Эти три новости заставили каждого моряка задуматься о цене войны. Вся команда рейдера оставались предана своей присяге, она и дальше была готова сражаться под руководством своих командиров — однако люди были вымотаны почти постоянной тревогой, вечно нависающая опасность гибели порождала страх, который постепенно нарастал.
Затем радист получил секретное сообщение от высшего германского морского командования. SKL предупреждал, что британцы могут определить местоположение корабля по его радиосигналам. Это был факт, о котором Рогге уже знал, поскольку некоторое время назад лейтенант Бройере разъяснил ему, что в принципе это возможно. Бройере сам использовал радиопередачи противника для того, чтобы обнаружить «Спейбанк», а позднее он использовал свою аппаратуру, чтобы найти французский танкер «Лот». Эта новость имела и положительную сторону — по крайней мере, морской штаб уже не будет постоянно требовать от рейдера пространных докладов о его состоянии и координатах.
«Атлантис» встретился с «Бабитонгой» в назначенном месте и передал на нее пленных «Бабитонга» в свою очередь отправилась в дальнейший путь, чтобы перегрузить пленных на подводную лодку, снабжающую судно снабжения «Эссо Гамбург». Затем она вернулась, чтобы продолжить поддержку «Атлантиса».
Тем временем Рогге решил оставаться на месте — чтобы закончить перекраску корабля, привести в порядок маскировку, а также завершить ремонт и профилактику обоих двигателей. Кюн задействовал в этих работах почти всех своих людей.
Когда «Бабитонга» вернулась, работы еще были не закончены, и Рогге послал судно снабжения ждать его в другой условленной точке в центральной Атлантике.
Тем временем SKL приказал Рогге двигаться дальше на север, чтобы прочесать северную часть торгового маршрута из Кейптауна во Фритаун и попытаться перехватить суда, которые поворачивали отсюда на запад к Южной Америке. В конце месяца «Атлантис» должен был покинуть район возле Фритауна и двинуться обратно на юг — для встречи с другим рейдером. SKL сообщил позицию, где «Атлантису» предписывалось в первую неделю июня устроить рандеву с «Судном № 36» — вспомогательным крейсером «Орион».
Рогге не особенно был доволен новым приказом, который приводил его корабль еще ближе к «осиному гнезду» Атлантического океана. К тому же положение немцев серьезно ухудшилось. С потерей «Бисмарка» высвобождались крупные британские корабельные силы, которые могли быть переброшены для охоты за немецким рейдером.
Тот факт, что Германия не имела никаких морских баз или портов за пределами Северного и Балтийского морей, являлся ахиллесовой пятой Кригсмарине. Немцы должны были положиться на очень уязвимый флот судов снабжения, поддерживающие их «карманные линкоры», большие крейсеры, рейдеры и субмарины, снабжавший их продовольствием, боеприпасами и топливом. Теперь, когда «Бисмарк» больше не отвлекал британцев, немецкие линии снабжения были в серьезной опасности.
11 июня рабочая команда закончила плановый ремонт и «Атлантис» отправился на север к новому району патрулирования. Пять дней спустя, 16 июня 1941 года, он побил рекорд рейдера «Вольф» по длительности пребывания в море, поставленный во время Первой мировой войны. Прошло уже 445 дней с того момента, когда «Атлантис» покинул Германию, и его команда уже имела больше непрерывно проведенных в море календарных дней, чем команда любого другого рейдера в истории морских войн.
В течение первой недели июня 1941 года британцы действительно доказали свою способность читать шифр «Гидра», начав серию хорошо организованных атак по уязвимой и чрезмерно растянутой сети немецких кораблей в океане. Британская разведка читала закодированные инструкции немецким субмаринам и наводила на вражеские лодки боевые корабли с близлежащих баз. Эти хорошо скоординированные действия отметили начало конца для немецких подводных лодок, судов снабжения и крейсеров в далеких водах Южной Атлантики и Индийского океана.
Поскольку британцы могли направлять против немецких кораблей превосходящие силы, германские усилия разрушить союзническую морскую торговлю были обречены. Британское наступление завершилось потоплением 9 немецких судов снабжения, при этом все было проделано так ловко, что не вызывало подозрений у берлинского Штаба руководства войной на море. (Одним из потопленных судов был снабженец «Атлантиса» — транспорт «Бабитонга». Он погиб 21 июня 1941 года, перехваченный 13 220-тонным британским тяжелым крейсером «Лондон» несколько севернее экватора близ побережья Западной Африки, в точке с координатами 2 градуса 5 минут северной широты и 27 градусов 42 минуты западной долготы. Когда британский крейсер приблизился, капитан «Бабитонги» приказал покинуть корабль.) Всегда имелись благовидные объяснения случайных английских удач, и немцы даже не подумали подвергнуть сомнению надежность их морских кодов.