Для координации ведения всех дел о шпионаже было принято решение о прикомандировании в Управление генерал-квартирмейстера при Главнокомандующем специального военного следователя, проходившего службу в 4-м армейском корпусе, полковника Огиевского, «который был уже знаком с организацией шпионажа в Японии». Полковником Огиевским было рассмотрено 18 дел о неприятельских шпионах, при этом вина 16 человек была доказана. В ходе следствия выяснилось, что японская разведка в инструкции своим агентам из числа китайцев рекомендовала обращать внимание на цвет и шифровку на погонах военнослужащих русской армии. Это позволяло установить принадлежность к войсковым частям, дислоцирующимся в этом районе. Огиевский предложил поднять вопрос о снятии погон, как делалось это в японской армии, однако такая мера была признана излишне радикальной, поскольку могла бы отрицательно сказаться на состоянии дисциплины.
В начале войны были приняты меры по предупреждению шпионской деятельности. В частности, последовало распоряжение о выселении японцев с территории возможного театра военных действий, Контрразведчики установили, что японцы активно пользовались услугами лиц, работавших под видом корреспондентов, содержателей кафе-шантанов и меблированных комнат. Однако соответствующий полицейско-жандармский надзор за ними был установлен не сразу. Система японской разведывательной службы в войсках строилась следующим образом. В тыловые учреждения русской армии засылались небольшие группы из 3-4 человек, которые самостоятельно нанимали агентов-связных, занимавшихся доставкой донесений в японское разведывательной бюро. Такая группа либо выполняла какую-то определенную задачу, либо отслеживала передвижение войск. В качестве основной базы такой группы использовалась мелочная лавка или хлебопекарня. Способы доставки сведений варьировались от самых примитивных, когда они зашивались в одежду, прятались в подошвы обуви, заплетались в китайские косички, до более изощренных, когда кусочки навощенной бумаги зашивались в хомуты лошадей или вкладывались в специально выдолбленные пустоты повозок.
В начальный период войны большую помощь японской разведке оказывали китайские власти. Так, незадолго до отступления русских войск от Мукдена один из японских генералов под видом китайского сановника в сопровождении пышной свиты свободно разъезжал по улицам города. Мукденское купечество активно поддерживало отношения с японским разведывательным бюро. В глубоком тылу русской армии были случаи разоблачения шпионов, наблюдавших за ходом мобилизации и передвижением русских войск. Так, в Екатеринославе были задержаны два австрийских подданных, которые при помощи подкупа писарей воинского начальника получали сведения о ходе мобилизации и пересылали их через Австрию в Японию. На станциях Сибирской железной дороги японские агенты отслеживали передвижение воинских частей, число вагонов в составах, название частей и т. д. К своим заданиям японские разведчики подходили очень ответственно и тщательно фиксировали каждый малозначительный факт. В одном из перехваченных контрразведкой донесений говорилось: «Офицеры очень молоды, к делу относятся легкомысленно. Очевидно, многие из них назначены по протекции». В документах были зафиксированы факты задержания японских шпионов в госпиталях. Японцы были хорошо осведомлены как о числе больных, так и об уходе за ними.
Одной из главных задач японской военной разведывательной службы в Маньчжурии была дезорганизация тыла русской армии. Наряду с выполнением чисто разведывательных заданий японцы особое внимание уделяли организации диверсий, распространению слухов, инициировали деятельность в зоне военных действий мародеров и искателей легкой наживы. Здесь зоной особого внимания японских спецслужб стала линия КВЖД. Диверсионные отряды, действовавшие по линии железной дороги, главной мишенью выбирали, как правило, охраняемые железнодорожные мосты. Многие из них, особенно деревянные, намечалось просто сжечь, а более основательные — взорвать. Таких попыток было предпринято немало, и русским пограничным стражникам, сторожевым командам и казачьим дозорам приходилось быть в состоянии постоянной боевой готовности, проявлять повышенную бдительность и храбрость в вооруженных стычках у охраняемых объектов. Нередко в составе диверсионных групп оказывались высокопоставленные японские офицеры, которые выполняли роли инструкторов и руководителей таких групп.