Среди расстрелянных одесскими чекистами были: генерал М. И. Эбелов — бывший начальник Одесского военного округа, генерал-майоры Н. П. Бирюков, В. Т. Федоренко и Л. О. Гулькевич, полковники П. П. Силис, А. А. Корбут, В. А. Левдиков, А.П. Осипов. бывший председатель департамента Одесской судебной палаты Н. И. Демянович, бывший товарищ прокурора Одесской судебной палаты В. Н. Недзвецкий, бывший прокурор Одесского окружного суда. Н.С. Баранов. И. Зайченко — бывший председатель совета Южного монархического союза, члены Союза русского народа П. Нардык и Анна Ершова. Как заложники — «на основании красного террора» были расстреляны: граф Стибор-Мархоцкий и граф М. Роникер, барон Б. Штенгель; купцы 1-й гильдии Я. Зусович, Л. Фаминер, Ш. Понозон и С. Кальфа, купцы 2-й гильдии, А. Янкелев, И. Шац, Е. Багров…
И. Бунин в середине июня 19-го запишет: «В Одессе расстреляно еще 15 человек (опубликован список). Из Одессы отправлено «два поезда с подарками защитникам Петербурга», то есть с продовольствием (а Одесса сама дохнет с голоду). Нынче ночью арестовано много поляков, — как заложников, из боязни, что «после заключения мира в Версале на Одессу двинутся поляки и немцы». Поляков в Одессе арестовано больше тысячи. При арестах их, говорят, нещадно били. Говорят, матросы, присланные к нам из Петербурга, совсем осатанели от пьянства, от кокаина, от своеволия. Пьяные, врываются к заключенным в чрезвычайке без приказов начальства и убивают, кого попало. Недавно кинулись убивать какую-то женщину с ребенком. Она молила, чтобы ее пощадили ради ребенка, но матросы крикнули: «Не беспокойся, дадим и ему маслинку!» — и застрелили и его. Для потехи выгоняют заключенных во двор и заставляют бегать, а сами стреляют, нарочно делая промахи».
Жертвами террора ЧК и Чрезвычайных Ревтрибуналов в апреле — августе 19-го стало до 2-х тысяч одесситов (расстрелянными) и до 10-ти тысяч — оказавшимися в тюрьмах и концлагерях. К этому списку необходимо добавить жертвы «красного террора» погибшие в перестрелках, застреленные при попытке побега, умершие в тюрьмах, расстрелянные по приговору судов и революционных трибуналов Террор в окрестностях Одессы осуществлялся не только уездными ЧК, но и 26-й и 31-й особыми бригадами ЧК.
В начале июня 19-го руководителем одесского ЧК стал большевик Калестрат Саджая.
В апреле 1919 г. Мишка Япончик становится командиром отряда Красной Армии, что воюет против отряда атамана Орлика, а мае 1919 г. — командиром советского бронепоезда № 870 932, что предназначался для подавления восстания, поднятого атаманом Григорьевым. На «григорьевский фронт» отправился и Анатолий Железняков.
А в первых числах июня 19-го в одесских «Известиях» появляется открытое письмо Мишки Япончика проливающее свет на тайны биографии «короля воров»: «Что касается буржуазии, то если мною предпринимались активные действия против нея, то этого, я думаю, никто из рабочих и крестьян не поставит мне в вину. Потому что буржуазия, привыкшая грабить бедняков, сделала меня грабителем ея, но именем такого грабителя я горжусь, и покуда моя голова на плечах, для капиталистов и врагов народа буду всегда грозой».
В то же время М. Винницкий — Япончик предложил организовать отряд из числа своих приверженцев «для защиты революции» в структуре 3-й Украинской советской армии Это предложение нашло поддержку в Реввоенсовете 3-й армии, и Япончику разрешают сформировать батальон особого назначения для борьбы на деникинском фронте. Этот батальон набирался из одесских бандитов, считавших своим атаманом Япончика. Когда число добровольцев превысило тысячу человек, батальон был развернут в 54-й имени Ленина советский стрелковый полк 3-й украинской советской армии. Командиром полка остался «товарищ Мишка», а комиссаром стал секретарь Одесского исполкома анархист Александр Фельдман. Среди политработников полка выделялся венгр-интернационалист будущий коммунистический вождь Тибор Самуэли.
Полк состоял из трех батальонов. В первых двух находились добровольцы — одесские налетчики и воры, дружинники отряда еврейской самообороны. В третий батальон направлялись мобилизованные студенты Новороссийского университета. В полк были зачислены также 132 коммуниста, мобилизованных губкомом КП(б)У для пропагандистской и воспитательной работы. Однако большинство коммунистов отказалось вступить в полк и вести там пропагандистскую работу, ссылаясь на то, что пребывание в полку опасно для жизни. Полк был хорошо вооружен, имел 40 трофейных пулеметов, конную сотню, оркестр и граммофон. Красное знамя от РВС вручали полку председатель Губисполкома Забудкин и комиссар труда Петр Старостин.