Данный приказ вызвал много возмущения у местных отрядов. Некоторые начали в открытую отказываться подчиняться Эльбрусу Оруджеву. 1 мая 1992 г. Эльбрус Оруджев, вернувшись в Шушу, столкнулся с фактами открытого неподчинения. Так, командир 777-го батальона Эльчин Мамедов и командир Лачинского полка Ариф Пашаев, не спросив разрешения у Оруджева, убыли в Баку. В Баку Эльчин Мамедов и Ариф Пашаев встречались с руководством Минобороны, но Рагим Газиев потребовал от обоих подчиняться назначенному командиром бригады Эльбрусу Оруджеву. При попытке привести к присяге 816-й батальон из 328 бойцов лишь 119 принесли присягу. Часть бойцов, бросив свои позиции, ушли. Потом взбунтовалась рота 816-го батальона под командованием некого Ислама из Кяркиджахана, которые под угрозой убийства выгнали комбата Фахраддина Сафарова. После долгих переговоров порядок в батальоне удалось восстановить. С 3 мая 1992 г. Шушу начали покидать местные жители, бойцы местных отрядов, работники госорганов. Были предприняты попытки запретить выезд из города при помощи сил милиции и батальона НФА, но остановить отъезд жителей из города так и не удалось. С чем был связан отъезд жителей из города, так до конца и непонятно. По одним сведениям, отъезд людей из города был связан с распространением слухов о возможном нападении армянских войск, по другим сведениям, отпускать людей из города начали руководители учреждений и предприятий. Некоторые командиры местных отрядов самовольно выписывали отпускные удостоверения своим бойцам и отпускали их из расположения подразделений. 7 мая 1992 г. Тофик Огуз был назначен замкомандира 704-й МСБР. Вместо него комбатом был назначен М. Мурад-Заде. Это вызвало возмущение у командира роты Наиля Казымова, который в знак протеста бросил со своей ротой позиции на выс. Большой Кирс и прибыл в Шушу. После долгих уговоров, в которых по телефону принимал участие и Рагим Газиев, Наиль Казымов согласился вернуться на свои позиции. Таким образом, к 8 мая 1992 г. Эльбрусу Оруджеву так и не удалось добиться создания единого командования и подчинить себе местные отряды, план обороны города так разработан и не был. Несмотря на принятые меры, Эльбрус Оруджев так и не смог установить в городе единовластие, так как руководители добровольческих батальонов отказывались прислушиваться к приказам назначенного министром обороны ставленника. Каждый комбат действовал согласно своим интересам, и в результате в Шуше не было единовластия. О том, что командиры батальонов, дислоцированных в Шуше, отказываются подчиняться ему, Эльбрус Оруджев доложил по телефону Рагиму Газиеву. Сам Рагим Газиев неоднократно сообщал по телефону и в ходе личных встреч отдельным командирам, что они обязаны подчиниться командиру бригады. Но единого командования так установлено и не было.
Надо отметить, что в самом городе Шуша и в районе дислоцировалось от 2500 до 3000 солдат. На вооружении находились три танка Т-72, танк Т-55, шесть БМП, шесть БТР, два БРДМ, трии БМ-21 (установки «Град») и 6000 снарядов к ним, три 76-миллиметровые артиллерийские пушки, семь ЗУ-23 (пулеметы «Зенит»), три или четыре АГС-17, две 100-миллиметровые пушки, четыре установки «Алазань», тридцать установок «Игла» и «Стрела-2», двадцать 82-миллиметровых минометов, более пяти миллионов боеприпасов.
В самом Азербайджане обстановка была ничуть не лучше, чем обстановка в Шуше. В стране отсутствовала власть. С 6 марта 1992 г. исполняющим обязанности президента был председатель Верховного Совета Ягуб Мамедов, который до 5 марта был ректором Бакинского медицинского института. Таким образом, человек, еще 5 марта 1992 г. бывший ректором мединститута, уже вечером 6 марта 1992 г. стал и. о. президента. У самого Ягуба Мамедова никакой власти не было, и как руководителя его мало кто воспринимал. Силовые структуры были переданы НФА: с 17 марта 1992 г. министром обороны был назначен Рагим Газиев, а министром внутренних дел Тахир Алиев. Оба выходцы из НФА. Но власть Ягуба Мамедова не распространялась дальше его кабинета. Так, 26 апреля 1992 г. Ягуб Мамедов издал указ об освобождении Тахира Алиева с должности министра внутренних дел, но после того, как к нему в кабинет вошла «группа беев», через два часа отменил свой указ. В стране шла предвыборная президентская кампания. С конца апреля 1992 г. у Верховного Совета митинговали сторонника Гейдара Алиева, требовавшие допустить его к выборам, с начала мая их выгнали сторонники Муталибова во главе с Гаджи Абдулом, которые начали свой митинг перед зданием Верховного Совета. На 28 апреля 1992 г. была назначена сессия Верховного Совета с целью отмены возрастного ценза. Но под давлением руководства НФА проведение сессии было отменено.