Отопительная система собора бездействовала с начала войны. От сырости и холода сохранность многих элементов декоративного убранства интерьера собора оказалась в тяжелом состоянии: на мраморной облицовке стен и пилонов образовалась сеть крупных и волосных трещин, появилось множество раковин и выбоин; зеркально полированный мрамор покрылся глубоко въевшейся грязью и копотью; от сырости и протечек погибла часть золоченой лепки на сводах собора, а на сохранившейся лепке позолота ссыпалась вместе с левкасом; разрушилась облицовка из искусственного мрамора внутри барабана купола и на стенах выше карниза. В особенно тяжелом состоянии находились росписи на стенах и сводах, исполненные маслом по сухой штукатурке, нанесенной на кирпичную кладку: красочный слой повсеместно шелушился и осыпался; на тех участках, где были сильные протечки, штукатурка обваливалась вместе с живописью. Так погибли росписи «Иосиф Аримофейский» и «Иосиф Обручник» в парусах малого северо-восточного купола, некоторые фрагменты плафона «Страшный суд» работы Ф. А. Бруни. На стенах главного алтаря штукатурка от сырости утратила сцепление с кирпичной кладкой, отошла от стены и могла в любой момент обрушиться вместе с нанесенной на нее живописью [10, с. 262].
Реставрация интерьера собора началась в первые послевоенные годы. В 1946 г. из собора вывозят экспонаты центрального хранилища и Специальные научно-реставрационные производственные мастерские Главного архитектурно-планировочного управления приступили к восстановительным работам в здании. Возглавил работу архитектор А. Л. Ротач, посвятивший этому памятнику многие годы напряженного творческого труда. Проблем и сложностей в решении исследовательских, проектных и практических задач было много.
Первоочередные восстановительные работы начались со снятия маскировочной защитной окраски золоченых куполов собора и реставрации южного фасада здания, купола и кровли. Очищенную золоченую поверхность необходимо было промыть спиртовой эмульсией и протереть сукном и войлоком. В повторном золочении купол не нуждался, так как сделанная «через огонь» первоначальная позолота оказалась достаточно прочной.
При ремонте поврежденной осколками бомб и снарядов кровли листы покрытия частично заменили новыми медными листами, которые соединили между собой методом аргонодуговой сварки, обеспечивающим высокую прочность сварочного шва.
Часто вопросы, возникавшие при реставрации собора, превращались в определенную проблему, решение которой каждый раз требовало серьезного научного и новаторского подхода. Это объяснялось тем, что для полноценной реставрации собора, являвшегося для своего времени уникальным сооружением, необходимо было в современных условиях во многих случаях возродить уже утраченные технологии и методы производства самых разнообразных работ. Не всегда удавалось, а порой и не представлялось целесообразным возрождать те приемы и секреты мастерства, которые можно было без ущерба для памятника заменить новейшими способами реставрации с использованием некоторых, в своем роде уникальных, материалов и методик.
Одной из проблем было воссоздание мраморных модульонов, поддерживающих карниз. От времени железные крепления корродировали, несколько модульонов весом 130–150 кг упало на землю. Метод, предложенный архитектором А. Л. Ротачом, предполагал замену поврежденных мраморных модульонов более легкими, сделанными из листовой меди (метод, использовавшийся при реставрационных работах 1873–1898 гг.). Когда после тщательного обследования верхолазами двух карнизов оказалось, что более тридцати модульонов находятся в аварийном состоянии, реставраторы заменили их пустотелыми с окраской под цвет мрамора.
Бронзовые горельефы и статуи южного портика очищались от грязи, копоти и голубиного помета (в барельефе «Поклонение волхвов» при очистке было вынуто несколько кубометров голубиного помета), отверстия заделывали прочными решетками.
Шестнадцать колонн южного портика, поврежденных осколками снарядов, были отреставрированы. В конце 1959 г. в лаборатории реставрационных мастерских получили специальные составы нескольких новых мастик на основе синтетических смол, которые оказались гораздо прочнее и эластичнее цементных и позволяли точнее воспроизводить цвет и рисунок реставрируемого камня (до 1959 г. выбоины и трещины в камне, как правило, заделывались мастикой на высокосортном цементном растворе).
Проведение необходимых на первых порах мер по просушке интерьера здания затруднялось тем, что промерзшие за годы войны толстые стены при разности внешней и внутренней температур выделяли влагу. К реставрации можно было приступить только после просушки и проветривания.