Вести о передвижении казацко-татарского войска передавались из города в город и повсюду вызывали панику среди евреев. Ни на пощаду врага, ни на помощь православных соседей рассчитывать было нельзя. Оставалось только бежать с места на место, прятаться в лесах, искать спасения там, куда казаки еще не пришли. Натан Гановер писал: "И вот опять началось бегство. Кто имел лошадь и повозку - уезжал, остальные брали жену и детей и убегали, бросая дом с имуществом… Лошади с повозками шли в три ряда по всей дороге от Острога до города Дубно, на протяжении семи верст… По пути нас нагнали трое верховых и сказали: "Что вы тащитесь так медленно? Ведь враги догоняют нас, сейчас они в Межиричах, откуда мы едва спаслись". Тогда началась небывалая паника среди наших братьев…, многие женщины и мужчины растеряли детей в суматохе и убежали в леса и пещеры".
Евреи могли рассчитывать только на заступничество польских начальников, но восстание украинцев было повсеместным, а польские руководители народного ополчения - слабы и нерешительны. Лишь один из поляков, князь Иеремия Вишневецкий, успешно боролся с казаками и приходил на помощь евреям. Это он казнил немировских мещан за соучастие в резне, и евреи говорили о нем, что он "как отец о детях" заботится о них. Но этого было недостаточно. Закаленные в боях казаки побеждали поляков на поле боя, и уже ничто не могло остановить их. Десятки цветущих еврейских общин на Украине были разгромлены, и тысячи беженцев хлынули в польско-литовские общины, не затронутые бедствием.
А восстание охватило уже часть Белоруссии и Литвы. В Чернигове была уничтожена вся еврейская община, затем в Стародубе, оттуда казаки пошли на Гомель. В этом белорусском городе "враги совершили страшное избиение; били несчастных кольями, чтобы медленно умирали. Кучами падали мужья, жёны, дети. И не было им погребения, и псы и свиньи поедали валявшиеся трупы". По официальным донесениям в Гомеле "было побито жидов с женами и детьми больше двух тысяч, а ляхов с шестьсот человек; из белоруссов же никого не побили и не грабили". По местным преданиям из всей гомельской общины спаслась только одна еврейка, родоначальница семьи Бабушкиных.
Осенью 1648 года отряды казаков и татар стали совершать набеги на внутреннюю Польшу. Шляхта и евреи спасались в укрепленных городах. Общий враг сплотил их, и даже мещане-католики забыли на время свою вражду к конкурентам-евреям. Сообща сражались, сообща переносили все тяготы осады и сообща вели переговоры с неприятелем. Осадив Львов, Хмельницкий пообещал пощадить город, если ему выдадут евреев. Но магистрат ответил ему, что он не вправе распоряжаться евреями, которые подвластны королю и несут службу наравне с мещанами, не уступая им в мужестве. Кончилось тем, что Хмельницкий снял осаду, получив контрибуцию со всего населения, и евреям пришлось для этого продать серебро и ценную утварь из львовских синагог. Зато в Белограе, Грубешове и Томашове казацкие отряды вырезали всех евреев, и в еврейском сочинении тех лет под названием "Бедствия времен" сказано: "В Томашове сидели мальчики еврейские за учебным столом; враги, прибывши туда, придавили их столом к стене, так что ни один не остался в живых". Типичная картина того времени определена одной фразой в письме поляка-современника: "Жиды все вырезаны, дворы и корчмы сожжены".
Летом 1649 года на границе Волыни и Галиции стояли друг против друга огромные армии: польская и украинско-татарская. Казаки одолевали и чуть было не забрали в плен короля Яна Казимира, но татарский хан неожиданно перешел на сторону поляков. Из-за этого Богдан Хмельницкий вынужден был согласиться на ограниченные условия Зборовского договора, по которому из состава Польского королевства выделили казацкую Украину с территориями Киевского, Черниговского и Брацлавского воеводств. Эта часть Украины признавалась автономной, охранялась казацкими войсками, управлялась православными чиновниками, а иезуитам и евреям было запрещено там жить. В договоре было сказано, что евреи не могут быть "ни владетелями, ни откупщиками, ни жителями в украинских городах, где казаки имеют свои полки… А которые жиды объявятся за Днепром, тех жидов в запорожском войске грабить и отпускать назад за Днепр".