Рогге понимал, что ход войны изменился. С каждым прошедшим днем его миссия становилась все более опасной и более сложной. Трудности и риск, сопровождающие действия рейдера, увеличились также и по причинам, не зависящим от успехов британской разведки. Первая трудность была связана с районом действий других немецких рейдеров. «Корморан» («Судно № 41»), действовал в Бенгальском заливе, между Цейлоном и Суматрой. «Комет» («Судно № 45») оперировал возле западного побережья Австралии, а «Орион» («Судно № 36») рейдерствовал в Коралловом море к востоку от Австралии. Такое разделение означало, что в непосредственной близости от «Атлантиса» не было никаких вспомогательных крейсеров, чтобы смутить врага и помочь скрыть следы рейдера. Операционные зоны четырех рейдеров теперь стали отдельными и весьма очевидными для британского военно-морского штаба. Королевский флот мог сосредоточить свое внимание на любой из областей и выследить любое судно в любое время.
Другой проблемой Рогге было отсутствие целей. Большинство торговых путей союзников теперь было реорганизовано, там организовывались конвои, к которым вспомогательный крейсер просто не мог приблизиться. Обстановка складывалась явно не в пользу «Атлантиса». Однако одиночные торговые суда иногда еще попадались, и Рогге надеялся их обнаружить.
Несмотря ни на что, 17 июня 1941 года пилоты с «Атлантиса», производя разведку, заметили со своих самолетов сразу пять различных судов. Как раз перед наступлением темноты «Атлантис» сделал первый предупредительный выстрел. Снаряд упал перед носом вражеского судна, которое оказалось 4762-тонным британским пароходом «Тоттенхэм», построенным всего год назад. Прежде чем Рогге смог предотвратить выход судна в эфир, «Тоттенхэм» успешно передал свои координаты и сообщил о нападении торгового рейдера. Этот сигнал приняли две береговые станции — в Уолфиш-бее и на острове Вознесения. («Тоттенхэм» сообщил о своем местоположении — она находился на 7 градусах 39 минутах южной широты и 19 градусах 12 минутах западной долготы.) Затем английский корабль открыл по «Атлантису» огонь из своего орудия.
Рогге не испытывал удовольствия, расстреливая суда, которые были значительно слабее его корабля — но он не мог рисковать даже небольшими повреждениями рейдера «Атлантис» ответил шквальным артиллерийским огнем и стрелял по «Тоттенхэму», пока тот не потерял управление и не затонул. Немцы подняли из воды 22 человека, включая капитана Вудкока и главного механика Эдварда Нолана.
Когда немцы разместили пленных в трюме и приготовились двигаться дальше, капитан Вудкок сообщил, что пропало 17 людей из его команды. Он настаивал, чтобы немцы продолжили их поиск. Капитан Рогге отвечал, что продолжение поисков не подлежит обсуждению, поскольку они находились всего лишь в 250 милях от острова Вознесения, и «Тоттенхэм» успел послать по радио сигнал о помощи. Рогге отправил капитана Вудкока на нижнюю палубу, и «Атлантис» оставил район боя, не предпринимая дальнейших поисков.
Через девять недель, 22 августа 1941 года, Рогге был обвинен в смерти семнадцати пропавших моряков, когда появились сообщения о том, что полузатопленная спасательная шлюпка с «Тоттенхема» была обнаружена пустой неподалеку от Рио-де-Жанейро. На самом деле эти обвинения были несправедливыми. Шлюпка была полузатопленной и необитаемой, потому что второй помощник «Тоттенхэм» Д. В. Камерон и 16 других матросов покинули ее, когда их подняли на борт английского судна. Люди решили избежать плена и использовать свой шанс в открытом море. Располагая только небольшим количеством воды, сгущенного молока и галет, английские моряки держали курс к берегам Бразилии, отстоящим от них на тысячу миль, подгоняемые пассатом и придерживаясь устойчивого экваториального течения. Их обнаружило и подобрало английское судно «Махронда» одиннадцать дней спустя.
В своей книге о немецких рейдерах Второй мировой войны Август Мюггенхалер сообщает, что это спасение было в высшей степени счастливым случаем. С «Махронды» ночью заметили тусклый свет фонаря на шлюпке, однако капитан, предполагая что это может быть подводная лодка, прождал до рассвета. Естественно, что при покидании шлюпки Камерон вытащил из нее затычки, как это сделал бы на его месте любой опытный моряк — ведь болтаясь на воде, любое брошенное плавсредство представляет собой опасность для судоходства Тем не менее, полузатопленная лодка оставалась на поверхности, и в конце концов была вынесена течениями к берегам Бразилии.