В справке Департамента полиции его деятельность характеризовалась так: «…Мануйловым была учреждена непосредственная внутренняя агентура при японских миссиях в Гааге, Лондоне и Париже, с отпуском ему на сие 15 820 руб., благодаря сему представлялось возможным, наблюдая за корреспонденцией миссий, получить должное освещение настроений и намерений нашего врага; кроме того, Мануйлову удалось получить часть японского дипломатического шифра и осведомляться таким образом о содержании всех японских дипломатических сношений, этим путем были получены указания на замысел Японии причинить повреждения судам 2-й эскадры на пути следования на Восток. …Мануйлов получил от Департамента поручение организовать специальное отделение розыска по международному шпионству и наблюдению за прибывающими в столицу представителями некоторых держав, сочувствующих Японии. Энергичная деятельность Мануйлова дала вскоре же осведомленность в отношении английского и шведского представителей, причем Мануйлов даже сумел проникнуть в тайну их дипломатических сношений, а равно организовал агентуру при турецком посольстве». Мануйлов попытался реализовать свои возможности и способности на поприще научно-технической разведки. Он предложил Главному артиллерийскому управлению «доставлять специальные документы, т. е. чертежи орудий и т. п.». Он достаточно тесно взаимодействовал с французской тайной полицией, которая охотно безвозмездно передавала ему документы, относящиеся к Русско-японской войне, в первую очередь относительно японской агентуры, действующей в России. Поэтому, вернувшись в Петербург, он предложил директору Департамента полиции А. А. Лопухину проект создания организации для борьбы с международным шпионажем против России.
«Мой проект, — писал впоследствии сам Мануйлов, — был одобрен министром внутренних дел, и мне было поручено организовать особое отделение при департаменте». Таким образом, летом-осенью 1904 г. было создано специальное подразделение тайной полиции, которое начало выполнять контрразведывательные функции. В отличие от Разведочного отделения Военного министерства оно располагало значительными денежными средствами. На агентурно-розыскные мероприятия руководство тайной полиции ассигновало 23 тыс. руб., что в несколько раз превосходило расходы всего Разведочного отделения Главного штаба.
Манасевичу-Мануйлову пришлось также столкнуться с деятельностью эмиссара клана «Черного Дракона» Мотодзиро Акаси.
По сведениям Департамента полиции, к осени 1904 г. кроме Вены резидентуры японской военной разведки были созданы в Антверпене и Стокгольме. Они организовали разведывательное сопровождение 2-й Тихоокеанской эскадры в ее движении на Дальний Восток. Активная разведывательная деятельность, организация диверсий, поддержка террористической деятельности левоэкстремистских революционных организаций внутри России, организация и подготовка вооруженного восстания в национальных окраинах Российской империи — вот далеко не полный перечень деятельности клана «Черного Дракона». Везде чувствовалась уверенная рука опытного противника.
Согласно законам диалектики общественно-политического развития противники и оппозиция строю, режиму, вождю всегда есть в любой стране. Вопрос в том, насколько они дееспособны, влиятельны, организованны и готовы к решительным действиям. Задачей спецслужб в отношении их является выявление их признанных лидеров и отношения к ним в обществе, армии и органах государственной безопасности. Важным является выяснение таких вопросов: пользуются ли они поддержкой извне и как изменится политический и экономический климат в регионе в случае их прихода к власти? Особое значение эти вопросы приобретали, когда речь шла о стране, которая по своему геополитическому положению представляла значительный интерес.
В свое время при разработке планов на предстоящую военную кампанию японское командование принимало в расчет даже возможный рост революционного и национально-освободительного движения в России. Уже в середине 1903 г. в меморандуме императорского японского Генерального штаба было особо отмечено и указано на российское социалистическое движение как на возможного союзника при проведении подрывных операций в тылу противника. Японским дипломатам и разведчикам было рекомендовано обратить внимание на разработку как представителей либеральной оппозиции, так и радикальных революционных групп.
В марте 1904 г. начальник Выборгского охранного отделения доносил в Департамент полиции следующее: «Серьезного внимания в настоящее время заслуживает то обстоятельство, что японская миссия в Петербурге после разрыва дипломатических отношений с Россией избрала свое местожительство именно в Стокгольме. Есть основания полагать, что это сделано с той целью, чтобы удобнее следить за всем тем, что происходит теперь в России. …Ближайшими помощниками японцев для получения необходимых сведений из России могут быть высланные за границу финляндцы, проживающие ныне в Стокгольме; для последних же добывание этих сведений не может составить большого затруднения».