Человека Линней отнес к «приматам» («князья»), отряду млекопитающих, поставив его во главе животных, причем к «князьям» же отнес и известных ему человекообразных обезьян. В классе «гады» были соединены амфибии и рептилии, причем в 12-м издании «Системы» Линней часть амфибий отнес к рыбам. Причина этой ошибки проста: до этого издания Линней принимал систему рыб, данную его другом Артеди, а в 12-м издании решил дать «свою» систему, хотя никогда не изучал рыб.
Класс насекомых включал, понятно, и ракообразных, и паукообразных, и многоножек. Наиболее пестрым оказался, как и следовало ожидать, класс «червей». Сюда попали все остальные беспозвоночные, распределенные между несколькими отрядами. К отряду животнорастений (зоофиты) были отнесены и головоногие, и некоторые моллюски, и медузы, и морские звезды, морские ежи, голотурии, многие черви, — Линней принимал зоофитов в очень широком смысле слова. Он поместил среди них (12-е издание) и свой знаменитый род «хаос» (Chaos), самое название которого говорит за себя. В сущности в число зоофитов попало большинство едва изученных тогда форм. Конечно, всевозможные полипы нашли себе место именно здесь, причем Линней даже в 10-м издании «Системы» определял полипов как растения с цветками, живущими животной жизнью. Позже он настолько уверовал в «промежуточное» состояние этих полипов, что указывал: ствол этих существ образует истинное растение, превращающееся путем метаморфоза в цветки, которые являются уже подлинными животными. Он даже вводил в родовые диагнозы такие определения: «их цветки — гидры». От изучения простейших Линней просто отказался: он не любил микроскопа и решил, что все мельчайшие существа «сотворены богом для собственной потребы».
Всего Линней описал в 10-м издании «Системы природы» около 4200 видов животных, причем почти половина их приходится на «насекомых» (1936 видов) и только около 400 — на остальных беспозвоночных. Позвоночных приведено 1222 вида, т. е. примерно только втрое больше, чем у Аристотеля. Установленные Линнеем роды очень объемисты, — в большинстве они оказались позже семействами.
Вопроса о происхождении видов для Линнея не существовало. На первой странице 1-го издания «Системы» он написал — «новые виды теперь не возникают», а позже утверждал, что «столько существует видов, сколько их было сначала создано бессмертным Существом». Творческий акт лежал в основе, да и было бы странным требовать от Линнея чего-либо другого. Правда, ознакомившись с большим числом видов, он столкнулся с некоторыми затруднениями, но нашел выход: в результате скрещивания могут образоваться и новые виды, но основа-то — первоначальные виды — создана творцом. Линней допускал и наличие вариаций, т. е. внутривидовой изменчивости, но это мало противоречило учению о творческом акте, — как ботаник он знал, что вывести новую разновидность растения не так уж хитро.
Иногда Линнея обвиняют в том, что он положил начало школе узких систематиков, явился «вождем» людей, видящих смысл и цель своей жизни и зоологии в регистрации животных. Эти нападки несправедливы. Правда, Линней предпочитал внешние признаки и пренебрежительно относился к физиологии и анатомии. Его мало интересовали вопросы развития и метаморфоза, по крайней мере он не видел пользы для систематики от этих дисциплин и старался обойтись без них. Это не означает, однако, что Линней был своего рода Клейном. Нет, он не был поклонником и пропагандистом «ключа», пытался, насколько мог и умел, дать систему естественную, брал признаки все же не явно надуманные, и у него животные первых пяти классов сгруппированы неплохо, а в пределах этих классов ряд отрядов и родов очень хороши. Конечно, предпочтение внешних признаков сделало свое дело. Если Клейн заботился о коллекционерах-любителях, то Линней дал тем же коллекционерам «научный фундамент». Бинарная номенклатура и другие линнеевские новшества имели целью облегчить знакомство с многообразием животного и растительного миров, описывание новых видов не было для Линнея самоцелью. На деле же оказалось: появились сотни узких систематиков, знавших строение животного лишь в пределах, потребных для определения, видевших смысл и содержание зоологии только в регистрации видов. Из науки о животных зоология превратилась для них в своего рода инвентарную книгу, которую нужно заполнять и заполнять новыми названиями. Число известных науке видов животных стало расти со сказочной быстротой — «Система природы» с ее бинарной номенклатурой делала излишним знакомство с фолиантами, она оказалась, по крайней мере на первые годы, той «печкой», от которой следовало танцовать; выяснить, новый ли вид перед глазами наблюдателя, стало сравнительно легкой задачей.