Нравственное учение Климента очень разумно и взвешенно. Его характеризует радостное восприятие мира и оправдание его: истина и добро, где бы они ни были, происходят от Творца. Особо следует отметить обсуждение вопроса о супружеской жизни и безбрачии. В распущенную атмосферу греко-римского общества христианство внесло две совершенно новые, неслыханные идеи: идею единственности супружества и идею безбрачной жизни, одинаково чуждую как иудаизму, так и эллинизму. При этом христианские писатели иной раз чрезмерно настаивали на превосходстве безбрачия над супружеской жизнью. Подробно рассматривая христианскую нравственность в вопросах пола и семейной жизни, Климент активно восставал против гностических утверждений, что половая близость либо не имеет никакого отношения к высшей духовной жизни, либо противоречит ей. Относясь с уважением к людям, избравшим безбрачие, Климент отвергает точку зрения на брак как на более низкое духовное состояние. Само по себе безбрачие не есть добродетель, ибо оно может иметь и эгоцентрические мотивировки. Христианская жизнь заключается в исполнении воли Божией и в мудрости, чтобы эту волю распознать. Жизнь в браке может быть не менее добродетельной и уж, конечно, не менее трудной и ответственной, нежели путь целибата. Точно так же Климент отвергает требования, что каждый христианин должен воздерживаться от животной пищи и от вина: он считал это вопросом индивидуального выбора, а не всеобщего запрета. Но александрийский учитель совсем не был гедонистом. Он считал, что все допустимо, если все принимаешь умеренно, но, главное, если подчинено последней ценности: познанию Бога и в Нем Истины.
Климент также написал отдельный труд, предназначенный для христиан, не знающих, как правильно использовать свои деньги, и находящихся в затруднении из-за абсолютности требования Господа богатому юноше: "Если хочешь быть совершенным, продай все, что имеешь…" На первый взгляд кажется, что Климент пытается найти компромисс, исказив прямой смысл слова Господня. Но при внимательном чтении видно, что Климент рассматривал евангельские этические нормы не как легалистические обязательства, налагаемые на каждого, но как высшую Божественную цель для тех, кто хочет отдать Ему всего себя. Что же касается денег, то главное – это как их использовать, а не сам факт обладания ими. Климент разработал программу для богатых новообращенных александрийской Церкви, накладывающую на них весьма строгий стандарт скромности жизни и самоограничения. Климент был категорически против любой роскоши и выставления богатства напоказ.
Климент, несомненно, был духовным руководителем многих александрийцев. Эта роль виделась ему очень важной, ибо он понимал христианскую жизнь как паломничество к подобию Божию во Христе. Сам путь он видел и как динамическое продвижение в понимании природы христианского вероучения, но также и как образовательный процесс, в ходе которого ученик может делать ошибки, за которые он и приносит покаяние. Церковь он часто называл школой, в которой имеется множество классов для учеников самых разных способностей. Конечно, все ученики избранны, а все избранные равны. Однако некоторые из них более избранны, чем другие.
Климент вполне допускал второе покаяние для отпавших и в то же время выдвигал высочайшие нравственные требования для всех христиан. Седьмая часть "Стромат" (последняя, законченная им прижизненно, восьмая часть состоит из отрывков о логике, скорее всего найденных в бумагах Климента после его смерти) описывает духовный идеал истинного гностика в терминах, совмещающих требования апостола Павла (Флп.3) с платоническим языком о слиянии души с Богом и со стоическими идеями о бесстрастии. Похоже, что Климент основывался на учении св. Павла, а не платонистов, когда он писал о познании Бога как о динамическом движении вперед, а не статическом обладании истиной. Однажды он даже заявил, что если истинному гностику придется выбирать между вечным спасением и познанием Бога, он без всяких раздумий немедленно предпочтет последнее.
Так как Климент видел духовную жизнь нескончаемым прогрессом, он не считал, что процесс божественного образования заканчивается физической смертью. В отличие от своих учителей – свв. Иустина Философа и Иринея Лионского – он не задерживался на идее физического воскресения для участия в тысячелетнем земном царстве Христовом. Да, грешники будут гореть в пылающем огне; однако огонь этот не сможет уничтожить образа Божия, но лишь древо, солому и мусор грехов. Никто в этой жизни не может достигнуть такой и святости, чтобы избежать очищения мудрым огнем, прежде чем стать достойным для предстояния перед Лицом Божиим.