Никакого заговора против партии и правительства я не организовывал, наоборот, все зависящее от меня я принимал к раскрытию заговора. В 1934 году, когда я начал вести дело «О кировских событиях», я не побоялся доложить в Центральный Комитет о Ягоде и других предателях ЧК…
Я почистил 14 000 чекистов, но огромная моя вина заключается в том, что я мало их почистил. У меня было такое положение. Я давал задание тому или иному начальнику отдела произвести допрос арестованного и в то же время сам думал: «Ты сегодня допрашивай его, а завтра я арестую тебя». Кругом меня были враги народа, мои враги. Везде я чистил чекистов…
Военная коллегия Верховного суда Союза ССР приговорила Ежова к расстрелу.
Ежов был расстрелян через два дня (4 февраля 1940 года).
Бокию было предъявлено обвинение в принадлежности к масонской ложе «Единое трудовое братство», осуществлявшей шпионаж в пользу Англии. Мартинизм, а именно это направление представляла упомянутая ложа, существовал в России с конца века. Русские мартинисты тяготели к загадкам психической деятельности: гипнозу, телепатии, ясновидению. Их интересы были направлены на Восток, где в недоступных Гималаях, согласно мистическому учению, лежала таинственная страна Шамбала, и в немалой степени влияли на советскую внешнюю политику.
Наиболее крупными фигурами среди лиц, проходивших по бумагам НКВД в качестве членов ложи, кроме самого Бокия, были знаменитый художник Н.К. Рерих и его жена, Е.И. Рерих, участник Центрально-Азиатской экспедиции Рерихов (1927–1928 гг.) врач-психиатр К.Н. Рябинин, руководитель секретной нейроэнергетической лаборатории А.В. Барченко, стоявший во главе ложи, замесштель наркома иностранных дел Б. Стомоняков, скульптор С.Д. Меркуров, крупный партийный работник И.М. Москвин.
На допросе обвиняемый признался, что стал масоном еще в 1909 году. Ложа, в которую он входил, якобы была создана известным мистиком Гурджиевым, эмигрировавшим после революции на Запад Преемником Гурджиева стал доктор Барченко. Кроме того, Бокий сознался, что возглавлял антисоветский спиритический кружок, члены которого занимались предсказанием будущего.
В показаниях арестованных вслед за своим начальником сотрудников СПЕКО упоминается организованная Бокием «Дачная коммуна», члены которой, мужчины и женщины, совместно пьянствовали, практиковали коллективные помывки в бане, пели похабные песни. Словом, вне работы вели себя абсолютно непристойно. Как известно, Гурджиев в эмиграции организовал «Институт гармонического развития человека», члены которого пытались разными способами проникнуть в глубины «собственного я», в том числе и путем участия в «сессиях» — попросту, коллективных пьянках. Возможно, что употребление алкоголя, снимающего охранительные психические барьеры, действительно практиковалось и в коммуне Бокия, бывшего в определенной степени последователем Гурджиева. Ну, а женщины? Говорят, что Глеб Иванович умел быть обаятельным и пользовался у них успехом, к тому же, как многие туберкулезники, вероятно, отличался повышенным половым влечением. Не исключено, что признание в занятиях коллективным сексом было самооговором под воздействием следователя. Может быть, Ежову хотелось представить начальника СПЕКО, знавшего все обо всех, разложившимся развратником?
Обвинительное заключение было построено с учетом специфики работы Бокия. Кроме спиритических предсказаний и использования магии его обвинили в более земных антисоветских деяниях: передаче секретных кодов НКВД и Генштаба английской разведке, связях с Троцким, которые он осуществлял с помощью специально оборудованной радиостанции и подготовке убийства Сталина путем взрыва Кремля. Вину свою Бокий признал.
15 ноября 1937 года особая тройка НКВД вынесла ему «расстрельный» приговор, приведенный в исполнение в тот же день.