В 2001 г. подразделения американских сил специального назначения провели ряд совместных учений с подразделениями узбекских вооруженных сил. Администрация США в 2002 г. приняла решение оказать Узбекистану помощь на сумму 160 млн долл. (на 100 млн больше, чем в прошлом году). Узбекистан и США решили создать совместную рабочую группу по ВТС. С помощью США создано два сержантских училища. В 2002–2003 гг. американская помощь Узбекистану составила 420 млн долл. В рамках программы «Совместное снижение угроз» республике дополнительно выделен 21 млн долл. США также планировали поставить Узбекистану 14 патрульных катеров на сумму 2,9 млн долл..
В Узбекистане находится американская военная авиабаза «Ханабад». С октября 2001 г. здесь размещены более 1500 американских солдат. База арендована США на срок не менее 20 лет. С помощью Вашингтона здесь обновлена взлетно-посадочная полоса, построена дополнительная инфраструктура. Еще один вспомогательный аэродром используется США в населенном пункте Кокайты. Здесь развернуты силы разведывательно-информационного обеспечения. А в приграничном с Афганистаном городе Термез располагается военно-воздушная база, на которой находится немецкий воинский контингент. Отсюда в основном идет переправка военных грузов для нужд антитеррористической коалиции, а также гуманитарной помощи.
С другой стороны, Узбекистан заморозил развитие военно-технического сотрудничества с Москвой. Еще в 1999 г. Узбекистан вышел из Договора о коллективной безопасности. Чуть ранее он отказался от участия в коллективных миротворческих силах в Таджикистане и вывел из республики свои подразделения, лишив тем самым прикрытия важные участки афганско-таджикской границ. Эти задачи были возложены на подразделения 201-й мсд. В 2000 г. на учениях «Южный щит содружества» войска Узбекистана действовали только на территории своей республики. В 2001 г. Ташкент воздержался от участия в международных военных маневрах «Южный щит Содружества-2001». Таким образом, пример Узбекистана наглядно показывает, что помощь со стороны США и других стран НАТО ведет к политической переориентации государства. С другой стороны, выбор западного вектора развития политических отношений является условием получения экономической помощи. Пример Узбекистана не единичен.
В связи с военной акцией против режима талибов в Афганистане США и НАТО испытывает потребность в размещении своих сил и средств в Таджикистане, который, со своей стороны, выразил готовность предоставить территорию, аэродромы и воздушное пространство для проведения антитеррористической операции. На таджикской территории может быть размещено до 70 самолетов стран НАТО.
Сотрудничество между альянсом и Таджикистаном усилилось в феврале 2002 г., когда эта страна присоединилась к реализуемой Североатлантическим союзом программе «Партнерство ради мира». 25 марта 2003 г. в ходе своего первого визита в Брюссель президент Эмомали Рахманов высказался в пользу более тесного сотрудничества между Таджикистаном и НАТО. Он также обсудил с генеральным секретарем НАТО лордом Робертсоном конкретные предложения по совершенствованию сотрудничества и ключевые вопросы обеспечения безопасности в Центральной Азии. Э. Рахмонов, в частности, предложил НАТО наладить взаимодействие с Афганистаном по программе партнерства, подобно действующей «Партнерству ради мира», в качестве средства укрепления безопасности в Центральной Азии.
В сентябре 2003 г. в Таджикистане побывал генеральный секретарь НАТО лорд Робертсон. В ходе переговоров с таджикским президентом была достигнута договоренность о том, что Североатлантический альянс и ОБСЕ откроют в Таджикистане учебный центр, где будет осуществляться переподготовка пограничников из государств Центральной Азии.
Контакты между альянсом и Таджикистаном становятся все прочнее. Они охватывают такие вопросы как, например, участие в проведении военных маневров, подготовка военных кадров, материально-техническое обеспечение и т. д. В Душанбе создана военно-воздушная база НАТО. На авиабазе постоянно находятся военно-транспортные самолеты ВВС Франции и свыше 120 военнослужащих. Таджикистан принял участие в проводимых под руководством НАТО в апреле 2003 г. в Ферганской долине учениях по гражданским чрезвычайным ситуациям. В мае 2004 г. на полигоне Фахрабад (в 25 км к югу от Душанбе) прошло совместное тактическое учение подразделений вооруженных сил Таджикистана и Франции. Оно состоялось в соответствии с планом военно-технического сотрудничества двух государств на 2004 г.
Повышенный интерес к Таджикистану проявляют и США, которые высказали заинтересованность в использовании таджикских аэродромов Куляб и Курган-Тюбе, а также создании военной базы вблизи таджико-афганской границы. Реализуется программа военной помощи. Так, в 2003 г. США направили Таджикистану порядка 100 млн долл., значительная часть которых пошла на расширение военного и военно-технического сотрудничества. В конце июля 2004 г. США выделили 1,7 млн долл. на модернизацию средств связи Министерства обороны республики.