Хотя между всеми центральноазиатскими республиками были заключены договоры о дружбе и сотрудничестве, существует проблема спорных приграничных территорий между ближайшими соседями по СНГ. Только на границе Киргизии с Таджикистаном в Ошской области насчитывается около 70 спорных участков. Осложняется положение и тем, что в некоторых местах киргизское население проживает в Таджикистане, на землях, считающихся территорией Кыргызстана, и наоборот. В приграничных районах обеих республик давно освоены почти все пахотные земли и пастбища. Нехватка земельных угодий и неопределенность границ не раз приводили к конфликту между киргизами и таджиками в Баткентском районе. Усиливает напряженность в приграничных селах и быстро нарастающая безработица среди молодежи.
Еще сложнее ситуация со спорными участками вдоль границы с Узбекистаном, который укрепил свои позиции в Центральной Азии и значительно усилил претензии на роль главенствующего государства в регионе. Наличие прозрачной границы между республиками уже привело к образованию в Джелал-Абазской и Ошской областях около восьмидесяти спорных участков, которые постепенно попадают под влияние Узбекистана. Серьезные проблемы сохраняются в отношениях между государствами Центральной Азии и в экономической области, например, в области взаимных расчетов за поставку энергоносителей, а также таможенного регулирования, транзитных перевозок и водопользования. Для разрешения обострившихся противоречий все чаще применяются методы давления. Так, Узбекистан вопреки имеющимся договоренностям неоднократно прекращал подачу газа в Казахстан, Киргизию и Таджикистан, требуя от них немедленной выплаты накопившейся задолженности. В ответ на такие действия Астана повысила таможенные пошлины на узбекские товары. Бишкек, в свою очередь, потребовал от узбеков оплачивать валютой воду, подаваемую из Токтогульского водохранилища на хлопковые плантации Ферганской долины, и пригрозил существенно сократить ее сброс в период интенсивного полива.
Осложняют обстановку в центральноазиатских государствах охраняющийся низкий жизненный уровень и нерешенность многих социальных проблем, что создает благоприятную среду для распространения идей радикального исламизма. Из-под религиозной формы протеста проступает недовольство различных слоев населения своим социально-экономическим положением — безработицей, нищетой и социальной бесперспективностью. Внешней причиной сложной военно-политической обстановки в Центральной Азии является поддержка международных фундаменталистских и террористических структур.
Сепаратизм в Узбекистане непосредственно связан с международным терроризмом и проявляется в деятельности радикальных исламистских организаций, которые получают помощь из-за рубежа.
Одной из таких организаций является Исламское движение Узбекистана (ИДУ) — вооруженная оппозиция, ставящая своей целью свержение режима Ислама Каримова и установление исламского правления. Считается также, что эта организация несет серьезную угрозу миру и стабильности во всем Центрально-Азиатском регионе. Численность этой организации, судя по заявлению одного из ее руководителей, Тахира Юлдашева, постоянно повышается и может составлять порядка 7 тыс. человек.
Политика ИДУ в XXI в. предусматривает объединить 50 государств мира в единый Исламский халифат, с центром в Саудовской Аравии. Частью этого халифата, в котором жизнь будет управляться по законам шариата, должна стать Центральная Азия. Как северокавказские ваххабиты, так и исламисты, узбеки ставят своей целью провозглашение исламской республики. Одним из средств достижения этой цели считается развязывание крупного вооруженного конфликта в приграничных районах Киргизии, Узбекистана и Таджикистана.
В качестве театра военных действий боевиками выбран юг Узбекистана не только в силу географической близости к Афганистану, откуда осуществлялась разнообразная помощь. Обстановка в этом регионе хронически напряженная, что обусловлено социально-экономическими и этническими факторами. Сельские районы Узбекистана перенаселены. Средний возраст более половины жителей республики — менее 20 лет, отмечаются высокий уровень безработицы, бедность. В этой обстановке наблюдается рост влияния ислама, в том числе ваххабизма. Кроме того, большинство жителей юга Узбекистана — этнические таджики. На бытовом уровне между узбеками и таджиками часто возникают конфликты.
Вооруженные провокации, осуществленные боевиками ИДУ, осложнили военно-политическую ситуацию в Центральной Азии. Особую озабоченность вызывает обострение приграничных проблем между Узбекистаном и Таджикистаном. Неспособность Душанбе уничтожить действовавшие на его территории наиболее боеспособные бандформирования Исламского движения Узбекистана не могла не беспокоить Ташкент и заставила его принять срочные меры по организации военного прикрытия узбекско-таджикской границы, ее односторонней делимитации и минированию отдельных участков.