В 1509 г., когда Албукерки все еще находился в Красном море, он отправил один из кораблей, находившийся под командой Диогу Лопеша ди Секуэйры, в Малакку, чтобы разведать это знаменитый морской порт.
Когда Секуэйра и его буйные соратники прибыли в Малакку, их гостеприимно встретили султан Малакки и его вассалы.
Португальцам было позволено основать торговую факторию, и на первых порах все шло довольно хорошо. Однако в скором времени султану стало ясно, что визит португальцев — только прелюдия к дальнейшему вторжению в город. Он заточил пришельцев в тюрьму и захватил и уничтожил их судно. В феврале 1510 г. Руй де Арауйо, один их португальских офицеров, пришедших с Секуэйрой, сумел передать письмо, предназначавшееся Албукерки. В письме он поведал о плохом к ним отношении. Он передал полное описание Малакки, подробно рассказав о ее великих богатствах и поторопив Албукерки с нападением.
Когда письмо Арауйо достигло адмирала, он только вернулся в Индию после разграбления Сиама и Бирмы. Узнав о том, как в Малакке обошлись с его людьми, он пришел в ярость и ускорил подготовку флота.
20 апреля 1511 г. он отправился в плавание с восемнадцатью судами, восемью сотнями соратников и двумястами малабарскими наемниками. Однако встречные ветры задержали его прибытие в Малакку до 1 июля. Послав на берег эмиссара для встречи с султаном, Албукерки потребовал немедленного освобождения своих соотечественников, возвращения их собственности, а также платы за потерянное судно.
Султан отказался выполнять какие-либо требования до тех пор, пока Албукерки первым не подпишет мирный договор. Португальский адмирал отказался выполнять это требование.
Несколько дней спустя Албукерки сжег несколько торговых кораблей, стоявших в гавани, и пригрозил спалить множество других судов, если его люди не будут отпущены. Он поклялся, что все португальцы немедленно покинут Малакку, как только Секуэйра и его люди будут освобождены. Султан поверил ему на слово и отослал португальских пленных к Албукерки — это был ход, имевший горькие последствия.
Перспектива португальской атаки казалась весьма сомнительной, поскольку Малакка имела население более ста тысяч человек; тридцать тысяч из них были способны носить оружие. В то же время у португальцев едва набралась бы тысяча бойцов.