В силу своего геополитического положения Россия стала объектом притязаний со стороны не только стран Запада, но также и Востока. Существенное значение для реализации интересов внешних дезинтеграторов также имеет обстоятельство, на которое указывает Л.И. Медведко: «К моменту образования единого многонационального государства, названного СССР, национальный вопрос, как и проблема ислама в районах с преимущественно мусульманским населением, были не столько решены, сколько, загнаны в глубь развороченной революциями и войнами многовековой целины».
Проблема религиозного экстремизма и сепаратизма является актуальной для России уже в силу особенностей ее конфессионального состава. Всероссийская перепись зафиксировала 14 с половиной миллионов мусульман, проживающих на российских просторах. Это порядка 10 % населения. По другим данным, в России проживают порядка 20 млн мусульман, определенная часть которых придерживается фундаменталистских взглядов.
Как считает Г.И. Мирский, в основе этнических конфликтов и этнических движений последних десятилетий лежит ослабление «центра», играющего роль «обруча», стабилизатора взаимоотношений между народами многонациональных образований. В этой связи деятельность зарубежных акторов международных отношений, направленных на ослабление России, можно рассматривать в качестве одного из важнейших средств, призванных стимулировать сепаратистские тенденции. Существует и обратная зависимость: трудности, с которыми столкнулась Россия в переходный период, стимулируют сепаратистские тенденции. По мнению С. Хенкина, «осознание слабости российского государства, не способного даже вовремя выплатить зарплаты и пенсии, обуздать преступность, благоприятствует распространению идей обособления и самостоятельного вхождения в тюркский, европейский или тихоокеанский «дома». К тому же мусульманские народы, воспитанные на законах шариата, воспринимают Москву как источник распространения насилия и безнравственности. В республиках с широким распространением ислама многие рассматривали уход российских войск из Чечни как собственную победу».
Вполне очевидно, что в конкретных условиях российской действительности возможность осуществить какой-либо сценарий сепаратистской направленности выше всего в тех регионах, где уже имеются соответствующие предпосылки исторического, экономического, политического, демографического и иного характера. С.А. Модестов полагает, что Россия оказалась непосредственным участником все более острого геополитического противостояния с мировым исламом, геополитические интересы которого выражают как внешние (Турция, Азербайджан, Иран, Афганистан), так и внутренние силы (чеченские сепаратисты, националисты Татарстана). Национализм в отдельных регионах, как правило, получает поддержку со стороны различного рода религиозных организаций.
Например, в Татарстане целенаправленно насаждается ваххабизм, наблюдается тенденция к захвату мечетей экстремистами. На заседании Совета безопасности республики в сентябре 2004 г. в этой связи было отмечено, что длительное время не придавалось особого значения появлению в Татарстане иностранных эмиссаров, опутавших его сетью организаций и сект экстремистского толка. По данным ФСБ, центрами религиозного экстремизма в республике являются: Альметьевск, Нижнекамск, Набережные Челны, Елабуга, Чистополь, Кукмор, Агрыз. В двух последних районах экстремисты открыто работают с сельской молодежью. Ваххабизация татарских земель была во многом спровоцирована принятием Декларации о государственном суверенитете Республики Татарстан и Актом о государственной независимости. Такие документы не могли пройти мимо лидеров партии Исламского освобождения, которые считают, что мусульманин должен жить в мусульманском государстве, конституцией которого является Коран, а в противном случае мусульманин не должен подчиняться государству. Именно это во многом предопределило выход татарской мусульманской общины из Центрального духовного управления мусульман и создание в 1992 г. Духовного управления мусульман Татарстана под патронажем Татарской национальной партии «Иттифак». В начале 90-х гг., когда в Татарстане открывались одна за одной мечети, а подготовленных татарских мулл не хватало, арабские и другие приезжие религиозные деятели развернули в мечетях и медресе активную деятельность. К концу 1997 г. меджлис молодежного центра исламской культуры «Иман» подготовил решение о слиянии светской и духовной властей Татарстана в одном лице— президента М. Шаймиева и создании здесь исламского государства.