Присяжным было поставлено 270 вопросов. После четырехчасового совещания присяжные вынесли вердикт, которым признали игуменью Митрофанию виновной в составлении подложных документов от имени Лебедева и подложных документов Солодовникова, а также в том, что она обманным образом выманила у Медынцевой ее бланки на вексельной бумаге, и в присвоении денег, вырученных незаконным путем. Присяжные признали, что подсудимая заслуживает снисхождения по всем пунктам. Остальные подсудимые были признаны невиновными. На основании вердикта присяжных суд приговорил Митрофанию к лишению всех прав состояния и ссылке в Енисейскую губернию на 3 года и в другие губернии еще на 11 лет.
Но ссылка в Сибирь была заменена на Ставрополь. И там, по ее же словам, в райском месте, она провела в монастыре два года. Затем она жила в монастырях в Одессе, Полтавской, Нижегородской и Тамбовской губерниях. А в 1893 г. за казенный счет отправилась в Иерусалим, где жила 3 года.
Первым возбудил дело Лебедев, заявивший прокурору Петербургского окружного суда А.Ф.Кони о том, что игуменья Митрофания совершила подлог векселей от его имени на сумму 22 тыс. рублей. К заявлению не могли не отнестись с сомнением. А.Ф.Кони писал: «…Митрофания, стоя во главе различных духовных и благотворительных учреждений, имея связи на самых вершинах русского общества, проживая во время частых приездов своих в Петербург в Николаевском дворце и появляясь на улицах в карете с красным придворным лакеем, по-видимому, могла стоять вне подозрений в совершении подлога векселей». Тем не менее факты, приводимые Лебедевым, были настолько убедительными, что пришлось начать следствие. Назначенная по делу каллиграфическая экспертиза установила, что векселя выполнены рукой Митрофании.
Гораздо более широкий размах преступные действия Митрофании имели в Москве. Потерпевшая Медынцева отличалась пристрастием к алкоголю и расточительной жизнью, в связи с чем над ней была учреждена опека. Медынцеву опека сильно стесняла и поэтому она стремилась избавиться от нее. На этой почве и произошло знакомство Медынцевой с игуменьей Митрофанией. Обещая с помощью своих связей добиться снятия опеки, Митрофания обманным путем выманила у Медынцевой векселя и бланковые надписи, заполнила их с указанием дат, предшествующих учреждению опеки, и с помощью своего сообщника опекуна Макарова получила из опекунского управления свыше 300 тыс, рублей. Еще более крупные мошеннические действия совершила Митрофания в отношении Михаила Солодовникова. От его имени были составлены подложные векселя, изготовлены расписки и другие денежные документы на сумму более 1,5 млн. рублей.
В предъявленных обвинениях Митрофания виновной себя не признала, утверждая, что все полученные ею деньги и денежные документы являлись добровольными пожертвованиями в пользу возглавляемого ею монастыря.
Значительная роль в изобличении Митрофании принадлежала каллиграфической экспертизе. Заключения экспертов показали, что их опыт и огромный труд способны в отдельных случаях помочь открытию истины.
Мы не будем воспроизводить все заключения, данные по этому делу экспертами, ограничимся лишь заключением по поводу документов, якобы полученных Митрофанией от Солодовникова. Для уяснения характера экспертизы приведем заключение в полном виде.