Первый период войны дал ценный опыт маневренного базирования и организации тылового обеспечения передовых сил флота с помощью подвижных средств. Полученный опыт убедительно показывал важность подвижных сил и средств тыла в условиях маневренной войны и необходимость значительного их увеличения. На флотах и в Наркомате ВМФ правильно понимали значение повышения роли подвижности тыла в наступательных операциях на приморских направлениях. В приказе наркома ВМФ ставилась задача Главному управлению портов ВМФ добиваться большей мобильности тыла флота при изменении системы базирования. Намечались и пути решения этой задачи: создание подвижных баз тыла и автотранспортных частей.
Однако к началу наступательных операций второго периода войны ни один из флотов не имел еще специальных подвижных тыловых баз и мощных автотранспортных средств, не была до конца отработана и система развертывания группировок тыла и организации тылового обеспечения передовых сил флота в ходе наступательных операций на приморских направлениях. Основной расчет в Главном штабе ВМФ и на флотах делался на действующие военно-морские базы и быстрое развертывание новых баз на освобождаемом побережье.
Однако уже в первых наступательных операциях с участием сил флотов (Новороссийско-Таманская и разгром немецко-фашистских войск под Ленинградом) расчеты на быстрое развертывание военно-морских баз и пунктов маневренного базирования на освобожденном побережье не оправдались. В ходе Новороссийско-Таманской операции было намечено десантирование с использованием для посадки десанта освобожденной Анапы. Но тыл флота не успел развернуться в новом районе. И это затруднило действие высаженного десанта. По этой же причине медленно развертывались тральные работы, что задерживало восстановление судоходства в прибрежных районах. Штаб Краснознаменного Балтийского флота в связи с подготовкой наступательной операции разработал подробный план развертывания новых военно-морских баз. При планировании первого этапа операции (выход войск на р. Нарова) расчет строился на восстановление железных дорог в течение 7-10 дней. Фактически они начали действовать через месяц, а подвоз материальных средств силам флота был невозможен по ледовым условиям. Располагая ограниченными автотранспортными средствами, тыл флота не смог своевременно развернуть свои части и подразделения в освобожденных западных районах Ленинградской области, что привело к ограниченному использованию передовых сил флота.
Опыт этих двух операций показал настоятельную необходимость принятия решительных мер по повышению подвижности отдельных звеньев тыла флотов, создания специальных подвижных сил и средств по линии всех служб. Большие разрушения железных дорог и медленные темпы их восстановления, серьезная минная опасность и недостаток вспомогательных судов ограничивали использование железнодорожного и морского транспорта для передислокации частей тыла флота, а также для регулярного подвоза материальных средств. В сложившихся условиях неуклонно повышалась роль автомобильного транспорта. Он нередко являлся единственным средством подвоза.
В 1944 г. поступление автомашин на флоты резко возросло, что позволило сформировать автотранспортные батальоны. Это повысило транспортные возможности тыла флотов. На базе автобатальонов и других подвижных средств (торпедовозов, бензовозов) на Черноморском флоте, Дунайской военной флотилии и частично на Краснознаменном Балтийском флоте были созданы подвижные группировки сил и средств тыла флота (флотилии) для материального, частично технического и медицинского обеспечения передовых сил флота, продвигавшихся за приморскими армиями фронтов. Первым такой опыт осуществил начальник тыла Черноморского флота генерал-лейтенант береговой службы М.Ф. Куманин. Группировки включали объединенный головной склад тыла флота, перевалочную базу, автотранспортный батальон, подвижную авторембазу и другие части и учреждения и выполняли функции подвижных баз тыла флотов (флотилий). Эти формирования сыграли важную роль в обеспечении передовых сил флота в наступательных операциях на приморских направлениях. Был сделан важный шаг в переходе от стационарного тыла флота к подвижным формам его организации.
Вместе с тем данная организация имела и существенные недостатки. Во-первых, созданная группировка тыла не получила организационного оформления. В ней не было создано управление базы. Принятая форма руководства путем назначения оперативной группы являлась недостаточно полной, самостоятельной и оперативной. Во-вторых, все подвижные группировки на флотах и флотилиях были недостаточно мощными, имели ограниченные силы и средства. Особенно недоставало в них оборудования для полевого хранения материальных средств, средств механизации погрузочно-разгрузочных работ. Основная часть подвижной группировки (объединенный головной склад) была громоздкой. Для ее перемещения требовалось много транспорта, передислокация в новый район развертывания могла осуществляться только в период оперативных пауз.