Кювье, дав теорию типов, попытался обосновать свои методы изучения и классификации «на практике» и для этого выбрал именно рыб. Пользуясь своим служебным положением, он предложил собирать для Музея рыб всем корабельным врачам. Результаты были блестящие: Музей завалили рыбами. Вместе со своим помощником Валансьеном
Кювье приступил к обработке рыб, которую закончить не успел. Они описали около 3600 видов рыб, доведя число известных видов их до 5000 (у предшественника Кювье, Ласепеда, было описано около 1400 видов), причем только одних окуневых было описано около 400 видов. «Кювье разделил рыб на две группы: хрящевые (Chondrocanthi) и костистые (Osteocanthi), разбив эти основные группы на 8 порядков, а эти — на семейства. Однако вскоре оказалось, что деление Кювье слишком грубо, что костистыми и хрящевыми можно называть только типичных представителей этих групп, т. е. две крайние группы. Тогда Л. Агассиц выделил промежуточную группу ганоидных (Ganoidei), характеризовав ее строением чешуй. Дальнейшее изучение рыб показало, что и этот очень важный признак не идеален: им обладают не все агассицовские ганоиды.
И. Мюллер, много работавший по анатомии рыб, особенно низших, взялся за составление новой классификации. Он установил (1846) 6 главных групп, считаясь с комбинацией самых разнообразных признаков, причем отнес к рыбам и двоякодышащих; их до того считали какими-то странными амфибиями. Конечно, его система была нисходящей: 1) двоякодышащие, 2) костистые, 3) ганоидные, 4) хрящевые, или пластинчатожаберные, 5) круглоротые, 6) ланцетник. Если перевернуть этот ряд вверх ногами, то легко заметить, что И. Мюллер не только установил главнейшие группы, но и достаточно наметил их последовательность.
Дальнейшие исследования привели к довольно твердо установленным фактам. Кювьеровские и мюллеровские «рыбы» разделены на 2 класса; круглоротые отделены от «настоящих» рыб и образуют особый класс. Среди современных рыб, за исключением круглоротых, можно считать достаточно установившимися 9 крупных групп: 1) поперечноротые (Plagiostomi), 2) химеровые (Holocephali), 3) однолегочные (Monopneumones), 4) двулегочные (Dipneumones), 5) костнохрящевые (Chondrosteoidei), 6) кистеперые (Crossopterygii), 7) каймановые (Lepidosteoidei), 8) амии (Amioidei) и 9) костистые (Teleostei). Одни из авторов считают их за отряды, группируя обычно в подклассы — хрящевых (1–2), двоякодышащих (3–4) и конечноротых (5–9). Другие возводят некоторые из отрядов в ранг подклассов и даже классов. Стремление к увеличению числа высших таксономических единиц, к повышению «ранга» наличных единиц сильно развито в наше время. В одних случаях это результат попыток построить однорядную систему в комбинации с филогенетическим древом, что всегда влечет за собой произвольное изменение категории. В других — отражение взглядов автора на происхождение данных групп, причем склонность к полифилитизму, конечно, сказывается на выделении множества групп высокой категории (классов и подклассов), что можно видеть, например, в попытках построить новую систему рыб у Л. С. Берга.
Наличие резко выраженной личиночной стадии у некоторых рыб, конечно, вело в прежние времена к недоразумениям: личинок описывали в качестве особых видов, родов и даже семейств. Так, долгое время считали, что пескоройка (Ammocoetes) — особый род миног, и только И. Мюллер выяснил: пескоройка — личинка миноги (это, правда, знал еще в XVIII в. рыболов Бальднер
). Для личинок угрей было установлено даже особое семейство лептоцефалов (Leptocephalidae). В. Яррел (1859) сближал его с угрями, Ф. Карус (1861) предполагал, что лептоцефалы наверное личинки каких-то рыб, А. Гюнтер (1880) связывал их с муренами. Только в 1897 г. Б. Грасси и его ученик Каландруччио выяснили, что лептоцефалы — личинки угрей.Всего известно около 10 000 видов ныне живущих рыб, что едва ли составляет более 80 % действительного количества их. Из пределов СССР пока известно около 800 видов.
Со времени Аристотеля до 1818 г. рептилии и амфибии объединялись в одной группе. Следы этого объединения сохранились и теперь: нередко говорят «гады», понимая под этим и земноводных и пресмыкающихся. Блэнвилль в 1818 г. разделил «гадов» на амфибий и рептилий, но это разделение привилось очень не сразу. Еще в 1853–1858 г. Леунис (J. Leunis) приводил в своих зоологических учебниках «рептилий» в аристотеле-линнеевском смысле (Леунис делил «гадов» на 4 отряда: 3 отряда рептилий и 1 — амфибий, «батрахий»). В 1846 г. И. Мюллер включил в состав класса рыб двоякодышащих, до того принимавшихся за курьезных амфибий.