Не имевший практического опыта строительства, Монферран десятилетиями учился, перенимая как русский опыт, так и опыт мировой архитектуры по возведению уникальных большеразмерных зданий. Через 30 лет после начала строительства он пишет: «Нам пришлось долго изучать искусство древних, чтобы взять от их прекрасных памятников то, чему можно было с достоинством подражать, в то же время нам приходилось непрерывно быть в курсе современных строительных приемов» [ 61].
Монферран постоянно добивался независимого положения на стройке. Еще в 1818 г., обращаясь в Комиссию, он требовал определенный штат работников: ему были нужны два помощника, четыре десятника, секретарь, два мастера каменных дел, двадцать пять солдат и особое лицо для приемки материалов, поступавших на строительство по заявкам зодчего, причем приемщик должен был непосредственно подчиняться Монферрану. Архитектор, обращаясь к председателю Комиссии, писал: «Никто не может ни приказывать, ни распоряжаться на строительстве. Распоряжения Комиссии могут адресоваться только мне». Впоследствии именно эти требования Монферрана не всегда выполнялись, что приводило к серьезным осложнениям и конфликтам между ним и руководством Комиссии. Первый конфликт возник в 1819 г., когда Монферран потребовал, чтобы на строительной площадке не находилась квартира приемщика материалов Михайлова, так как на стройке не должно быть людей, не подчиненных непосредственно ему, и добился того, что Михайлова удалили со стройки.
Таким образом, получив большую самостоятельность, Монферран стал единственным хозяином стройки. Но 20 ноября 1819 г. к нему прибыл направленный Головиным для контроля за расходованием материалов и денег подполковник П. Борушникевич, который обнаружил взяточничества и хищения на стройке и написал об этом в своих донесениях. Он во всем обвинял Монферрана, хотя многие злоупотребления относились к деятельности Комиссии, закрывавшей глаза, в частности, на беззаконные действия титулярного советника Орлова, который, пользуясь доверием Головина, обманывал его.
Позднее основанием для обвинений послужил широкий образ жизни Монферрана: покупка собственного дома, дорогих античных коллекций, хотя добрая половина петербургских архитекторов того времени имела собственные дома, причем им не приходилось получать таких денег, как 100 тысяч рублей, подаренных Николаем I Монферрану после открытия Александровской колонны. Дом на Мойке был куплен, несомненно, за счет этих средств. Никаких фактов участия Монферрана в злоупотреблениях неизвестно. Наоборот, многие документы свидетельствуют, хотя и косвенно, о материальных трудностях архитектора именно в период проверки, производившейся Борушникевичем [15]. В выявлении злоупотреблений члены Комиссии не были заинтересованы, что подтверждается письмом Борушникевича Александру I и президенту Академии художеств А. Н. Оленину.
Упреки в злоупотреблениях были бездоказательны, но после обвинений Борушникевича Монферрана отстранили от всех хозяйственных дел. Перестал ли вдруг Головин почему-либо доверять Монферрану или не считал его способным бороться с «окружающими его со всех сторон ворами», неясно. Гораздо серьезнее были для Монферрана обвинения в профессиональной неопытности и авантюризме, высказанные его соотечественником, придворным архитектором, членом-корреспондентом Французской королевской академии архитектуры М. Модюи, который еще в 1818 г. проектировал планировку Исаакиевской площади (Монферран впоследствии с некоторыми изменениями повторил ее). Модюи внимательно изучил проект Монферрана, состояние работ на стройке и представил в Совет Академии художеств докладную записку с чертежами и расчетами, иллюстрировавшими техническую несостоятельность и архитектурную беспомощность зодчего [16]. Вопросы, поставленные архитектором Модюи, были принципиальны и требовали тщательного разбора всех обстоятельств дела.