После того как Рогге оставил должность инспектора в департаменте морских учебных заведений, он стал руководить тренировочными программами надводного флота и командующим морской группой на Балтике. Поскольку тренировки надводного флота постоянно сокращались и необходимости руководить ими почти не было, Рогге сконцентрировал свое внимание на руководстве боевыми группами на Балтике. 1 марта 1945 года он был произведен в вице-адмиралы и стал руководителем «Оперативной группы Рогге». Флагманом этой группы был тяжелый крейсер «Принц Ойген» (типа «Блюхер») под командованием капитана-цур-зее Рейнике. Оперативная группа также включала два «карманных линкора» — «Лютцов» и «Адмирал Шеер» водоизмещением по 10 000 тонн.
Эта группа представляла бы значительную морскую силу в открытом море, однако Кригсмарине с самого начала слишком долго ограничивала действия соединения и запрещала ему проведение значительных военных операций в открытом море. Эскадра Рогге была отправлена бомбардировать русские позиции вдоль немецкого побережья Балтики в попытке помочь окруженным здесь частям германской армии и замедлить русское наступление.
Попытки замедлить бешеные русские атаки усилиями флота сами по себе требовали большого напряжения сил. В марте и апреле «Принц Ойген» выпустил при обстрелах берега 4871 203-миллиметровый снаряд и более двух с половиной тысяч 105-миллиметровых снарядов. Несмотря на заградительный огонь и отчаянные попытки вермахта удержать оборону, советская армия в конечном счете оттеснила немецкие подразделения к самому морю. В начале апреля положение стало столь тяжелым, что гросс-адмирал Дениц передал все немецкие надводные военные корабли в Балтике под командование адмирала Конрада Энгельгарта и приказал ему воздерживаться от военных действий и как можно более активно эвакуировать немецких солдат и беженцев из прибрежных районов. Мощные немецкие боевые корабли превратились в гигантские транспорты, все их внимание было обращено на спасение как можно большего количества людей.
Из сообщений разведки ОКМ стало известно, что союзники планируют утвердить линию по Одеру и Нейсе в качестве политической границы Германии, если немцы закончат войну и капитулируют без всяких условий. Это могло оставить миллионы немецких граждан и сотни тысяч германских солдат на восточной стороне, под советским террором. Зная об этом, германское командование решило эвакуировать немецких солдат и гражданских лиц из Восточной Пруссии и Померании.
SKL приказал всем судам на Балтике, которые еще держались на плаву, сосредоточиться на эвакуации всех, кого еще было можно вывезти. Каждое имеющееся в наличии торговое судно, все пригодные военные корабли и даже некоторые подводные лодки сновали по морю, вывозя людей из Данцига, Гдыни, Хели, Пиллау и других балтийских городов в немецкие порты Западной Балтики или на побережье Дании.
Когда апрель подошел к концу, Рогге и «Принц Ойген» продолжали участвовать в одной из самых больших спасательных операций в морской истории. Остатки храброго немецкого военно-морского флота с минимальными потерями смогли перевезти из балтийских портов северо-восточной Германии и Литвы (Так у автора. Очевидно, имеется в виду эвакуация немецких войск группы армий «Курляндия», блокированных на территории Латвии.) более полумиллиона солдат и около двух миллионов беженцев.
Кригсмарине продолжали предпринимать отчаянные усилия даже после того, как всему миру было объявлено о капитуляции Германии. Как бы там ни было, условия капитуляции позволили тысячам беженцев уйти на запад. «Помощь в эвакуации с востока должна продолжаться». Чарльз В. Кобергер отмечает, что: «Дениц в конце концов согласился капитулировать безо всяких условий всеми оставшимися немецкими вооруженными силами. В их состав входили и те, кто все еще противостоял Красной армии на востоке. Капитуляция считалась свершившейся, начиная 01:00 9 мая по восточно-европейскому времени».
«Принц Ойген» находился в Копенгагене, передавая беженцев на другие корабли, когда приказ о капитуляции Германии вступил в силу. Из-за налагаемых условиями капитуляции ограничении «Принц Ойген» не мог покинуть порт и продолжить усилия по эвакуации. В 4:00 7 мая 1945 года Рогге издал свой последний приказ во Второй мировой войне и отдал капитану Рейнике распоряжение спустить корабельный боевой флаг. «Принц Ойген» оставался пришвартованным на месте стоянки и ждал прибытия Королевского флота.
Британские крейсеры «Девоншир» и «Дидо» прибыли на следующий день, чтобы взять контроль над немецкими военными кораблями. (Утром 8 мая в Копенгаген прибыл только крейсер «Дидо». «Девоншир» пришел сюда лишь 13 мая 1945 года.) В 5:00 Рогге и Рейнике формально сдали корабль Королевскому флоту.
Хельмут «Тедди» Рауман, матрос с «Принца Ойгена», позднее вспоминал капитуляцию так: