В свою очередь, американские военные тщательно допрашивали и исследовали попавших к ним в руки инопланетян. Один анонимный источник так описал ход некоторых подобных допросов, проводившихся сравнительно недавно: «…тщательные интервью начали проводиться в 1989 году с регулярностью два раза в месяц. Они длились по три — пять часов. Особо активно допрашивали существ ученые, которые тем не менее понимали, что существа многое утаивают, рассказывая о принципах устройства своих летающих „тарелок“. Было абсолютно ясно, что они представляли собой высшую расу — высокоинтеллектуальную и совершенную. И понимали, что не имеют права быть предельно откровенными с теми, кто, возможно, еще не был подготовлен к восприятию этого».
Параллельно с допросами оставшихся в живых инопланетян шло тщательное обследование сохранившихся после катастрофы фрагментов их летательного аппарата. Ведущий консультант НАСА и аэрокосмических компаний Дэвид Эдер, один из немногих посвященных, кому был открыт доступ на сверхсекретную американскую военную базу «Ангар-51», вспоминает: "Меня привели в огромную подземную пещеру, где хранились обломки летательного аппарата, внешне похожего на сломанный автобус. У меня нет слов описать это. Центр аппарата был обуглен. Сплав, из которого сделан корпус машины, очень тонкий, почти прозрачный, но очень твердый, не поддавался
трансформации, даже когда его пилили. А когда я касался корпуса руками, он начинал менять цвет. Материал был нежен, как кожа женщины. И когда я гладил его пальцами, то ощущал едва уловимые волны, будто бы тот реагировал на мои движения, вступал со мной во взаимодействие. Мне показалось, что он передает мне тепловые волны. Но потом я понял, что это — телепатический контакт. Скорее всего, корпус был полубиологическим. Возможно, машина управлялась мысленными командами пилота. Я знал, что пришельцы не разбились, а были доставлены в «Ангар» и подверглись допросам".
Понятно, что подобные исследования представляли одну из наиболее охраняемых тайн Соединенных Штатов. Однако вспомним, что в 40-е годы «Манхэттенский проект» также был самой засекреченной американской военной программой, и это не помешало советской разведке выкрасть секрет атомной бомбы.
По некоторым неофициальным сведениям, агентам КГБ все-таки удалось внедриться в сверхсекретный «Ангар-51» еще в начале 70-х годов, то есть до момента доставки на эту базу инопланетян и обломков летающей тарелки. Советским разведчикам удалось завербовать одного из охранников «Ангара» и от него получить информацию о ходе работ по изучению американцами обломков НЛО. Чем тщательней стремились американские военные засекретить свои исследования, тем настойчивей советская разведка пыталась ознакомиться с их результатами. В конечном итоге чекистам удалось склонить к сотрудничеству одного из ученых, работавшего с обломками «летающей тарелки», и с его помощью достать крошечный образец внеземного материала, из которого она была сделана. Образец будто бы благополучно переправили в Москву и отдали на изучение в один из сверхсекретных научно-исследовательских институтов.
ЦРУ сделало все, чтобы не только засекретить проблему НЛО, но и отвлечь от нее внимание широкой публики. Уже в январе 1953 года Центральное разведывательное управление собрало группу ведущих ученых, чтобы обсудить с ними те свидетельства о существовании «летающих тарелок», которые были добыты капитаном Эдвардом Рапнелтом и его подчиненными в ходе выполнения проекта «Голубая книга». Итоговый доклад этой находящейся под покровительством ЦРУ комиссии был засекречен в течение целых тридцати лет и обнародован только в 1986 году. В этом докладе известные ученые, многие из которых впоследствии стали лауреатами Нобелевской премии, заявили:
«…Комиссия считает, что силы и средства, затрачиваемые на проверку и объяснение каждого из тысячи сообщений, приходящих ежегодно по различным каналам, неоправданны. Всегда были и будут наблюдения, для расследования которых из-за недостатка данных приходится затрачивать слишком большие усилия и много времени, что отнюдь не гарантирует получение единственно верного объяснения. Все это практически сводит к нулю любую разведывательную ценность, которую могли бы представлять эти наблюдения. <…> Комиссия единодушно считает, что в перегружающем каналы связи огромном потоке низкопробных сообщений о враждебно настроенных объектах, чье появление ожидается где-то в будущем, содержится мало или не содержится вообще данных, представляющих научную ценность. Более того, достаточно опасно поощрять общественный интерес к подобным вопросам. Поскольку заинтересованное в работе Комиссии ведомство является военным, то суть проблемы сводится к решению вопроса: насколько эти объекты представляют или будут представлять потенциальную угрозу нашей национальной безопасности? Тем больше причин прекратить официальный ажиотаж вокруг этой проблемы…»