Качественно новый момент развития отношений между государствами региона и НАТО наступил после террористических актов в США в 2001 г. Как известно, США и Великобритания провели в октябре-ноябре 2001 г. военную операцию в Афганистане. а с декабря к ним подключились в качестве миротворцев другие члены НАТО. В январе 2002 г. странам НАТО удалось добиться стратегического успеха: была достигнута договоренность о размещении военных баз альянса на территории Киргизии и Узбекистана и некоторых поддерживающих структур — в Таджикистане.
Проведение США и их союзниками антитеррористической операции в Афганистане наглядным образом выявило стратегическую ценность всего Центрально-Азиатского региона. Военная кампания в Афганистане и связанные с ней действия НАТО в других странах явились очень важной предпосылкой для повышения уровня связей по военной линии, а также создания альянсом системы своего постоянного присутствия в регионе. Тем не менее подключение альянса к решению афганской проблемы, с одной стороны, было необходимо для практической отработки задач, связанных с глобальной ролью НАТО, а с другой — представляло собой средство облегчения материальных затрат США.
Для проведения контртеррористической операции в Афганистане НАТО получила возможность использовать аэропорт «Манас» в Кыргызстане, который способен принимать военно-транспортные самолеты и стратегические бомбардировщики. На базе постоянно находятся более 1600 военнослужащих и около 30 самолетов. Большинство солдат и самолетов принадлежат ВС США, однако с декабря 2001 г. здесь поочередно находились солдаты и самолеты членов НАТО — Норвегии, Дании, Нидерландов, Франции, Испании и Италии, а также Австралии, Новой Зеландии и Южной Кореи.
Считается возможным размещение в ближайшей перспективе на американской базе разведывательных самолетов АВАКС. Обращает на себя внимание и то, что американские базы в Кыргызстане, а также в Узбекистане расположены примерно на равном расстоянии как от нефтяных и газовых ресурсов Каспия, так и от российских месторождений Тюмени и Ханты-Мансийского округа. С другой стороны, нельзя не заметить, что местоположение американских баз выбрано таким образом, что объекты на территории КНР также окажутся в пределах досягаемости авиации США.
На территории Кыргызстана создана американская военная база «Ганси», которая используется для тылового обеспечения и поддержки сил антитеррористической коалиции в Афганистане. В частности, через «Ганси» идет переброска продовольствия, медикаментов, технического оборудования, боеприпасов, топлива, а также воинских подразделений. Предполагается создание новой площадки для боевых самолетов, в том числе многоцелевых истребителей F-15 и F-18. В договоре США и Кыргызстана предусмотрено, что срок аренды базы может продлеваться каждые три года. По американским данным, в 2003 г. содержание «Ганси» обошлось США в 14 млн долл. Помимо ренты США выплачивают по 7 тыс. долл. за взлет-посадку каждого самолета. В — общем, база приносит Кыргызстану около 45 млн долл. в год. Бишкек также получает значительные средства по другим каналам. Например, только в 2001–2002 гг. объем военной помощи Кыргызстану, утвержденный конгрессом США, составил в общей сложности 11 млн долл. Кроме того, Кыргызстан, как активный партнер ПРМ, участвующий более чем в ста отдельных программах, получает военную помощь со стороны других членов НАТО.
Важную роль в планах США и НАТО по укреплению своего присутствия в регионе призван играть Узбекистан. В совместном заявлении правительств США и Узбекистана от 13 октября 2002 г. стороны констатировали общее намерение установить качественно новые двусторонние отношения, основанные на долгосрочной приверженности безопасности и региональной стабильности. Они подчеркнули необходимость незамедлительных консультаций для разработки совместных мер в целях обеспечения безопасности и территориальной целостности Узбекистана.
В 2003 г. индивидуальная программа НАТО «Партнерство во имя мира» для Узбекистана включала около 130 мероприятий, в том числе совместные учения, тренинговые программы и научные исследования. В 2004 г. в Ташкенте был открыт Учебный центр программы «Партнерство во имя мира».
Особое внимание к Узбекистану со стороны США и НАТО обусловлено тем, что узбекское руководство активно поддерживает миссию ИСАФ в Афганистане, полагая, что ей нет альтернативы, поскольку она обеспечивает стабилизацию и мирное восстановление этого государства. Кроме того, Узбекистан представляет собой главную транзитную страну для обеспечения гуманитарными грузами Афганистан.