На основании данных обследования и испытаний комиссия заключила, что прочность кирпичной кладки пилонов на уровне камер и ниш обеспечивает надежность дальнейшей эксплуатации здания. Прочность кладки превышала ее напряженное состояние, определенное компенсационным методом. Стабилизацию деформации подтвердило состояние старых маяков, установленных в местах расположения трещин, оно свидетельствовало об отсутствии разрушения кладки. В заключении комиссии говорилось, что «трещины, обнаруженные в кладке, в местах прозвучивания, не обладают сквозным характером и на глубине 100 сантиметров от поверхности пропадают». Далее были определены характер и причины появления трещин: «Вероятно, трещины возникли в результате физико-механических свойств кирпичной кладки и гранитных прокладных рядов, а также тепловлажностного режима в здании».
Сквозное прозвучивание подтвердило мнение ленинградской общественной экспертизы о монолитности пилонов и опровергло гипотезу о наличии сквозных трещин: «…пилоны здания представляют собой конструкцию, прочность которой сравнительно постоянна в различных точках».
Такое заключение не давало повода успокоиться. Отказавшись от реконструкции, предложенной двумя институтами, специалисты-реставраторы разработали методику проведения наиболее полного и тщательного ремонта, аналогично тому, как это было осуществлено в соборе св. Павла в Лондоне в 1932 г. Прежде всего необходимо было произвести инъецирование трещин. Метод инъецирования трещин в сводах Исаакиевского собора частично применялся еще в 1939 г. и дал блестящие результаты, так же как при укреплении стен звонницы собора Богоявленского монастыря и стен в одностолпной палате трапезной Андроникова монастыря в Москве в 1946–1949 гг.
Несмотря на то что комиссии двух институтов не представили практически приемлемых методов ликвидации повреждений в несущих конструкциях здания, проведенные исследования позволили определить прочность основания и фундаментов, установить прекращение осадки здания, наличие вибрации здания и получить нивелировочные данные отклонения колонн от вертикали. Таким образом, работа комиссий способствовала продолжению исследований трещин в пилонах с помощью неразрушающих методов и подтвердила предположение об отсутствии сквозных трещин в пилонах.
При всех недостатках заключений обеих комиссий их материалы можно считать ценным вкладом в науку, так как проблемы прочности здания собора еще не раз будут волновать будущие поколения специалистов и исследователей.
Как уже отмечалось, реставрационные работы в соборе, начало которых относится к 1840-м гг., в течение XIX и начала XX в. были связаны главным образом с обследованием и укреплением основных несущих конструкций. Что касается фасадов и интерьера, то их последовательная научная реставрация стала производиться лишь в конце 1920-х гг., после того как здание в результате использования не по прямому назначению и отсутствия надлежащих охранных мер пришло в запустение. Превращение его с 1931 г. в Государственный антирелигиозный музей, а с 1937 г. в Историко-художественный музей способствовало проведению в нем научных исследований и реставрационных работ [9, с. 132].
Тяжелым испытанием для здания, как и для многих архитектурных памятников города, явилась Великая Отечественная война. В период, предшествовавший наступлению ленинградской блокады, принимались неотложные меры по сохранению архитектурных и художественных ценностей Ленинграда. В июле начались маскировочные работы по укрытию высотных элементов в панораме города. Пять куполов Исаакиевского собора получили защитную окраску, под которой была надежно скрыта позолота. Собор стал местом хранения художественных ценностей и музейных экспонатов, вывезенных из пригородных дворцов-музеев в Ленинград, где они хранились до окончания войны. Поэтому задача защиты и сохранения здания становилась еще более ответственной.
Несмотря на принятые меры здание собора значительно пострадало от бомбежек, артиллерийских обстрелов, сырости и холода. Был нанесен ущерб как внешнему состоянию собора, так и его интерьеру. Первые повреждения появились уже в первые месяцы войны. 29 октября 1941 г. у северо-западного угла здания Исаакиевского собора разорвался снаряд. Осколки его повредили мраморную облицовку северного фасада и гранитные колонны портика на глубину 10–15 сантиметров, взрывной волной были выбиты стекла в окнах. 14 мая 1942 г. снаряд пробил медную кровлю и разорвался на своде малого юго-западного купола. 25 января 1943 г, у здания разорвалась авиабомба и взрывной волной выбило стекла уникального витража в алтарном окне. Осколки бомб и снарядов повредили медную кровлю, через пробоины в кровле внутрь здания проникли атмосферные осадки.