«Мы были на корме тяжелого крейсера «Принц Ойген» — наш командир, первый помощник и мы сами. Лицом к нам стоял командир британского крейсера «Дидо» и его офицеры. Наш корабль был взят под контроль королевского флота с типичной британской церемонностью. Немецкий флаг и вымпел были спущены вниз еще раньше по приказу нашего командира, при этом присутствовала вся команда крейсера. Боевой флаг был заменен вымпелом, случайно выбранным из международного набора флажных сигналов — им оказался флаг, означающий литеру «Б». Наш корабль потерял свое имя». (По иронии судьбы, и это особенно касается Рогге, «Девоншир» был именно тем кораблем, который потопил «Атлантис» три с половиной года назад.)
Победители приказали Рогге проследить, чтобы Рейнике оставлял «Принц Ойген» стоять без движения, пока союзники не определят для него итоговое место дислокации. Рогге и экипаж «Принца Ойгена» оставались на борту корабля — по сути дела, под домашним арестом. Наконец крейсер получил инструкции — оставить Копенгаген и идти в Германию. Под строгим эскортом британских крейсеров «Девоншир» и «Дидо» «Принц Ойген» покинул Данию 24 мая 1945 года и через два дня прибыл в Вильгельмсхафен. Здесь вице-адмирал Рогге с достоинством сдал свой флагманский корабль и команду портовым властям союзников. Затем, действуя по приказу британского окружного командования, он официально издал приказ о роспуске экипажа с 28 мая 1945 года. (Капитуляция Германии положила конец эпической карьере «Принца Ойгена». Тяжелый крейсер, в свое время сопровождавший «Бисмарк» в его единственном походе, оказался одним из двух крупных германских боевых кораблей, остававшихся на плаву к моменту капитуляции. «Принц Ойген» был передан Соединенным Штатам 14 декабря 1945 года и вошел в состав американского флота как USS Prinz Eugen (IX-300). Новый американский военный корабль отправился в Бостон, на его борту находилась объединенная команда из матросов Кригсмарине и американских моряков (574 матроса и офицера Кригсмарине и 85 военнослужащих американского флота). Крейсер вышел в плавание 13 января 1946 года и прибыл в порт 26 января. В пути кораблю пришлось столкнуться с поломкой всех машин, после чего он двигался на буксире судна сопровождения. Позднее Соединенные Штаты отправили тяжелый крейсер к атоллу Бикини и включили его в состав флотилии из семидесяти одного корабля, куда входили американские линкоры «Невада», «Арканзас», «Пенсильвания», а также печально известный флагманский корабль Императорского флота Японии «Нагато» и легендарный американский авианосец «Саратога». Соединенные Штаты собрали эти корабли около атолла Бикини для исследования воздействия на них надводного и подводного взрывов атомных бомб (Мк 3 А, Model 1561) в ходе операции «Перекресток».
Первая бомба, «Эйбл», была взорвана в воздухе 1 июля 1946 года, вторая, «Бейкер» — под водой 25 июля 1946 года. «Принц Ойген» без заметных повреждений выдержал оба взрыва бомб, почти идентичных тем, которые были сброшены на Нагасаки. После испытаний он был отбуксирован к атоллу Кваджалейн и оставлен там, исключенный из списков флота. 21 сентября «Принц Ойген» получил крен на 35 градусов, а в 12:43 22 декабря 1946 года заслуженный корабль опрокинулся и затонул в лагуне Кваджалейн на рифе Энибуи, в точке с координатами 9 градусов 22 минут северной широты и 167 градусов 9 минут восточной долготы. В августе 1979 года один из гребных винтов крейсера был поднят и передан в морской мемориал в Лабое, Германия.)
Британские оккупационные силы учтиво попросили Рогге оставаться на месте до тех пор, пока не будет принято решение относительно его статуса. Рогге подчинился просьбе и нашел себе прибежище в казарме. Он информировал оккупационные власти о своем местоположении и стал ждать дальнейших инструкций. 7 июля 1945 года британские оккупационные власти вызвали Рогге и переместили его в Хайлиген-Гольштейн, где он попал в лагерь для интернированных.
Вскоре после прибытия в лагерь Рогге узнал, что его военная карьера официально закончилась. Как раз накануне его прибытия командование союзников издало односторонний приказ, который официально прекращал деятельность любых немецких военных структур. Это постановление сделало Германию оккупированным государством под управлением союзнических сил. Все интернированные лица ждали, когда победители вынесут решение об их поведении и роли во время войны.
Действия Рогге во время войны были признаны законными и согласующимися с международным правом. В итоге он был оправдан властями союзников и освобожден из заключения 14 сентября 1945 года.
Хотя он больше не являлся морским офицером, последующая деятельность Бернхарда Рогге тоже оказалась связана с морем. Следующие 12 лет он работал в различных морских торговых компаниях в качестве эксперта и менеджера Когда руководство Северо-Атлантического Договора решило, что Германии можно возродить свои вооруженные силы, Рогге стал одним из первых офицеров, призванных на немецкую военную службу.