Только в 1940 г. состоялось 95 боевых столкновений между пограничниками НКВД и боевыми группами ОУН (убито 82, ранено 41, захвачено 387 повстанцев, однако 111 сумело прорваться в УССР, а 417 — за границу). Лишь с 1 января по 15 февраля 1941 г. в Западной Украине было ликвидировано 38 групп ОУН (273 участника), задержано 747 нелегалов, убито 82 и ранено 35 подпольщиков (при этом погибли 13 и получили ранения 30 оперработников госбезопасности). Активизация террористических и боевых выступлений наблюдалась и в первой половине 1941 г.. Если в январе — феврале зафиксировали 17 терактов, то в апреле подполье провело 38 террористических актов против представителей власти, военнослужащих, актива, в мае — 58 (убито 57 и ранено 27 человек).
Националистическое подполье в Западной Украине существовало в постоянном противоборстве с советскими силовыми структурами. В марте — апреле 1940 г. УНКВД по Львовской области, реализуя данные оперативно-следственных мероприятий, арестовало 165 подпольщиков — весь руководящий состав КЭ, окружного и ряда низших проводов. Новый руководящий состав КЭ и ряд других функционеров (107 человек) «взяли» в сентябре. Очередной состав верхушки подполья удалось нейтрализовать через агентуру в среде нелегалов в декабре, когда в ходе оперативных мероприятий задержали до 1000 участников подполья. Проходят аресты и в периферийных проводах. Так, в сентябре арестовывают 85 оуновцев в Ровенской области, 97 — в Станиславской, в апреле — мае 1941 г. в Волынской области — 214 членов ОУН. Директивами НКГБ СССР от 31 мая и 21 июня 1941 г. были запланированы новые масштабные операции по аресту и депортации «националистических элементов», взятию под контроль руководящих звеньев ОУН через внедренную туда агентуру.
Член Центрального провода ОУН(б) Василий Кук-«Лемиш» также принял деятельное участие в работе Повстанческого штаба. Он организует нелегальные переходы через границу курьерских групп, получает разведывательные отчеты подпольщиков, обобщая информацию о положении в «подсоветской» Украине, занимается технической подготовкой кадров ОУН для дальнейшей работы в различных регионах УССР. Следует отметить, что разведывательная работа была налажена с большим размахом и эффективностью, да и кадры В. Кук готовил соответствующие. Как отмечалось в ориентировке 3-го Управления (военная контрразведка) Народного комиссариата государственной безопасности (НКГБ) СССР от 31 мая 1941-го, «оуновцы-нелегалы представляют собой хорошо обученные относительно нелегальной техники, закаленные и весьма агрессивные кадры. Как правило, при арестах… оказывают вооруженное сопротивление, стараются покончить самоубийством. Оуновцы, подозреваемые в сотрудничестве с Советской властью, физически уничтожаются».
Референтура разведки КЭ состояла из специализированных подразделений. Отдел политической разведки изучал административные, партийные и комсомольские органы, другие легитимные учреждения, настроения населения, выявлял активистов советского строительства среди местных жителей. Отдел военной разведки собирал сведения о Красной Армии и правоохранительных органах. Приоритетной считалась информация о дислокации и боевых возможностях бронетанковых, артиллерийских, авиационных частей, аэродромах, средствах ПВО, состоянии вооружения, железных дорог и средств связи, мобилизационной системе. Брались на учет сотрудники органов НКВД, изучались их личные качества, состав семей, составлялись планы помещений правоохранительных органов, перечни номеров служебных автомобилей.
Изучалась среда мельниковского и польского подполья. Отметим, что польское вооруженное подполье ставило целью борьбу не только с советской стороной, но и удержание под польским правлением, в случае победы, западноукраинских земель.
22 сентября 1939 г. генерал М. Янушайтис основал на ЗУЗ нелегальную Польскую организацию борьбы за волю. Командир Корпуса пограничной охраны генерал В. Орлик-Рюкеман поручил начальнику разведки Корпуса майору Б. Студзинскому развернуть подпольную сеть «Защитники Польши». Основной же структурой тайной борьбы за польскую государственность становится с 13 ноября 1939 г. Союз вооруженной борьбы (СЗБ). Непосредственно на ЗУЗ действовали четыре территориальных округа, составлявшие Регион № 3 СЗБ. В составе СЗБ был 2-й, разведывательный отдел, подполье имело достаточно квалифицированных офицеров армии и спецслужб довоенной Польши. Существовал и ряд других подпольных организаций националистической направленности — Кресовые батальоны, Армия Великой Польши, Революционный союз независимости.