Тактика террора вышла сербским войскам боком. Десятки тысяч людей пришли на похороны Яшари и других погибших. Один из лидеров Армии освобождения Косово произнес патриотическую речь. Народная поддержка АОК росла с каждым днем. В милицию вступали молодые люди. Местные командиры перегруппировали силы и нанесли ответный удар. Сербская полиция продолжала лить кровь мирных жителей. К 1998 году США и другие западные страны стали оказывать мощное давление на Белград с целью остановки насилия против албанского мирного населения в Косово. К октябрю того же года страны НАТО пригрозили начать бомбардировки, если Белград не прекратит насилие.
В начале весны 1999 года после очередной вспышки насилия в Косово и провала мирной конференции во Франции самолеты НАТО начали бомбить Югославию, чтобы принудить Белград вывести из проблемного региона полицию и войска. Под прикрытием натовских бомбардировок начались этнические чистки региона. Исход беженцев и бомбежки продолжались вплоть до июня 1999 года, когда Милошевич согласился вывести сербские войска с большей части территории Косово. За контроль над освободившейся территорией соревновались войска НАТО и России. ООН открыла в Косово свою миссию, UNMIK, задачей которой было восстановление политического мира и безопасности в регионе. Командиры АОК превратились в политическую силу. Во многих уголках Косово они являли собой единственное воплощение закона. Прокурорская служба начала получать сообщения о том, что некоторые из них совершали военные преступления против сербов, цыган, мусульман славянского происхождения и других этнических групп, а также против албанцев, которых члены Армии освобождения Косово обвиняли в неверности. Деятельность прокурорской службы всегда была направлена против культуры безнаказанности. Наш мандат требовал, чтобы мы начали расследование обвинений против лидеров высшего звена
Обвинений в адрес членов АОК оказалось немало. Прокурорская служба получала сообщения о том, что в 1998 и 1999 годах солдаты АОК похитили сотни сербов, цыган, албанцев и людей иной этнической принадлежности. Некоторых из похищенных держали в специальных лагерях, других запирали в подвалах, где стояла вода, или в стойлах для скота. Людей избивали, насиловали, пытали, казнили. Кто-то просто бесследно исчезал. Нам сообщали, что солдаты АОК с помощью насилия и запугиваний принуждали сербов и цыган покидать родные деревни, а тех, кто оставался, убивали. Солдаты АОК использовали пленных в качестве живых мишеней. Сообщалось о месте казней близ озера. Нам сообщали также, что тела жертв и живых пленников отправляли в Албанию.
Наташа Кандич прислала в прокурорскую службу опубликованный доклад, в котором говорилось, что 593 человека — сербы, черногорцы, цыгане и мусульмане славянского происхождения, — либо исчезли, либо были похищены в период с 12 июня 1999 года (день, когда в Косово вошли международные миротворческие войска НАТО, KFOR) по 31 декабря 2000 года. Обстоятельства исчезновения людей были столь странными, что напрашивалось предположение, что это не просто проявления пост-конфликтной мести. Большинство людей пропало в тех районах, где во время натовских бомбежек не отмечалось крупномасштабных проявлений насилия со стороны сербских войск. Десятки солдат югославской армии исчезли во время бомбежек и сражений с солдатами АОК. Более 1,5 тысяч албанцев, удерживаемых АОК в специальных лагерях во время бомбежек, бесследно пропали. Более 300 албанцев исчезли по второй половине 1999 и в 2000 годах.[46]