«С целью облегчить понимание принципов, руководивших мной при составлении естественного порядка животных, и в намерении резче оттенить градацию, наблюдаемую в усложнении организации животных при переходе от несовершеннейших из них, стоящих в начале ряда, до самых совершенных, я разделил все известные типы организации на шесть явственно различимых ступеней». «…С помощью этого средства можно без труда изучить и проследить ход природы в образовании животных; легко схватить нарастающее усложнение организации на протяжении животной лестницы и проверить всюду как точность распределения, так и соответствие назначенных мест, — проверить путем исследования изученных признаков и фактов организации».
Ламарк уничтожил хаотическую группу «червей» Линнея и выделил три основных класса червей — плоских, круглых и кольчатых, дал продержавшееся более ста лет деление животных на позвоночных и беспозвоночных, установил ряд довольно удачных отрядов. Но у него немало и крупных промахов. Так, среди «позвоночных» амфибии соединены с рептилиями, утконос и ехидна отнесены к птицам (с оговоркой, что это собственно не птицы, не млекопитающие и не гады), отряд земноводных млекопитающих составлен исключительно на основании внешней формы и искусственен (что признает и Ламарк). Высшее место занимает оранг. Человек включен в систему животных с оговоркой — «если бы человек отличался от животных только своей организацией»; длинное рассуждение на сей предмет заканчивается так: «Вот к каким выводам можно было бы притти, если бы человек отличался от животных только признаками своей организации и если бы его происхождение не было другим». Все эти оговорки, повидимому, — ширма, прием против красных чернил цензоров: написанное в форме «допустим» рассуждение по существу доказывает животное происхождение человека.
К классу инфузорий Ламарк отнес бóльшую часть простейших. Конечно, характеристика класса не могла быть удачной: понятия о клетке еще не существовало, да и сами простейшие были изучены плохо. В классе «полипов» первый отряд составляют совсем не полипы, в отряд «полипы с полипняком» попали и губки, и мшанки, и некоторые оболочники, гидроиды; в отряде «плавающие полипы» есть и морские лилии. Класс лучистых, остаток прежней группы зоофитов, — смесь иглокожих, оболочников, медуз, сифонофор, и тут же ночесветка из простейших. Причины объединения столь разнообразных животных ясны из характеристики класса: они объединены на основании искусственного признака. Вши, первичнобескрылые насекомые и многоножки образуют один из отрядов паукообразных. Любопытно, что не менее бескрылая блоха отнесена к насекомым; очевидно, причиной этого является наличие у блохи полного метаморфоза, уже изученного Левенгуком и Сваммердамом. Трудно понять, почему ракообразные и кольчатые черви образуют более высокую ступень организаций, чем насекомые.
Причина промахов не только в том, что во времена Ламарка еще многого не знали. Известное значение сыграла и общая тенденция — показать постепенное усложнение организации: построив свои ряды на основании всего нескольких признаков, Ламарк был вынужден иногда буквально «подгонять» под них те или иные группы животных, и, конечно, такие группы попадали совсем не на свое место. Система Ламарка — первая попытка построить эволюционный ряд, желание показать и доказать, что животные изменчивы, что существует эволюция. Ступени организации — только внешний показатель прогрессивности и усложнения организации, но характеристики этих ступеней легли в основу последовательности классов, что вызвало ряд странностей как в распределении классов, так и в их составе.
Ламарк и его коллега по Музею Жоффруа Сент-Илер оставались верными воззрениям рационалистов: и в начале XIX в. они сохранили взгляды философов XVIII в., не поплыли по течению, увлекавшему буржуазию и интеллигенцию Франции тех времен — Франции консула Бонапарта, императора Наполеона и королей Бурбонов. Третий зоолог Музея — Кювье — пошел в ногу с буржуазией, и его споры с Сент-Илером, насмешки над Ламарком были не только «расхождениями на научной почве», — он видел в этой паре «фантазеров» и врагов своего класса.