Как и во многих странах Востока, в Таджикистане имеет место закрепление этнорегиональных и этнических групп в определенных профессиях, экономических сферах, социальных нишах, что перевело в этническую плоскость многочисленные конфликты, связанные с перераспределением власти, реформированием экономики и разделом государственной собственности.
Этническая и этнорегиональная окраска политических и экономических конфликтов делает их мало поддающимися управлению. К этому типу межэтнических напряжений относятся отношения между таджиками — с одной стороны и узбеками и арабами — с другой, в южных приграничных районах Таджикистана. Традиционно узбеки, арабы и туркмены занимаются скотоводством, а таджики — земледелием, они распахивают пастбища под хлопок и сады. После провозглашения суверенитета в процессе раздела власти и собственности в 1992 г. на юге страны возникла острая конкуренция между скотоводами и земледельцами за земельные и водные ресурсы, перешедшая в вооруженный конфликт.
Одним из важнейших факторов, объективно обостряющих и формирующих характер и содержание межэтнических отношений в период суверенизации, является зависимость того или иного этноса от государства.
Таджикистан после схватки субэтносов за власть и ресурсы в период ухода союзной администрации и начала раздела государственной собственности превратился в сегментарное государство, состоящее из местных, автономных центров власти. Власть доминирующего ядра абсолютна лишь в пределах центрального сегмента (субэтнической территории) и сходит на нет по мере удаления от него, превращаясь в номинальное верховенство над периферийными сегментами, которые стремятся вести собственную политику.
В 1992 г. разразилась гражданская война, и власть захватила таджикская оппозиция, представлявшая собой коалицию исламистских и других группировок. Потерпев в этом же году поражение, большая часть оппозиционных сил перешла границу и ушла в Афганистан, откуда они совершали вооруженные вылазки против Таджикистана. Политический гражданский конфликт унес более 50 тыс. жизней, вызвал поток переселенцев и экономических беженцев, которых насчитывается до одного миллиона.
Начиная с 1993 г. специальный представитель Генерального секретаря ООН занимался посреднической деятельностью между правительством и оппозицией, благодаря чему наметилась некоторая стабилизация обстановки. В сентябре 1993 г. на встрече руководителей Таджикистана и других государств СНГ принято решение о формировании в Таджикистане коллективных миротворческих сил с участием воинских контингентов России, Узбекистана, Кыргызстана и Таджикистана, главной задачей которых являются поддержание мира в стране и оказание помощи российским пограничникам в охране таджикско-афганской границы.
Благодаря усилиям ООН в 1994 г. в Тегеране были подписаны соглашения о прекращении огня. В том же году для наблюдения за их выполнением Совет Безопасности учредил миссию наблюдателей ООН в Таджикистане (МНООНТ) в помощь объединенной комиссии, состоящей из представителей правительства и оппозиции.
Основу для всеобъемлющего урегулирования межтаджикского конфликта создало общее Соглашение об установлении мира и национального согласия в Таджикистане, выработанное при энергичных миротворческих усилиях России и подписанное в Москве в 1997 г. Россия стала одним из гарантов выполнения этого соглашения, которое зафиксировало политический компромисс между правительством республики и Объединенной таджикской оппозицией (ОТО). Оно предусматривало переходный период, в течение которого должны быть выполнены все условия мирного урегулирования, необходимые для проведения новых парламентских выборов.
В 1997 г. Совет Безопасности ООН расширил полномочия МНООНТ, позволив ей способствовать укреплению мира и примирению и оказывать помощь в проведении в жизнь мирного соглашения. Миссия тесно сотрудничает с миротворческими силами СНГ и миссией ОБСЕ.
На созванной в 1997 г. при содействии ООН международной конференции стран-доноров миротворческая деятельность в Таджикистане получила высокую оценку. В стране прекращена гражданская война. Действует комиссия по национальному примирению. Возвращаются на родину беженцы. Осуществляется амнистия участников военного противоборства. В соответствии с Московским соглашением представители ОТО вошли в состав правительства.