Всю ночь в городе было неспокойно. А на следующий день начались погромы некоторых боярских дворов и домов приказных людей. Одних прибивали тут же, других, пытавшихся скрыться, ловили на улицах. Поймали и забили до смерти дьяка Чистого. Толпа в несколько раз более многочисленная, чем накануне, отправилась к царскому дворцу. Снова требовали выдачи Плещеева, Траханиотова и Морозова. Стрельцы, которым велели разогнать мятежников, в большинстве отказались подчиняться приказам начальных людей, а некоторые прямо присоединились к толпе. Тогда царь Алексей сам вышел к разъяренным горожанам и стал уговаривать их разойтись, обещая, что все просьбы будут рассмотрены и выполнены. Но москвичи отвечали молодому монарху с «великим невежеством», как указывается в источниках, современных событию, — иначе говоря, грубо бранили Алексея и его ближних людей, хватали за полы одежды. Царь пережил тогда, без сомнения, самые неприятные моменты своей жизни. Чтобы утихомирить восставших, им выдали, наконец, судью Земского приказа. Плещеева забили палками до смерти и вновь требовали Морозова. Царь умолял горожан пощадить своего воспитателя, который был ему «отца в место», обещал отстранить его от всех дел.
Спасая дорогого ему «дядьку», Алексей велел выдать на расправу толпе окольничьего Траханиотова. Пока восставшие громили дворы ненавистных вельмож, Морозова тайно отправили в монастырь на Белом озере. А в ночь на 3 июня начался сильный пожар, в котором сгорело больше половины Москвы. Виновниками пожара, случившегося так кстати и отвлекшего силы мятежников, называли, и не без оснований, боярских холопов Морозова и Чистого. Сами восставшие, неумолимо расправлявшиеся с ненавистными администраторами и вельможами, старались не допускать бесчинств и грабежей сторонних людей. Даже во дворе Бориса Ивановича Морозова, словно доказывая, что целью их выступления является не разбой, а требование справедливости, москвичи не присваивали себе сказочных богатств царского «дядьки», а демонстративно уничтожали их — разбивая дорогую посуду, ломая изысканные кареты, стирая в порошок драгоценные камни, распарывая ткани и разливая заморские вина. Так же поступали и во дворах других жертв.
В обширной литературе, посвященной московскому восстанию, высказываются разные взгляды на цели восставших, поводы для их выступления и даже действительную виновность боярина Бориса Морозова и его сотрудников. Можно не сомневаться, что определенные злоупотребления властью, мздоимство, неправый суд и прочие разнообразные грехи, свойственные любой администрации, случавшиеся и раньше, имели место и в данном случае.
Но не они стали настоящей причиной такого сильного возмущения. Повсеместное недовольство властью и ее действиями распространилось много раньше. К лету 1648 года восстания охватили многие города страны, от юга до севера, ими были охвачены Великий Устюг, Сольвычегодск, Курск и Воронеж. Несмотря на пожар, волнения продолжились и в Москве, а спустя немного времени в Новгороде Великом и во Пскове произошли столь мощные выступления против правительства, что отчасти приобрели характер гражданской войны.
Недовольны существующим положением вещей в государстве были все. Однако бранили власть и заводили мятежи не только и не столько «черные люди», городские низы и бедные крестьяне, сколько те, кто обладал определенной собственностью, имел, что терять. Во главе восстаний середины XVII столетия нередко стоят обеспеченные горожане, купеческая верхушка, представители среднего и крупного поместного дворянства. А основной силой выступлений против правительства являются посадские люди, ремесленники, мелкие торговцы, стрельцы, городовые дети боярские и мелкопоместные дворяне, казаки, солдаты полков нового «иноземного» строя.
У каждой из этих групп были свои требования. Посадский люд выступал за ликвидацию боярских и церковных «белых» слобод, свободных от уплаты государственных налогов, жители которых поэтому составляли сильную конкуренцию обитателям «черных» сотен. Дворяне указывали на злоупотребления больших бояр, которые переманивали к себе в вотчины на выгодных условиях крестьян, отчего дворянские поместья безлюдели, приходили в запустение, и ратной службы с них нести было уже нельзя, а службы требовали и за неисправности сурово взыскивали. Помещики просили возвращения всех ушедших в разное время крестьян и введения бессрочного сыска беглых. Стрельцы жаловались на невыплату жалованья, на притеснения со стороны городской администрации. С укором говорили царю: «Идет де твое государево жалованье иноземцам, а вы де природные живите с травы и с воды и с кнута…» И все вместе жаловались на невиданное взяточничество приказных и жадность воевод, разорявших поборами и без того небогатые поместья, хозяйства и дворы.