, ни со стороны духовной власти, он свое жалованье получал не от казны, а из сумм того же Синода. Члены Синода вдруг заявили, что они не имеют точного указа о производстве об.-прокурорского жалованья из сумм духовного ведомства и потому не обязаны подписывать соответствующее назначение. Шаховской кинулся к государыне, но Елизавета целых шесть месяцев не отвечала на письменное доношение Ш. «Одно слово не инако заключал я», признается Ш. в своих мемуарах, «что-то происходит по коварным препонам моих ненавистников, и я… довольно видел опытов, что первый тогда фаворит, граф А. Γ. Разумовский Св. Синода членам особливо благосклонен был и неотрицательно по их домогательствам и прошениям всевозможные у Ее В-ва предстательства и заступления употреблял». Пришлось Ш. поклониться тому же Разумовскому. Прошло еще два месяца, и получилась Высочайшая резолюция о беспрепятственной выдаче ему жалованья.