В чем выражалось неподчинение 709-й ОМСБР Минобороны, так до сих пор и непонятно. Если командир 709-й ОМСБР не выполнял приказы министра обороны, тогда командир бригады должен был быть освобожден от занимаемой должности. На заседании парламента в июле 1993 г., где обсуждались события 4 июня 1993 г., военный прокурор Азербайджана Ровшан Алиев заявил следующее: «Мы заслушали свидетелей после дачи ими показаний для депутатской комиссии. Фактически приказа о расформировании в/ч 709 не может быть, так как речь о таком приказе может идти только в случае потери боевого знамени и структурной реорганизации, проводимой МО. В случае отказа командира выполнять приказ такой приказ не может относиться к личному составу, а только к командиру». На том же заседании парламента прокурор Гянджинского гарнизона Ровшан Юсифов указал следующее: «Утверждения о том, что 709-я бригада отказывалась подчиняться МО, не соответствуют действительности. Гарнизонная прокуратура не располагает ни одним фактом или документом, доказывающим подобное утверждение. Бригада была создана в апреле приказом МО после захвата армянами Кельбаджара. Благодаря ее действиям противник был отброшен от Муровдагского хребта, возвращен ряд важных стратегических высот, о чем хорошо знали в Министерстве обороны». Во время этих же слушаний в парламенте 15–16 июля 1993 г. в своем выступлении экс-министр обороны Дадаш Рзаев также говорил о том, что приказ о расформировании 709-й бригады он отдал в соответствии с указаниями президента Абульфаза Эльчибея и премьер-министра Панаха Гусейнова под предлогом того, что бригада не выполняет распоряжения МО, вышла из подчинения МО. Таким образом, можно констатировать, что никаких фактов, подтверждающих неповиновение 709-й ОМСБР приказам министра обороны, не было. Скорее всего, правительство НФА снова увидело в Сурете Гусейнове противника и решило уже окончательно разобраться с ним и с лояльными ему подразделениями.
2–3 июня 1993 г. в Гянджу начали перебрасывать подразделения Министерства обороны, МВД, ВВ, МНБ и президентской гвардии для проведения операции. Также были сняты и переброшены в Гянджу для участия в операции по разоружению 709-й бригады часть подразделений и артиллерии, оборонявшие Агдам.
О начале переброски войск в Гянджу для проведения операции против 709-й бригады стало известно командованию бригады. Так как бригада находилась на полигоне «Сейфаллы» на открытой местности, командование бригады решило передислоцировать ее в Гянджу и рассредоточить в городе. В ночь с 3 на 4 июня 1993 г. подразделения бригады незаметно для правительственных войск, уже сосредоточенных в Гяндже и окрестностях, вышли по частям с полигона «Сейфаллы», оставив на полигоне тыловую роту. 1-й МСБ и 4-й МСБ расположились в пустующей воинской части, находившейся на Шамкирской дороге недалеко от Гянджинской кондитерской фабрики. Танковая рота и 3-й МСБ вышли окружными дорогами на место постоянной дислокации в г. Гянджу. 2-й МСБ и две роты 4-го МСБ в это время находились на линии фронта в Агдеринском районе и у н/п Гюлистан соответственно.
Рано утром 4 июня 1993 г., когда правительственные войска под командованием полковника Исы Садыхова окружили и вошли на полигон «Сейфаллы», они обнаружили там и арестовали роту обеспечения тыла 709-й бригады численностью до 50 человек. Утром 4 июня 1993 г. началась операция и у расположения 709-й ОМСБР. Сначала в 5.50 утра со стороны соседней 130-й десантно-штурмовой бригады, где располагались прибывшие из Баку правительственные войска, в расположение 709-й бригады ворвался, смяв металлическое ограждение, танк. Въехав в расположение 709-й ОМСБР, танк разрушил стену казармы танковой роты. Под обломками стены оказались несколько солдат танковой роты. Затем расположение 709-й бригады было обстреляно из крупнокалиберного стрелкового оружия. После обстрела танк вернулся в расположение войсковой части № 130. По приказу комбрига Эльдара Алиева ответный огонь не открывался. Он сообщил о случившемся дежурному по Минобороны и Сурету Гусейнову. Узнав о случившемся, Сурет Гусейнов выехал в расположение 709-й ОМСБР.