Центром крестьянской вольности была казацкая республика под названием Сечь, в степях, за днепровскими порогами. Туда часто убегали крестьяне, которые не дали себя закабалить и привязать к земле, и там они объединялись в дружины, во главе которых стояли атаманы. Эти вольные казацкие полки отражали набеги татар из Крымского ханства, а польское правительство пыталось организовать из них пограничное войско, что не всегда получалось. Это было полувоенное, полукрестьянское сословие, которое не желало подчиняться кому бы то ни было, и в определенный момент оно и выступило, чтобы освободить Украину от власти "ляхов и жидов".
Еще в 1637 году казацкий атаман Павлюк пошел из Запорожья в Полтавщину и поднял крестьян против панов и евреев. "Повелеваем вам и убеждаем вас, - призывал он народ, - чтобы вы все единодушно, от мала и до велика, покинувши все свои занятия, немедленно собрались ко мне". В городах Лубны и Лохвица восставшие разрушили костелы и синагоги, убили ксендзов и около двухсот евреев. Бунт подавили польские войска, Павлюка казнили, всю дорогу от Днепра и до Нежина уставили трупами посаженных на колы холопов. Права и вольности казаков ограничили, многих из них прикрепили к земле и обязали работать на панов, а за малейшую попытку к восстанию беспощадно наказывали. "И мучительство фараоново, - записано в малороссийской летописи, - ничего не значит против их тиранства. Ляхи детей в котлах варили, женщинам выдавливали груди деревом и творили иные неисповедимые мучительства". Эти репрессии еще больше озлобили крестьян и казаков, и нужен был только повод для всеобщего народного восстания.
Весной 1648 года бывший Чигиринский сотник Богдан Хмельницкий заручился поддержкой крымских татар, собрал вокруг себя запорожских казаков, которые провозгласили его гетманом, и двинулся на поляков. Совместное казацко-татарское войско победило. поляков при Желтых Водах и у Корсуни, и восстание тут же охватило все восточное Приднепровье. Отряды крестьян, горожан и казаков под предводительством атаманов Кривоноса, Гани, Морозенко, Тимофея Хмельницкого, старшего сына Богдана, громили польские поместья, убивали католиков и евреев, оскверняли и уничтожали без пощады костелы и синагоги. Даже "православные ремесленники и торговцы, - писал современник, - гибли за то единственно, что носили польское платье, и не один щеголь заплатил жизнью за то, что, по польскому обычаю, подбривал себе голову".
Евреи были для восставших польскими ставленниками, которые отвечали теперь за своих хозяев, и расправы сопровождались чудовищными зверствами. Еврейский летописец Натан Гановер писал: "С одних казаки сдирали кожу, а мясо кидали собакам; другим наносили тяжелые раны, но не добивали, а бросали их на улицу, чтобы они медленно умирали; многих же закапывали живьем. Грудных младенцев резали на руках матерей, а многих разрывали как рыбу. Беременным женщинам распарывали животы, вынимали ребенка и хлестали им по лицу матери, а иным вкладывали в живот живую кошку, зашивали живот и обрубали несчастным руки, чтобы они не могли вытащить кошку. Иных детей прокалывали пикой, жарили на огне и подносили матерям, чтобы они отведали их мяса. Иногда сваливали кучи еврейских детей и делали из них переправы через речки для проезда… Татары же брали евреев в плен; их жен они насиловали на глазах у мужей, а красивых забирали себе в качестве слуг или наложниц. Подобные жестокости казаки творили повсюду, также над поляками, в особенности над их священниками". Русский историк девятнадцатого века Н. Костомаров писал: "Самое ужасное остервенение показывал народ к иудеям: они осуждены были на конечное истребление, и всякая жалость к ним считалась изменою. Свитки Закона были извлекаемы из синагог: казаки плясали на них и пили водку, потом клали на них иудеев и резали без милосердия; тысячи иудейских младенцев были бросаемы в колодцы и засыпаемы землею… В одном месте казаки резали иудейских младенцев и перед глазами их родителей рассматривали внутренности зарезанных, насмехаясь над обычным у евреев разделением мяса на кошер (что можно есть) и треф (чего нельзя есть), и об одних говорили: это кошер - ешьте, а о других: это треф - бросайте собакам!"
Спасти могло только принятие православия, но евреи - в массе своей - шли сознательно на мученическую смерть, но не соглашались изменить своей вере. Десятки городов стали местом их гибели: Переяслав, Пирятин, Лохвица, Лубны, Немиров, Тульчин, Полонное, Заславль, Острог, Староконстантинов, Бар, Кременец и многие, многие другие. Бывало порой так, что некоторые города осаждали с одной стороны казаки, а с другой - татары, и евреи убегали к татарам, чтобы не попасть в руки к казакам, а те брали их в плен и отправляли в Стамбул. Для спасения пленных евреи Стамбула, Салоник, Венеции и Ливорно собирали большие суммы денег и выкупали несчастных.