Стремясь к созданию собственной административной системы, националисты старались развернуть собственные органы правопорядка и безопасности. Появляется обращение Краевого проводника западно-украинских земель Ивана Клымива («лейтенанта Легенды»), «Главного вождя Украинской революционной армии», где говорилось о необходимости создания «Украинской Жандармерии», органов «государственной безопасности», отрядов национальной самообороны «Сечевые Стрельцы» для охраны военных объектов, борьбы с диверсантами и парашютистами противника. Вводились чрезвычайное положение, революционные трибуналы с неограниченными репрессивными полномочиями, декларировалась коллективная ответственность по семейному или национальному принципу.
Под руководством одного из руководителей СБ ОУН Ивана Равлыка (погиб в немецкой тюрьме в 1942-м) создаются органы Украинской милиции (в райцентрах — «бюро народной милиции»). Документы немецкой полиции безопасности и СД в Генерал-губернаторстве (куда вошли с 1 августа 1941-го земли Галичины) от августа — сентября сообщают о создании националистами во многих населенных пунктах «Украинской службы безопасности», тайных курсов украинской милиции, внедрении ими информаторов в учреждения оккупационной власти, развертывании разведывательной сети среди населения.
Ситуация во взаимоотношениях с нацистскими оккупантами радикально изменилась после созыва ОУН(б) 30 июня 1941 г. во Львове «Законодательного собрания западноукраинских земель» и Акта провозглашения независимости Украинской державы. Ее правительство («Украинское государственное правление») возглавил Я. Стецько. Хотя Стецько неоднократно заявлял о намерении «тесно взаимодействовать с национал-социалистической Великой Германией, которая под руководством своего вождя Адольфа Гитлера творит новый строй в Европе и помогает украинскому народу освободиться из-под московской оккупации», острая негативная реакция рейха не заставила себя ждать. Интересно, что ответственный за «восточные территории» Альфред Розенберг выдвигал проект «Великой Украины» с Кубанью включительно, рассчитывая на 4 млн. «штыков»-украинцев, однако поддержки у расово озабоченного фюрера не встретил.
Восстановление суверенитета Украины не входило в планы античеловеческого нацистского режима. В ответ на Акт 30 июня и последующие мероприятия ОУН(б) 4 июля немцы арестовали С. Бандеру. 15 сентября проводятся массовые аресты членов ОУН(б) в Украине и на территории III рейха (около 1500 человек к октябрю). В начале сентября абвер по указанию своего шефа В. Канариса разрывает официальные отношения с бандеровцами, а 16 сентября арестовали координатора их сотрудничества Рико Ярого (назначенного представителем Украины в Японии). Директива полиции безопасности от 25 ноября 1941 г. предписывала уничтожать бандеровцев «под видом грабителей». До начала 1942-го казнили 15 и бросили в концлагеря 300 функционеров ОУН. В 1942-м репрессии обрушились и на мельниковцев, которые предпочитали действовать легально и вести национал-патриотическую культурно-просветительскую работу. В 1942—1943 гг. продолжались гонения на оба течения ОУН как в Украине, так и в городах Германии, Австрии, Польши, Чехословакии. По некоторым оценкам диаспорных историков, жертвами нацистов стали 4756 членов ОУН, включая 197 руководящих работников.
Справедливости ради отметим своеобразный режим содержания лидеров ОУН в немецкой неволе. Летом 1944 г. чекисты перехватили письмо С. Бандеры своей сестре Владимире. Там сообщалось, что члены Провода ОУН живут в трехэтажном доме, в его распоряжении автомобиль, библиотека, радио, загородная вилла (два брата лидера ОУН не вышли из немецких концлагерей — по одной версии были казнены, по другой — умерщвлены узниками-поляками из мести). В апреле 1944-го закордонные источники НКГБ сообщили об освобождении С. Бандеры и группы его соратников, что подтвердила ориентировка 4-го Управления НКГБ СССР от 17 июня того же года. Отмечалось, что этот шаг продиктован стремлением привлечь силы украинских повстанцев к разведывательно-диверсионной работе против Красной Армии.
Руководство подпольем ОУН в Украине принял Николай Лебедь. Бандера же больше в Украину не возвращался и стал скорее символом радикального крыла национально-освободительной борьбы. Не прибыл он для руководства подпольем и в послевоенные годы, поясняя тем, что отправляться в «воюющую Украину» ему «не советуют английские друзья».
Инструкции немецких спецслужб объявляли националистов «нежелательными политическими агентами» и предписывали арестовывать в случае проведения ими открытой работы. Украинская полиция не должна была превышать 1 % населения и иметь только легкое оружие. К преследованиям оуновцев подключились также спецслужбы Румынии и Венгрии.