На учебном корабле «Хабаровск» организовали классы для офицеров и школу для обучения команд. Проводили лекции для офицеров и уроки для команд. Устройство подводной лодки сначала изучали по чертежам и только после этого переходили к практическому изучению материальной части непосредственно на лодках. В состав Учебного отряда входили подводные лодки «Белуга», «Пескарь», «Стерлядь», «Сиг» и «Лосось».
Прием офицеров для обучения по программе класса Подводного плавания осуществлялся по представлению командования с прежнего места службы, личному добровольному желанию, без проведения каких-либо вступительных экзаменов. В классе преподавались дисциплины: устройство подводных лодок, двигатели внутреннего сгорания, электротехника, минное оружие, водолазное дело, гигиена подводника.
К 1908 году система и порядок обучения в отряде несколько изменились: поступившие в отряд офицеры-слушатели с начала ноября до начала апреля теоретически изучали механизмы и технику, одновременно изучая устройство подводных лодок всех типов, используя зимний период ремонта, когда механизмы лодок были разобраны и доступны осмотру. Во второй период занятий, продолжавшийся с апреля по сентябрь включительно, офицеры-слушатели распределялись по подводным лодкам отряда, причем сначала исполняли на них обязанности специалистов-матросов: рулевых, торпедных, машинных, электромеханических и водолазных частей. В одном из приказов контр-адмирал Э. Щенснович писал: «Офицеры подводного плавания… должны управляться всеми механизмами и лодками самостоятельно, без какого-либо участия нижних чинов. С этой целью для обучения г.г. офицеров лодки должны выходить в море, не имея ни одного нижнего чина и только в должности как офицерские, так равно и должности нижних чинов, должны быть замещены на лодках офицерами согласно расписания…» Затем офицеры практиковались в управлении лодкой и в стрельбе самодвижущимися минами по неподвижной и подвижной цели. Во второй половине июля и в августе, после изучения лодок, офицеры знакомились с условиями службы на них в базах и походах.
Обучающийся офицерский состав комплектовался из офицеров надводного флота, выразивших желание служить в подводном плавании и удовлетворявших по состоянию здоровья особым условиям службы на подводных лодках. Кроме того, требовалось, чтобы офицер, поступающий в число слушателей, прослужил предварительно на надводных кораблях не менее трех лет.
Офицер Российского императорского флота Г. Граф в своей книге «Императорский Балтийский флот между двумя войнами. 1906–1914 гг.» вспоминал: «В то время подводные лодки появились впервые, и молодые офицеры, учитывая их громадное боевое значение в будущем, стали стремиться попасть в отряд (Учебный отряд Подводного плавания. – А.Л.), чтобы сделаться подводниками. Лодки, конечно, были еще очень примитивные, водоизмещением 150–200 тонн, и на них было плавать далеко не безопасно. При испытаниях было уже несколько несчастных случаев, но плавать под водою казалось очень интересным. Мы с приятелем, мичманом Коссаковским, тоже пришли к убеждению, что отчего бы и нам не пойти по подводной части… Поэтому раньше, чем подать официальные рапорты, решили пойти к начальнику отряда и заручиться его согласием взять нас в число слушателей. Адмирал держал свой флаг на транспорте «Хабаровск», который стоял в канале у самого аванпорта и служил маткой для подводных лодок. Весь личный состав подлодок жил на нем, так как на самих лодках жить было нельзя. С большим волнением мы ожидали, пока флаг-офицер ходил докладывать адмиралу… Наконец нас позвали в каюту адмирала. Он сидел за письменным столом и при нашем появлении сейчас же начал нас оглядывать испытующим оком. Мы поклонились и стояли навытяжку. Он не особенно приветливо кивнул головой и отрывисто сказал: «Садитесь»… Добрый час он мучил нас, задавая каверзные вопросы по устройству судов, на которых мы служили. Наконец сурово сказал: «Хотя вы и мичманы и вам следовало бы послужить вахтенными офицерами на больших кораблях, но можете подать рапорты о зачислении в отряд; с моей стороны препятствий не будет». …Через несколько дней я попробовал было заикнуться командиру, что собираюсь подать рапорт о зачислении в подводное плавание. Он так на меня обрушился… и заявил, что он меня не отпустит. После этого я решил отложить всю эту затею».
Офицеры флота, собранные в Офицерском классе Учебного отряда Подводного плавания, занимались не только личной подготовкой как специалисты-подводники, но также привлекались к выработке и развитию концепции использования подводных лодок в войне на море. Общая продолжительность прохождения курса офицерами составляла десять месяцев. В начале октября особая комиссия от флота проверяла знания офицеров, закончивших курс обучения. Выдержавшие испытания назначались на подводные лодки и получали звание «Офицер подводного плавания».