Якир решил выдать Япончику бумаги о том, что его «полк» направляется в штаб армии для получения нового назначения. Якир рассчитывал в пути, в предоставленном командованием вагоне, Япончика арестовать, а бандитские батальоны разоружить. Комдив приказал «штабу» 54-го полка Япончика отбыть в распоряжение командующего 12-й советской армией, который находился в Киеве. Прямой путь из Бирзулы в Киев был невозможен, его перекрыли петлюровцы. Оставался свободным только путь через Ольвиополь (ныне Первомайск).
Япончик знал о коварстве большевиков, предчувствовал, что над ним готовится расправа. Он отобрал 116 наиболее преданных «боевиков» в свою личную охранную сотню и отбыл на Ольвиополь. Но в Киев ехать не собирался, потому что знал, что там его ждут застенки ЧК. Япончик мечтал прорваться в родную Одессу и там… может быть снова стать ее «королем» или просто на время затаиться. Поэтому от станции Помашная он поворачивает свой эшелон на Вознесенск, в направлении на Одессу. По другой версии, все пути на Киев к тому времени был уже отрезаны наступавшими белогвардейцами, махновцами и григорьевцами, и выполни Япончик тогда приказ, он попал бы в руки к врагам и неминуемо оказался бы на виселице. Поэтому Япончик не бежал, а действовал в соответствии с обстановкой.
Командование приказало немедленно догнать беглецов и наказать виновных по всей строгости военного времени. По распоряжению Котовского комиссар Фельдман и его заместители-политруки на специальном паровозе ринулись в погоню. Всем военкомам железнодорожных станций было предписано не пропускать поезд Япончика. Однако тот, под угрозой расстрела заставлял военкомов отправлять свой поезд вне графика, без всякой задержки.
Доклад уездвоенкома М.Синюкова Одесскому окружному комиссару по военным делам показывает реальные события: «4-го сего августа 1919 года я получил распоряжение со станции Помашная от командующего внутренним фронтом т. Кругляка задержать до особого распоряжения прибывающего с эшелоном командира 54-го стрелкового советского украинского полка Митьку Японца. (В докладе Мишка Япончик ошибочно назван Митькой Японцем. — Авт.)
Во исполнение поручения я тотчас же отправился на станцию Вознесенск с отрядом кавалеристов Вознесенского отдельного кавалерийского дивизиона и командиром названного дивизиона т. Урсуловым, где распорядился расстановкой кавалеристов в указаных местах и стал поджидать прибытия эшелона.
Ожидаемый эшелон был остановлен за семафором. К остановленому эшелону я прибыл совместно с военруком, секретарем и командиром дивизиона, и потребовал немедленной явки ко мне Митьки Японца, что и было исполнено.
По прибытии Японца я объявил его арестованным и потребовал от него оружие, но он сдать оружие отказался, после чего я приказал отобрать оружие силой.
В это время, когда было преступлено к обезоруживанию, Японец пытался бежать, оказал сопротивление, ввиду чего был убит, выстрелом из револьвера, командиром дивизиона.
Отряд Японца, в числе 116 человек, арестован и отправлен под конвоем на работу в огородную организацию».
По другой версии Урсулов и Синяков с отрядом устроили засаду возле железнодорожного депо в высокой кукурузе, в поле которое звалось «Марьин луг». Они закрыли семафор и вынудили эшелон Япончика остановиться. Когда Япончик, его жена Лиза и его адъютант Халип, направились к будке стрелочника, чтобы узнать, что случилось, то Урсулов, Синяков и одесский чекист Зорин начали стрелять из засады, застрелив Япончика, Лизу и Халипа.
Еще одна версия гласит, что Япончик был застрелен Никифором Урсуловым в глиняном карьере, в полутора километрах от Вознесенска, и Урсулов забрал у Япончика как трофей его генеральскую шашку. А бойцы полка Япончика, под дулами пулеметов, были выведены из вагонов и отправлены в концлагерь, что был создан в селе Кантокузовка.
Япончик был убит Н.Урсуловым «при попытке к бегству», без суда и следствия. за это убийство Урсулов вскоре получает орден Красного Знамени. Часть людей Япончика была расстреляна за разбой, некоторых направили в тюрьму Одессы, где их судили и приговорили к различным срокам заключения. Около пятидесяти человек из 54-го полка оказались на принудительных работах в огородах.
Через четыре часа после похорон, на место убийства Япончика прибыл комиссар полка Саша Фельдман. Он не верил в «глупую» смерть Япончика, и по его требованию могила Япончика была вскрыта. Там покоилось тело «короля воров» в матросской тельняшке и трусах. Фельдман столкнул ногой труп в яму со словами: «Собаке — собачья смерть». Через два дня на место событий приехал Н. Подвойский — военный народный комиссар УССР. Он поблагодарил всех участвовавших в ликвидации Япончика и снова приказал вскрыть могилу, чтобы лично убедиться в гибели Япончика.