Но Ш. не слагал оружия и раздосадованный решил помучить членов Синода придиркой в одном щекотливом деле, которое могло бы пройти, как дело секретное, без шума. Один хорошо известный членам Синода архимандрит был застигнут in flаgrаntе и озлобленными на него крестьянами привезен узником в Синод вместе и с самой грешницей. Конечно, это была не чисто моральная ревность. Это был симптом подспудной социальной злобы, маленький эпизод в промежутке между Разинщиной и Пугачевщиной. Крестьяне вовсе не были моральными ригористами. Они сплошь были снисходительны к пьянственному и грубому быту своего простонародного духовенства, да и простого чернорабочего монашества. Петровский классово-аристократический строй заострил в низах глухое озлобление против помещичьего класса и против некоторых верхов в монашестве и епископате, разделявших с поместным классом привилегированный образ жизни. Вот и тут надо было отомстить прижимистому монастырскому помещику. Виновный архимандрит в закрытом заседании Синода, но и в присутствии Шаховского, чистосердечно сознался в своем грехопадении, но у членов Синода не хватило мужества и мудрости покончить дело показательно строгим приговором. Резолюцию отложили и начали заминать дело. Один из членов Синода смиренно явился к Шаховскому на дом уговаривать его замять дело. Но Шаховской возражал, ссылаясь на широкую огласку. Тогда члены Синода подговорили виновного архимандрита отказаться от первоначального покаяния, якобы вынужденного у него грозящим ему террором крестьянского озлобления. Он написал просьбу об.-прокурору, чтобы в новом заседании Синода дать дополнительные показания. И вот, к полной неожиданности Шаховского, в новом закрытом заседании Синода, архимандрит начал решительно отрицать свою виновность. Но нервы его не выдержали — он пал в обморок. Члены Синода учли это в благоприятную для себя сторону. А Шаховской упорствовал в своем недоверии. Во всяком случае члены Синода получили проволочку, которой воспользовались, чтобы по-своему убедить императрицу, что здесь злостная и опасная крестьянская клевета, и что об.-прокурор своей формальной строгостью наносит огромный вред духовенству. По словам Ш. синодалы жаловались, что «оным разглашением теперь всенародное посмеяние всему их сану происходит, так что, когда из оных кто по улице идет, то нарочно пальцами указывают и вслух говорят с поношением, почитая их быть такими же». Императрица поддалась такому истолкованию. Приказано наказать и крестьян и грешницу как компанию клеветников. Архимандрита перевели, конечно, в другой монастырь, но без всякого наказания. А Шаховскому от генерал-прокурора послан «строгий выговор» за распространение слухов, компрометирующих духовенство и что следует строго наказывать тех, «кто тайности из Синода выносит». Но Шаховской не падал духом. Зная обстановку, в которой создавались различные решения императрицы, и совершенно убежденный в виновности архимандрита, он ждал благоприятного случая, когда ему удалось при других пожаловаться на пристрастие членов Синода и убедить императрицу, что в деле архимандрита она стала жертвой обмана. Елизавета открыто высказала пред приближенными свое сожаление и похвалу об.-прокурору. Больно было членам Синода. Уязвленные и взволнованные они решились на крайний прием. Они явились ин корпоре к Елизавете и со слезами умоляли ее избавить их от невыносимого человека, терзающего их дерзкими оскорбительными предложениями. Просили уволить Шаховского, или уволить их самих из Синода. Им показалось, что они достигли цели, и генерал-прокурор Трубецкой уже посоветовал Ш. не ходить на службу и ждать другого назначения. Но Шаховской удачно рассчитывал на поверхностность впечатлений императрицы и на ее переменчивость. Прикинувшись ничего незнающим, Ш. на другой же день явился в Синод и выдвинул самые неприятные для членов Синода дела из серии «нерешенных», требуя их неотложного решения и угрожая донести в случае проволочки. Синод сослался на неполный состав собравшихся членов и отложил вопрос до будущего полного собрания. В приватных разговорах синодалы уверенно острили, что об.-прокурор вероятно хорошо выспался и потому так смело вцепился в самые трудные дела.
Если у членов Синода была своя «рука» к императрице, то по всем видимостям была такая же и у Шаховского. Когда Трубецкой напомнил императрице о переводе Шаховского на другое место, Елизавета ответила, что Ш. ей нужен в Синоде. И она убедилась в его добросовестности и верности. Ш. опять начал свои еженедельные доклады императрице. Члены Синода увидели свой проигрыш и вместо атаки в лоб начали «обходные движения». «Их святейшества», пишет Шаховской, «видя в моих предприятиях успехи, никаких явных неудовольствий долго не оказывали, а всегда под добрыми покрывалами умалить мой кредит старались». Но Ш. после одержанной победы почувствовал под собой твердую почву и снова начал осуществлять свои контрольные права, особенно по делам, клонящимся по его мнению не к государственной пользе.