Беспощадный «красный террор» был направлен против немецких колонистов, в отдельных колониях каратели расстреливали каждого пятого мужчину — немца. Председатель Совета Обороны Одессы И. Клименко вспоминал, что «…ликвидация была самая радикальная, имущество всех тех, кто участвовал в восстании, конфискововалось». Конфисковывались сельскохозяйственный инвентарь, кони, рогатый скот, птица, продовольствие. С помощью полной реквизиции хлеба в восставших селах, в августе 1919 г. «красным» властям улучшение снабжения Одессы. Но цены держались астрономические буханка хлеба стоила 150 рублей в то время как зарплата рабочего была не более 700 рублей.
Иван Бунин фиксировал: «…Фельдман предложил «употреблять буржуев вместо лошадей, для перевозки тяжестей». Это встретили бурными аплодисментами. Какая гнусность! Весь город хлопает деревянными сандалиями, все улицы залиты водой, — «граждане» с утра до вечера таскают воду из порта, потому что уже давно бездействует водопровод. И у всех с утра до вечера только и разговору, как бы промыслить насчет еды. В университете все в руках семи мальчишек первого и второго курсов. Главный комиссар — студент киевского ветеринарного института Малич. Разговаривая с профессорами, стучит на них кулаком по столу, кладет ноги на стол. Комиссар высших женских курсов — первокурсник Кин, который не переносит возражений, тотчас орет: «Не каркайте!» Комиссар политехнического института постоянно с заряженным револьвером в руке».
В апреле 19-го года, после установления советской власти в Одессе, Котовский получает первую официальную советскую должность — военкома Овидиопольского военного комиссариата, и одновременно ему предлагают создать группу для подпольной работы в Бессарабии. Вскоре он получает должность командира конного отряда в 80 человек Приднестровского отряда 44-го стрелкового полка 3-й украинской советской армии.
3 июня 1919 года Котовский получает крупную командную должность — командира 2-й пехотной бригады 45-й стрелковой дивизии. Бригада состояла из трех полков и кавалерийского дивизиона. Первое «проверочное» задание для Котовского заключалось в подавлении недовольства крестьян-старообрядцев села Плоское Одеской губернии. Восставшие крестьяне шесть дней обороняли свое село, но, в конце концов каратели успешно справился с заданием, потопив в крови крестьянское возмущение. Восставшие села Плоского получали боевую подмогу из сел Комаровка и Малаешты, так что пришлось «карать» и эти села. Через две недели Котовский подавил восстание немецких крестьян-колонистов, действовавших в близких от Одессы селах Большая Акаржа и Иозефсталь, а также огнем и мечем «умиротворил» петлюровское село Горячевка.
Вскоре соединение Котовского было переименовано в 12-ю Бессарабскую бригаду 45-й дивизии. Сначала она использовалась как военное прикрытие со стороны Румынии по реке Днестр. Но с наступлением войск Петлюры, с конца июля 1919 года, бригада Котовского удерживала фронт в районе Ямполь — Рахны. В состав этой бригады входило около трех тысяч бойцов, часть из которых (полк матроса-анархиста Стародуба), была полностью неконтролируема и отказывалась выступать на позиции. После того, как матросский полк перепился, разведка петлюровцев напала на матросов и перебила тех из них, кто не успел убежать. Разгром полка Стародуба привел к отступлению всей бригады.
Начдив 45-ой Савицкий сообщил, что бригада Котовского «… представляет из себя жалкие, бегущие, потерявшие всякое управление остатки. Боевой силы она не представляет». В середине июля 1919 года Котовский сражается против многочисленных крестьянских повстанческих петлюровских отрядов атаманов Ляховича, Волынца, Железняго, которые захватили подольские местечки Немиров, Тульчин, Брацлав и угрожали тылу Красной Армии.
Председатель комитета обороны Одессы тов. И. Клименко запишет: «Одесса все время жила на положении эвакуации, так как с суши все время была угроза со стороны все время разгуливавших Махно, Григорьева, а с моря угрожали англичане и французы. Комитетом обороны были приняты меры что бы встретить десант должным образом, но 47-я дивизия, которая охраняла Черноморское побережье и части которой стояли в Одессе, и командование дивизией приказа не выполнила. В городе не было абсолютно никаких сил, так как все местные силы были оттянуты для ликвидации поражения в Николаеве, восстановления фронта по Бугу и значительные части были направлены против Махно на Помашную для восстановления связи Бобринская — Киев. Был в городе караул, штыков в 4000, но он был ненадежен. В городе были отряды в незначительном количестве при Чрезвычайной комиссии, при особом отделе, которые охраняли самые важные места».