Таким образом, в то время как правительство НФА в Баку было в предвкушении скорого добровольного освобождения армянскими войсками Кельбаджарского района, само армянское руководство в Нагорном Карабахе возвращать Кельбаджар не собиралось и уже разрабатывало планы захвата Агдама. Скорее всего, армянское командование использовало переговоры о мирном соглашении для передислокации войск и подготовки летнего наступления 1993 г.
Самое интересное, что даже после начала наступления армянских войск на Агдамском направлении в июне 1993 г. правительство НФА отказывалось верить в то, что армянские войска нарушили соглашение о прекращении огня. Командир 2-го мотострелкового батальона 708-й бригады Азербайджанской армии Хатаи Бахышев рассказывает: «В те дни активных боевых действий на Агдамском направлении не было, однако вскоре нам сообщили, что со стороны Аскерана (19-го поста) армяне перешли в наступление. Наша бригада приняла меры для отражения наступления, но вскоре мы получили новое сообщение, что это был отвлекающий маневр и армяне крупными силами перешли в наступление по линии сел Новрузлу – Марзили. При этом живую силу противник вывозил на передовую автомашинами «КамАЗ» и «Урал», чтобы мы не успели оказать сопротивление. Очень скоро оба села были захвачены. Командир 708-й бригады Талыб Мамедов позвонил президенту Эльчибею и сказал, что армяне нарушили соглашение о перемирии и перешли в широкомасштабное наступление. Эльчибей связался с Тер-Петросяном, но тот заявил, что информация о наступлении не соответствует действительности. Эльчибей повторил его слова комбригу, на это Талыб Мамедов возмущенно сказал, что в настоящее время подбитый армянский танк горит перед 19-м постом и он видит это собственными глазами»[140]
.Самым серьёзным фактором, оказавшим влияние на ход боевых действий летом 1993 г., стал тяжелый внутриполитический кризис и хаос, которые наступили в Азербайджане после событий 4 июня 1993 г.[141]
Карательная операция против воинских частей, считавшихся лояльными экс-командиру 2-го АК Сурета Гусейнова, закончилась полным провалом. Часть правительственных войск сдалась в плен, часть разбежалась. После чего начался «поход на Баку» верных Сурету Гусейнову войск. Страна вплотную подошла к угрозе гражданской войны. Правительство НФА обратилось за помощью к Гейдару Алиеву, который 15 июня 1993 г. был избран председателем Верховного Совета. 17 июня 1993 г. президент и Верховный главнокомандующий Вооруженными силами Азербайджана Абульфаз Эльчибей сбежал из Баку в своё родное село Келеки в Нахичевани. Силовые министры (МО, МНБ и МВД) подали в отставку. 24 июня 1993 г. Гейдар Алиев решением парламента стал исполняющим обязанности президента. 30 июня 1993 г. Сурет Гусейнов был назначен премьер-министром. Одновременно решением Милли Меджлиса № 633 от 30 июня 1993 г. в целях укрепления оборонной мощи Азербайджана в период войны и обеспечения скорейшего освобождения его оккупированной территории Министерство обороны, Министерство внутренних дел и Министерство национальной безопасности были переданы в подчинение премьер-министра[142].Когда Гейдар Алиев пришел к власти, то обнаружил тяжелое наследство, оставшееся от предыдущих руководителей. Бегство Эльчибея, после чего находящиеся в правительстве представители НФА «заморозили» свою деятельность, отставки многих министров, руководителей и других должностных лиц из партий НФА и Мусават, привели к параличу власти. Фактически надо было с нуля создавать систему власти и управления в стране, решать вопросы обеспечения правопорядка и национальной безопасности. В стране царила анархия. Продолжалось противостояние НФА и Сурета Гусейнова. На севере и юге страны создавались сепаратистские структуры. Политические группировки создавали свои вооруженные отряды. Во многих районах группы вооружённых людей захватывали здания государственных органов и назначали сами себя главами районов. Появилось много незаконных вооруженных формирований, которые служили только определенным политическим силам. Необходимо было любым способом избежать втягивания страны в гражданскую войну и вооруженных конфликтов внутри страны.