"Философия нужна была грекам ради праведности, до прихода Господа, и даже сейчас она полезна для развития истинной религии, как подготовительная дисциплина для тех, кто приходит к вере посредством наглядной демонстрации… Ибо Бог – источник всякого добра: либо непосредственно, как в Ветхом и Новом Заветах, либо косвенно, как в случае философии. Но возможно даже, что философия была дана грекам непосредственно, ибо она была "детоводителем" (Гал.3:24) эллинизма ко Христу – тем же, чем и Закон был для иудеев. Таким образом, философия была приуготовлением, проложившим человеку путь к совершенству во Христе" ("Строматы", 1).
Климент прекрасно понимал также те затруднения, которые порождало столкновение образованных греков с простым и внешне незамысловатым стилем Писания. В одном из отрывков он дает резюме нравственного учения Нагорной проповеди в переводе на язык неопифагорейской гномической мудрости. При этом он ощущал необходимость успокоить тех читателей-христиан, которые могли бы соблазниться этим отрывком, и доказать им, что хотя сама форма выражения была не библейской и он не ссылался напрямую на текст Писания, само содержание изложенного находится в полном соответствии с учением Нового Завета.
Клименту было довольно затруднительно употреблять слово "православный" (ортодоксальный) без полуиронических пояснений. Похоже, он сам до конца не был уверен, хочет ли он, чтобы его ассоциировали с теми, кто так сам себя называет. Тем не менее он глубоко верил в свою миссию как защитника апостольского Предания, которое включает в себя "истинное знание", в корне отличающееся от ложного знания, предлагаемого сектами. "Настоящий гностик" не боится философии, он может использовать ее для своих целей, чтобы понять свою обретенную в Церкви веру и опровергать любое ее искажение.
Высшая жизнь в Духе для Климента значит нравственное и духовное восхождение. Весьма показательно, что гностические еретики не слишком интересовались добродетелью или воспитанием характера. "Истинный гностик" Климент знает, что духовная мудрость дается лишь тем, кто чист сердцем, кто смирился настолько, что может идти к Богу, как сын идет к Отцу, и тем, чьи мотивы для нравственных действий коренятся не только в страхе наказания или в надежде вознаграждения, а в любви к добру ради самого добра. Восхождение Моисея во мрак на вершине Синая и Святая Святых скинии Моисея символизируют восхождение от веры через знание к блаженному видению за пределами этой жизни, когда искупленный объединяется с Самим Богом. Такой мистический союз возможен благодаря тому, что Бог при творении придал человеку Свой образ.
Основой основ мысли Климента является его учение о Логосе (Слове). Согласно Клименту, Логос – творец мироздания. Через Него осуществлялось откровение Божие в ветхозаветном законе и эллинской философии, завершившееся, когда "настала полнота времен", воплощением Христа. В качестве божественного разума Логос является учителем и законодателем человечества. Истинное христианство заключается в знании, а знание взаимосвязано с верой.
Так как Бог посадил добрые семена истины во все Свои разумные создания, Климент был уверен, что мы многому можем научиться из метафизики Платона, из этики стоиков и из логики Аристотеля, в каждой из которых находятся элементы богопознания. Вся истина и все добро, где бы мы их ни обнаруживали, происходят от единого Создателя. В то же время Климент противостоял гностикам, искажавшим тварный мир, объявляя материю совершенно чуждой Верховному Богу, что и приводило либо к безумному аскетизму, либо к не менее безумному эротизму.