Михаил Николаевич прекрасно понимал, что главная надежда власти — крестьянство, простой люд Беларуси. Ведь в отрядах мятежников крестьяне составляли в среднем только 18 процентов, а шляхта — 70. Генерал-губернатор перевернул сельское общество, значительно ускорив развитие аграрного сектора нашей экономики. Было отменено временнообязанное состояние крестьян, то есть выполнение ими феодальных повинностей до выплаты выкупных платежей. Батраки и безземельные крестьяне начали наделяться землей, конфискованной у участвовавших в мятеже помещиков. На это из казны было выделено 5 миллионов рублей, огромная по тем временам сумма. 19 февраля 1864 года вышел указ «Об экономической независимости крестьян и юридическом равноправии их с помещиками». На белорусских землях при Муравьеве и его приемниках произошло то, чего Россия XIX века еще не видывала: крестьяне не только были уравнены в правах с помещиками, но и получили определенный приоритет. В Вильно была образована Особая поверочная комиссия, которая занималась исправлением уставных грамот. Все польские помещики были обложены 10-процентным сбором в пользу казны от всех получаемых ими доходов. Наделы белорусских крестьян увеличивались почти на четверть, а их подати стали на 64,5 процента ниже по сравнению с остальными российскими крестьянами. При этом в западных районах Беларуси, наиболее подверженных влиянию мятежников, крестьяне получили наибольшие преференции. В Гродненской губернии крестьянские наделы стали на 12 процентов больше по сравнению с нормой, закрепленной уставными грамотами, в Виленской — на 16, в Ковенской — на 19. Выкупные платежи белорусских крестьян были уменьшены на 20 процентов. В Гродненской губернии выкупные платежи были понижены с 2 рублей 15 копеек за десятину до 67 копеек. Приведенные цифры напрочь развевают миф о «колониальной политике» российских властей. Развитию Литвы и Беларуси царское правительство, благодаря таланту М.Н. Муравьева, уделяло большее внимание, чем районам великороссийским. Более того, нынешние успехи в аграрном секторе Гродненщины и Брестщины уходят корнями именно в славную Муравьевскую эпоху, когда на этих землях стараниями генерал-губернатора было создано крепкое крестьянское хозяйство, причем хозяйство высококультурное и производительное.
Михаил Николаевич был поистине народным генерал-губернатором. От петровских времен до Столыпина не было в России государственного деятеля, который настолько улучшил бы положение крестьянства. В сравнении с мероприятиями, проводимыми Муравьевым в белорусских землях, тускнеет даже отмена крепостного права. Белорусское крестьянство тысячами высылало своему генерал-губернатору благодарственные адреса.
М.Н. Муравьев приказал большинству из чиновников-поляков подать прошения об отставке, поскольку многие из них тайно сочувствовали, а зачастую и помогали повстанцам. По всей Руси Великой был брошен клич, призывавший смелых и честных людей приезжать в Беларусь, старинную русскую землю, для работы в присутственных местах. Это позволило избавить наши государственные учреждения от польского влияния. Но привлечение к работе чиновников из Центральной России было мерой временной. Генерал-губернатор открыл широкий доступ к должностям в различных сферах местному православному населению. Так началась белорусизация местной администрации в Северо-Западном крае.
Меры против верхушки польского населения никак нельзя назвать этническими чистками. Они носили не столько национальный, сколько социально-политический характер. М.Н. Муравьев неоднократно отмечал, что и среди польского и католического населения есть надежные люди. Так, в Свенцянской гимназии на прежней должности был оставлен католик Овчино-Кайрук, поскольку являлся «сыном простого селянина, и, по происхождению своему, представляет некоторого рода гарантию, касательно своей политической благонадежности».
Генерал-губернатор рассуждал просто: раз польские помещики в основном участвовали в мятеже, значит, они должны быть наказаны, а местные крестьяне избавлены от их влияния. Для сравнения к 1864 г. польским землевладельцам в Беларуси принадлежало в 4 раза больше земли, чем землевладельцам православным. Закон от 10 декабря 1865 г., принятый уже при преемнике М.Н. Муравьева, запретил лицам польского происхождения приобретение земли в Северо-Западном крае, кроме случаев наследования. В результате число православных помещиков увеличилось с 1458 до 2433, а количество земли в их распоряжении — вдвое. Естественно, поляки, участвовавшие в мятеже, были лишены и права пользоваться льготными кредитами Дворянского банка. Были ликвидированы в Северо-Западном крае и органы дворянского самоуправления. Но М.Н. Муравьев прекрасно понимал, и в этом проявлялся его административный талант, что нельзя ограничиться общими установлениями и предписаниями. Он инициировал указ, по которому любые сделки по земле должны были получить одобрение губернатора. Это значительно повышало меру ответственности власти.