Он вовсе не был ксенофилом. Скорее наоборот. Именно он настоял на запрете для иноземцев переодеваться в русское платье, чтобы их всегда можно было сразу распознать на улице и они не могли пройти незамеченными в православную церковь и тем самым осквернить ее. Для ограничения нежелательных, по его мнению, контактов москвичей с иностранными гостями Никон положил начало выселению последних в фактическую резервацию — будущую Немецкую слободу. Он постоянно преследовал любые нарушения традиционного московского уклада жизни, противостоял проникновению иноземных (в первую очередь западноевропейских) культурных влияний, жег иконы и живопись западных мастеров.
Но личные стремления патриарха, импульсивного и необразованного человека с задатками авторитарного диктатора, уже не имели значения, когда своими действиями он безрассудно внес смуту во внутренний мир православного царства, бросил его святыни на поругание формально единоверным грекам, которым издавна была глубоко враждебна и неприятна сама идея существования русского Третьего Рима в то время, когда их отечество и культура оказались поверженными. А за спинами этих «единоверцев», не скрываясь, стояла совсем другая цивилизация, духовно и материально подчинившая их себе, сделавшая из них агентов своего влияния и экспансии. Не умели или только не хотели понять этого патриарх Никон и его «собинный друг» царь Алексей — не так важно для истории.
Перемена церковного чина, правка богослужебных книг, проклятия в адрес двоеперстия произошли так резко и неожиданно, что и впрямь могли казаться наваждением. Однако новые, не менее удивительные события, продолжали изумлять москвичей. В июле 1658 года, просидев на патриаршем престоле всего шесть лет, Никон объявил о сложении с себя достоинства главы русской церкви. После литургии в Успенском соборе он демонстративно, на глазах потрясенных прихожан, снял с себя дорогие архиерейские одеяния и надел черную монашескую мантию, купленную заранее на торгу по его приказу. «Ленив я был учить вас… От сего времени не буду вам патриархом», — заявил Никон и хотел идти прочь. Его задержали посланные от царя, требуя прекратить недостойный спектакль. Он лишь передал Алексею Михайловичу письмо, написанное здесь же, в алтаре, и пошел из собора. Пешком добрался до патриаршего подворья, а оттуда уехал в свой любимый Воскресенский монастырь, построенный им на берегу подмосковной речки Истры.
Уход Никона был следствием серьезных разногласий с царем и охлаждения их прежней дружбы. В то время, пока православные жители Московского государства пытались осознать произведенные церковные новшества, между патриархом и царем возник спор ни много ни мало о приоритете светской или духовной власти.
Соборное Уложение 1649 года значительно ограничивало возможности епископата и монастырей в распоряжении принадлежащим им имуществом, в первую очередь — населенными имениями. Речь еще не шла о лишении церкви земельной собственности. Но созданное государственное ведомство, Монастырский приказ, должно было отныне управлять церковными вотчинами. Кроме того, царь присваивал себе полномочия по утверждению кандидатов на различные церковные звания и должности — игуменов, архимандритов, епископов и попов.
Подобные перемены говорили о возросшей роли государственной власти, стремящейся вмешиваться и иметь решающий голос во всех областях внутренней жизни страны, даже тех, которые традиционно сохраняли определенную автономность.
Никон категорически возражал против вмешательства государства в дела церкви и ограничения самостоятельности иереев, бывших ранее полновластными распорядителями в своих епархиях. Несмотря на расположенность к Никону, в этом вопросе царь Алексей оставался непреклонен, хотя сделал множество исключений лично для своего друга. Патриаршии земельные владения значительно увеличились благодаря царским пожалованиям и включали в себя целые уезды и города. Суд и управление внутри этих территорий по-прежнему находились в ведении патриарха.
Но Никон не был удовлетворен этими уступками и развернул настоящую войну за отмену стеснявших церковную иерархию статей Уложения. В пылу борьбы он стал настаивать на изначальном превосходстве духовной власти патриарха над царской.
В исторической литературе обыкновенно придается достаточно большое значение этому противостоянию и его известному исходу в пользу царя, как едва ли не судьбоносному для будущих взаимоотношений церкви и государства в России. Но во властных претензиях Никона, как и в его «книжной справе», нельзя не видеть решающего значения элемента случайности, эмоционального увлечения, а не твердой продуманной позиции. Утверждая, что «священство царства преболе есть», патриарх не имел для защиты своих взглядов ни практических возможностей, ни опоры в истории русской церкви, ни удовлетворительной школьной подготовки.